More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2978 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2978  30S ribosomal protein S6  100 
 
 
95 aa  194  5.000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000894429  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2656  30S ribosomal protein S6  100 
 
 
95 aa  194  5.000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000485291  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2187  SSU ribosomal protein S6P  59.57 
 
 
95 aa  115  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000662537  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2097  ribosomal protein S6  58.51 
 
 
96 aa  114  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000774697  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4355  30S ribosomal protein S6  51.58 
 
 
95 aa  110  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  50.53 
 
 
95 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3308  30S ribosomal protein S6  50.54 
 
 
95 aa  104  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000490454  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  48.42 
 
 
95 aa  103  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0022  ribosomal protein S6  54.35 
 
 
97 aa  103  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000004173  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3546  30S ribosomal protein S6  46.32 
 
 
95 aa  103  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4014  30S ribosomal protein S6  47.37 
 
 
95 aa  102  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.208118  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4181  ribosomal protein S6  46.81 
 
 
96 aa  101  3e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5584  30S ribosomal protein S6  48.42 
 
 
96 aa  101  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.72731e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5327  30S ribosomal protein S6  48.42 
 
 
96 aa  101  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000278233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5155  30S ribosomal protein S6  48.42 
 
 
96 aa  101  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000255569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5171  30S ribosomal protein S6  48.42 
 
 
96 aa  101  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000742686  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5662  30S ribosomal protein S6  48.42 
 
 
96 aa  101  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5723  30S ribosomal protein S6  48.42 
 
 
96 aa  101  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000611758  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0055  ribosomal protein S6  47.87 
 
 
94 aa  101  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000548177  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5334  30S ribosomal protein S6  47.37 
 
 
96 aa  100  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000242081  hitchhiker  0.000000688979 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5267  30S ribosomal protein S6  47.37 
 
 
96 aa  100  7e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000406973  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5625  30S ribosomal protein S6  47.37 
 
 
96 aa  100  9e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000119733  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5601  30S ribosomal protein S6  47.37 
 
 
96 aa  100  9e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3417  30S ribosomal protein S6  44.21 
 
 
95 aa  99.8  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000905863  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  45.26 
 
 
98 aa  99.8  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11560  SSU ribosomal protein S6P  51.09 
 
 
97 aa  99  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0123194  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27920  ribosomal protein S6  50 
 
 
97 aa  99  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.0000627266  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4949  ribosomal protein S6  41.49 
 
 
96 aa  97.1  8e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2216  ribosomal protein S6  43.62 
 
 
94 aa  96.3  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4844  ribosomal protein S6  45.74 
 
 
96 aa  95.1  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3561  30S ribosomal protein S6  41.49 
 
 
96 aa  95.1  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.642829 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3891  30S ribosomal protein S6  44.21 
 
 
101 aa  94.4  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.202922 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4120  30S ribosomal protein S6  44.21 
 
 
101 aa  94.4  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23360  ribosomal protein S6  43.16 
 
 
95 aa  93.6  7e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.28748e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0308  ribosomal protein S6  43.48 
 
 
98 aa  93.6  9e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.052599 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2525  ribosomal protein S6  45.98 
 
 
95 aa  92.8  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.863645  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3095  30S ribosomal protein S6  42.55 
 
 
96 aa  92.8  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0478466  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31780  SSU ribosomal protein S6P  45.65 
 
 
96 aa  92.4  2e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4169  ribosomal protein S6  44.09 
 
 
94 aa  92.4  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2930  ribosomal protein S6  41.3 
 
 
95 aa  92  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.448494  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23260  30S ribosomal protein S6  41.05 
 
 
101 aa  91.3  5e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9357  30S ribosomal protein S6  41.49 
 
 
96 aa  90.1  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.569899 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3700  ribosomal protein S6  39.36 
 
 
97 aa  89.7  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37810  SSU ribosomal protein S6P  40.43 
 
 
95 aa  88.6  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.188789  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1219  30S ribosomal protein S6  42.86 
 
 
96 aa  87.4  5e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3355  ribosomal protein S6  38.3 
 
 
98 aa  87.8  5e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0874  30S ribosomal protein S6  42.11 
 
 
96 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4936  30S ribosomal protein S6  39.36 
 
 
95 aa  86.7  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645168  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6034  30S ribosomal protein S6  41.05 
 
 
96 aa  87  9e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.342744  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4740  ribosomal protein S6  41.94 
 
 
93 aa  86.7  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0019  ribosomal protein S6  45.65 
 
 
97 aa  86.3  1e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000515173  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7039  ribosomal protein S6  40.43 
 
 
118 aa  86.3  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0045  ribosomal protein S6  39.13 
 
 
112 aa  86.3  1e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5746  30S ribosomal protein S6  41.05 
 
 
96 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.37623 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5370  30S ribosomal protein S6  41.05 
 
 
96 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5459  30S ribosomal protein S6  41.05 
 
 
96 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.544177  normal  0.0132428 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1951  30S ribosomal protein S6  39.13 
 
 
125 aa  84.7  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.380092  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2133  SSU ribosomal protein S6P  38.3 
 
 
96 aa  85.1  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26590  SSU ribosomal protein S6P  37.78 
 
 
95 aa  84.7  4e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.175156 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2589  30S ribosomal protein S6  37.23 
 
 
145 aa  84  7e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0483  ribosomal protein S6  38.95 
 
 
94 aa  83.6  8e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000293762  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  35.87 
 
 
128 aa  83.6  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  37.89 
 
 
142 aa  83.6  8e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39390  SSU ribosomal protein S6P  40.66 
 
 
111 aa  83.6  8e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1307  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
122 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10052  30S ribosomal protein S6  40 
 
 
96 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00129452  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4664  SSU ribosomal protein S6P  41.3 
 
 
96 aa  82.8  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.663648  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1818  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 
124 aa  83.2  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.195181  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2006  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 
124 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1364  ribosomal protein S6  39.13 
 
 
114 aa  82.4  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00746  30S ribosomal protein S6  38.71 
 
 
143 aa  82.4  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.741883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  35.16 
 
 
131 aa  82  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1243  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
122 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0890507  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1182  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
122 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0492029  normal  0.220406 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5369  ribosomal protein S6  40.86 
 
 
102 aa  82  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  37.89 
 
 
141 aa  82  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1979  30S ribosomal protein S6  35.87 
 
 
124 aa  81.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  40.43 
 
 
148 aa  81.6  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3351  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
130 aa  82  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
124 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
124 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
124 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3216  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 
125 aa  80.9  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
124 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
124 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
124 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0515  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 
130 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.38245  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
124 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2569  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 
125 aa  80.9  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
124 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 
124 aa  80.5  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0849  SSU ribosomal protein S6P  42.39 
 
 
147 aa  80.9  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.759966  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2395  30S ribosomal protein S6  38.46 
 
 
121 aa  80.9  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0711  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 
131 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.165791  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0732  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 
131 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00282194  hitchhiker  0.0000000108888 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3643  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 
131 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00299983  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 
124 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0741  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 
131 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000275832  hitchhiker  0.000127866 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 
124 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1228  30S ribosomal protein S6  38.46 
 
 
125 aa  80.5  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0123058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>