More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_2024 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_2024  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 102 aa  205  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.359562  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2030  30S ribosomal protein S6  70.1 
 
 		 101 aa  146  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1350  30S ribosomal protein S6  70.1 
 
 		 101 aa  145  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1412  30S ribosomal protein S6  70.83 
 
 		 101 aa  140  5e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000404173  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1830  ribosomal protein S6  54.55 
 
 		 105 aa  114  5e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.776664  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1094  ribosomal protein S6  48.42 
 
 		 106 aa  99.4  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.380454  normal  0.02861 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0665  30S ribosomal protein S6  43.01 
 
 		 117 aa  88.2  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2607  30S ribosomal protein S6  40.2 
 
 		 122 aa  87.4  7e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00172521  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3678  30S ribosomal protein S6  39.8 
 
 		 128 aa  84.3  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0325198  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2844  30S ribosomal protein S6  38.54 
 
 		 118 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000534713  hitchhiker  0.0000000000000955305 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0010  30S ribosomal protein S6  40.59 
 
 		 168 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.490507  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0758  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 129 aa  80.5  0.000000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000104725  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3188  ribosomal protein S6  43.16 
 
 		 147 aa  78.6  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.514903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 		 95 aa  76.3  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  35.71 
 
 		 98 aa  76.6  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_002950  PG0595  30S ribosomal protein S6  36.27 
 
 		 117 aa  75.9  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2187  SSU ribosomal protein S6P  40.66 
 
 		 95 aa  75.5  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000662537  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  36.63 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23360  ribosomal protein S6  33.7 
 
 		 95 aa  73.6  0.0000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.28748e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 148 aa  73.6  0.0000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 156 aa  73.6  0.0000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1999  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 115 aa  73.6  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0575699  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2978  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 		 95 aa  73.6  0.0000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000894429  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2656  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 		 95 aa  73.6  0.0000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000485291  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  34.65 
 
 		 134 aa  72  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2097  ribosomal protein S6  40.22 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000774697  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  35.87 
 
 		 95 aa  71.6  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0118  SSU ribosomal protein S6P  39.18 
 
 		 148 aa  70.5  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0125  ribosomal protein S6  39.18 
 
 		 148 aa  70.5  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0136  ribosomal protein S6  39.18 
 
 		 148 aa  70.5  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4355  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 95 aa  70.5  0.000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  32.99 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  31.37 
 
 		 151 aa  70.5  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  32.99 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4504  ribosomal protein S6  35.05 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  32.99 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  28.89 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1689  ribosomal protein S6  36.17 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 142 aa  68.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0022  ribosomal protein S6  35.79 
 
 		 97 aa  68.6  0.00000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000004173  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  31.96 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0122  ribosomal protein S6  39.18 
 
 		 150 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.302975  normal  0.107833 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  31.96 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1363  30S ribosomal protein S6  35.42 
 
 		 97 aa  68.6  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000000620601  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  31.11 
 
 		 151 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  31.11 
 
 		 151 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  30.93 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3784  30S ribosomal protein S6  30.93 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  28.28 
 
 		 145 aa  67.8  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  30.93 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4806  ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 176 aa  67.4  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0600  ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2072  30S ribosomal protein S6  34.83 
 
 		 108 aa  67.4  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.994303  hitchhiker  0.00328308 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1585  30S ribosomal protein S6  35.42 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 131 aa  67  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 131 aa  67  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1998  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 139 aa  67  0.00000000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  27.78 
 
 		 154 aa  66.6  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4877  30S ribosomal protein S6  32 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4933  ribosomal protein S6  32 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0581  30S ribosomal protein S6  32 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0534  30S ribosomal protein S6  32 
 
 		 142 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.587814  normal  0.131551 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0645  30S ribosomal protein S6  32 
 
 		 140 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.793975  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  30 
 
 		 151 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4758  30S ribosomal protein S6  32 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0734543 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4668  30S ribosomal protein S6  32 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0417729 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4934  30S ribosomal protein S6  32 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000104766 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  30.93 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0863  ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3930  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1660  30S ribosomal protein S6  35.87 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0739  ribosomal protein S6  32.26 
 
 		 119 aa  66.2  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0945845  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11560  SSU ribosomal protein S6P  32.63 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0123194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0701  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000757321  hitchhiker  0.000144082 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0415  30S ribosomal protein S6  30.93 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2916  ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 96 aa  65.1  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000156289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1438  30S ribosomal protein S6  30.61 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0054631  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0055  ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 94 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000548177  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  26.67 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3351  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 130 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1131  30S ribosomal protein S6  35.87 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.999974  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  27.27 
 
 		 155 aa  64.7  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4537  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 147 aa  64.7  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287316  normal  0.325201 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  28.89 
 
 		 148 aa  64.3  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  27.27 
 
 		 155 aa  64.7  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1682  ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 106 aa  64.3  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3064  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.234735  normal  0.218428 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  30.11 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2216  ribosomal protein S6  30.43 
 
 		 94 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07640  30S ribosomal protein S6  29 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368868  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2590  30S ribosomal protein S6  26.8 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3793  ribosomal protein S6  30.43 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00794169  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04029  hypothetical protein  30.43 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  27.84 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  28.89 
 
 		 155 aa  63.5  0.0000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5716  30S ribosomal protein S6  30.43 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.394601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4671  30S ribosomal protein S6  30.43 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3813  30S ribosomal protein S6  30.43 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4733  30S ribosomal protein S6  30.43 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.387811  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>