More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3548 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007801  Jann_4278  ABC transporter related  57.44 
 
 		 592 aa  680    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3548  ATPase  100 
 
 		 601 aa  1206    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.915993  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  34.58 
 
 		 571 aa  294  3e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  35.42 
 
 		 595 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  34.85 
 
 		 595 aa  290  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.44 
 
 		 572 aa  289  1e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  34.54 
 
 		 601 aa  286  5.999999999999999e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.15 
 
 		 585 aa  286  7e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3593  ABC transporter related  32.4 
 
 		 624 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413499  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  31.44 
 
 		 556 aa  282  1e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.64 
 
 		 574 aa  281  4e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.64 
 
 		 574 aa  280  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2019  ABC transporter related  30.86 
 
 		 590 aa  280  5e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.990408 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  31.77 
 
 		 609 aa  279  9e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2998  ABC transporter related protein  31.43 
 
 		 575 aa  278  2e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000215819  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0649  ABC transporter transmembrane region  30.93 
 
 		 597 aa  276  9e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.564007  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0624  ABC transporter, transmembrane region  30.93 
 
 		 597 aa  276  1.0000000000000001e-72  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.6 
 
 		 587 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  32.47 
 
 		 592 aa  275  3e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.21 
 
 		 592 aa  273  5.000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1608  ABC transporter related  33.46 
 
 		 600 aa  273  9e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3848  ABC transporter related  31.99 
 
 		 585 aa  273  9e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135668  normal  0.677159 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  32.1 
 
 		 591 aa  272  1e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  32.28 
 
 		 609 aa  272  1e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.02 
 
 		 605 aa  272  1e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1889  ABC transporter related  30.81 
 
 		 590 aa  272  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.19709  normal  0.932579 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2125  lipid ABC transporter, ATP-binding/permease protein MsbA  30.42 
 
 		 602 aa  271  2e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0153506  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0246  ABC lipid efflux transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  30.81 
 
 		 590 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0730  ABC transporter related  31.18 
 
 		 579 aa  271  2.9999999999999997e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264899  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5011  ABC transporter related  34.16 
 
 		 601 aa  270  5.9999999999999995e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1596  ABC transporter related  32.25 
 
 		 600 aa  270  7e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0640452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0316  ABC transporter related  31.56 
 
 		 607 aa  269  8e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.291924 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2077  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.33 
 
 		 597 aa  269  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0851764  normal  0.0377374 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  32.92 
 
 		 579 aa  268  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.94 
 
 		 587 aa  269  1e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2497  ABC transporter related  35 
 
 		 614 aa  269  1e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0475  ABC transporter related  31.24 
 
 		 584 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00181463  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1984  ABC transporter related  32.75 
 
 		 619 aa  267  4e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.434554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1064  ABC transporter, transmembrane region  31.5 
 
 		 602 aa  266  5.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.415501  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  30.17 
 
 		 597 aa  266  8e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5343  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29.21 
 
 		 571 aa  266  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1519  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  31.76 
 
 		 581 aa  266  1e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4444  ABC transporter related  32.23 
 
 		 610 aa  265  1e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.949596  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4531  ABC transporter related  32.23 
 
 		 610 aa  265  1e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.319604  normal  0.425635 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  33.46 
 
 		 571 aa  265  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5285  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  29.01 
 
 		 571 aa  264  3e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0584  ABC transporter transmembrane region  29.55 
 
 		 582 aa  264  3e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.321607  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4826  ABC transporter related  32.23 
 
 		 610 aa  265  3e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.596215 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  32.2 
 
 		 596 aa  264  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  32.15 
 
 		 601 aa  264  4e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5298  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29.01 
 
 		 571 aa  263  6e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4974  ABC transporter related  29.01 
 
 		 571 aa  263  6e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4514  ABC transporter related  32.55 
 
 		 600 aa  263  6e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.350646  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4860  multidrug resistance ABC transporter, ATP-binding and permease  29.01 
 
 		 571 aa  263  6.999999999999999e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.201042  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4875  multidrug resistance ABC transporter, ATP-binding and permease  29.01 
 
 		 571 aa  263  6.999999999999999e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.259113  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5268  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29.01 
 
 		 571 aa  263  6.999999999999999e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5658  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29.21 
 
 		 571 aa  263  8e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4793  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  31.23 
 
 		 586 aa  263  8.999999999999999e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.646278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2717  ABC transporter related  33.8 
 
 		 608 aa  263  8.999999999999999e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1741  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.22 
 
 		 590 aa  262  1e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0154  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.04 
 
 		 585 aa  261  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1982  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.83 
 
 		 594 aa  262  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.27 
 
 		 587 aa  261  2e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  32.69 
 
 		 579 aa  261  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0757  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  32.14 
 
 		 594 aa  262  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00726386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0532  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  31.41 
 
 		 586 aa  261  2e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.117534  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.19 
 
 		 577 aa  262  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.26 
 
 		 589 aa  260  5.0000000000000005e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0444  ABC transporter related  31.21 
 
 		 586 aa  259  9e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5030  ABC transporter ATP-binding/permease  28.82 
 
 		 571 aa  259  1e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0487117  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5411  ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.82 
 
 		 571 aa  259  1e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3501  ABC transporter related  30.32 
 
 		 575 aa  259  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  32.95 
 
 		 627 aa  258  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3351  ABC transporter related  29.57 
 
 		 579 aa  258  2e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.773989  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3334  ABC transporter related  31.61 
 
 		 584 aa  258  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3583  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1722  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.29 
 
 		 594 aa  258  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.031974 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1780  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  31.57 
 
 		 585 aa  258  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0810264  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.9 
 
 		 580 aa  258  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  31.4 
 
 		 583 aa  258  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1942  ABC transporter, transmembrane region  32.68 
 
 		 594 aa  258  3e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2389  ABC transporter, permease protein/ATP-binding protein  31.17 
 
 		 572 aa  258  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000145644  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2487  ABC transporter related  31.17 
 
 		 572 aa  258  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.461616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0439  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  31.4 
 
 		 586 aa  257  4e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.214785  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0511  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  31.4 
 
 		 586 aa  257  4e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  30.02 
 
 		 582 aa  256  8e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  30.02 
 
 		 582 aa  256  8e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  30.02 
 
 		 582 aa  256  8e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0496  ABC transporter ATP-binding/permease  31.21 
 
 		 586 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.384636  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0133  ABC transporter, transmembrane region  30.31 
 
 		 613 aa  256  1.0000000000000001e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.260657  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1674  ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.17 
 
 		 572 aa  256  1.0000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0264422  normal  0.294375 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2691  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.95 
 
 		 573 aa  256  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0993753  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0528  ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.21 
 
 		 586 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.249641  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  32.5 
 
 		 598 aa  256  1.0000000000000001e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0583  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  31.21 
 
 		 586 aa  255  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2197  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components  32.07 
 
 		 627 aa  255  2.0000000000000002e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  30.13 
 
 		 582 aa  255  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5649  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.91 
 
 		 583 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0047  ABC transporter related  30.74 
 
 		 580 aa  255  2.0000000000000002e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00438981  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0584  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  31.4 
 
 		 586 aa  255  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.02 
 
 		 580 aa  254  3e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>