More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0054 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.79 
 
 
697 aa  723    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.6 
 
 
735 aa  638    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.33 
 
 
721 aa  709    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.51 
 
 
702 aa  646    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.88 
 
 
711 aa  655    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.17 
 
 
696 aa  704    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.98 
 
 
703 aa  689    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.14 
 
 
703 aa  636    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.09 
 
 
736 aa  782    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.93 
 
 
695 aa  644    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.95 
 
 
690 aa  654    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.2 
 
 
699 aa  712    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.81 
 
 
697 aa  727    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.65 
 
 
750 aa  1016    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.402315  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0054  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
743 aa  1506    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.62 
 
 
749 aa  714    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.8 
 
 
692 aa  655    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.85 
 
 
722 aa  721    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.33 
 
 
721 aa  709    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.95 
 
 
721 aa  637    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.34 
 
 
710 aa  640    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.88 
 
 
742 aa  836    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.554464 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2508  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.2 
 
 
756 aa  1124    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.16 
 
 
696 aa  698    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2438  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.14 
 
 
760 aa  1084    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.365635  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.93 
 
 
715 aa  636    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.31 
 
 
696 aa  711    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.15 
 
 
720 aa  654    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.01 
 
 
699 aa  713    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.63 
 
 
706 aa  714    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.71 
 
 
714 aa  634  1e-180  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.98 
 
 
700 aa  630  1e-179  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.86 
 
 
699 aa  631  1e-179  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.92 
 
 
693 aa  629  1e-179  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.74 
 
 
712 aa  627  1e-178  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.73 
 
 
713 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.73 
 
 
713 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.74 
 
 
712 aa  627  1e-178  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.05 
 
 
701 aa  625  1e-178  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.87 
 
 
713 aa  627  1e-178  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.73 
 
 
713 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.18 
 
 
717 aa  628  1e-178  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
712 aa  625  1e-178  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
712 aa  625  1e-178  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.91 
 
 
700 aa  627  1e-178  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.73 
 
 
713 aa  625  1e-177  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.95 
 
 
718 aa  625  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0982499  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
712 aa  624  1e-177  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
712 aa  624  1e-177  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
712 aa  624  1e-177  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.73 
 
 
713 aa  625  1e-177  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0957  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.29 
 
 
728 aa  625  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1024  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 
715 aa  624  1e-177  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.547998 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.29 
 
 
715 aa  623  1e-177  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.73 
 
 
713 aa  625  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
712 aa  624  1e-177  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 
717 aa  625  1e-177  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.63 
 
 
716 aa  623  1e-177  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.73 
 
 
713 aa  625  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.93 
 
 
712 aa  622  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.29 
 
 
714 aa  622  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.56 
 
 
733 aa  625  1e-177  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.29 
 
 
714 aa  622  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.44 
 
 
722 aa  619  1e-176  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.31 
 
 
712 aa  619  1e-176  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.76 
 
 
696 aa  621  1e-176  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.56 
 
 
730 aa  621  1e-176  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2811  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.41 
 
 
702 aa  620  1e-176  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.212974  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2277  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.63 
 
 
715 aa  620  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000289568  normal  0.091907 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.16 
 
 
712 aa  621  1e-176  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.99 
 
 
733 aa  619  1e-176  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.32 
 
 
707 aa  621  1e-176  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.26 
 
 
815 aa  620  1e-176  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.76 
 
 
696 aa  621  1e-176  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.63 
 
 
715 aa  620  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.25 
 
 
715 aa  619  1e-176  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.14 
 
 
714 aa  620  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.63 
 
 
715 aa  620  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.47 
 
 
702 aa  617  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1896  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.15 
 
 
724 aa  616  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336767  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 
698 aa  616  1e-175  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.71 
 
 
714 aa  615  1e-175  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.58 
 
 
722 aa  615  1e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.86 
 
 
714 aa  615  1e-175  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3785  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.42 
 
 
708 aa  618  1e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.668029  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48 
 
 
728 aa  618  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.99 
 
 
722 aa  617  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.45 
 
 
746 aa  615  1e-175  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46 
 
 
700 aa  616  1e-175  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.08 
 
 
723 aa  617  1e-175  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.41 
 
 
723 aa  617  1e-175  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.08 
 
 
703 aa  616  1e-175  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2067  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.06 
 
 
717 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.84 
 
 
700 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000261182  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.77 
 
 
706 aa  614  9.999999999999999e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.57 
 
 
698 aa  613  9.999999999999999e-175  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.29 
 
 
752 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.65 
 
 
701 aa  613  9.999999999999999e-175  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.65 
 
 
705 aa  615  9.999999999999999e-175  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.57 
 
 
698 aa  613  9.999999999999999e-175  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>