More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2438 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.77 
 
 		 723 aa  635    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2508  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  83.96 
 
 		 756 aa  1230    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.72 
 
 		 711 aa  685    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.89 
 
 		 697 aa  735    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52.05 
 
 		 692 aa  672    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.85 
 
 		 746 aa  637    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.72 
 
 		 710 aa  656    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.65 
 
 		 742 aa  890    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.554464 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.63 
 
 		 715 aa  639    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.33 
 
 		 712 aa  648    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.47 
 
 		 712 aa  650    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 		 712 aa  645    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.35 
 
 		 733 aa  647    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 714 aa  647    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.12 
 
 		 735 aa  676    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.3 
 
 		 696 aa  709    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.33 
 
 		 712 aa  647    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.33 
 
 		 712 aa  648    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.33 
 
 		 712 aa  648    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.36 
 
 		 699 aa  646    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1133  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.41 
 
 		 699 aa  640    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000984141  unclonable  0.0000000000121656 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.14 
 
 		 714 aa  649    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 		 714 aa  646    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.79 
 
 		 715 aa  641    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.78 
 
 		 712 aa  636    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.39 
 
 		 696 aa  736    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 		 706 aa  643    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.34 
 
 		 718 aa  647    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0054  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.14 
 
 		 743 aa  1120    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49 
 
 		 722 aa  641    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.51 
 
 		 695 aa  660    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.29 
 
 		 720 aa  644    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.83 
 
 		 702 aa  650    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.28 
 
 		 699 aa  725    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 703 aa  640    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 700 aa  640    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000844924  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.3 
 
 		 697 aa  743    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75.94 
 
 		 750 aa  1088    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.402315  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 700 aa  640    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000261182  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.33 
 
 		 712 aa  647    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.56 
 
 		 699 aa  640    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52.05 
 
 		 690 aa  672    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 		 701 aa  655    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.64 
 
 		 705 aa  637    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.33 
 
 		 712 aa  649    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 		 693 aa  650    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.43 
 
 		 749 aa  725    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.24 
 
 		 721 aa  668    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.34 
 
 		 718 aa  642    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.71 
 
 		 721 aa  729    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.47 
 
 		 712 aa  649    Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.88 
 
 		 712 aa  639    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.07 
 
 		 714 aa  657    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.05 
 
 		 736 aa  827    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.63 
 
 		 703 aa  693    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 		 712 aa  647    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.2 
 
 		 722 aa  641    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.37 
 
 		 707 aa  642    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.39 
 
 		 696 aa  739    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.43 
 
 		 696 aa  667    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 815 aa  646    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.01 
 
 		 771 aa  635    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.72 
 
 		 722 aa  724    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.5 
 
 		 715 aa  668    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2438  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 		 760 aa  1518    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.365635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.47 
 
 		 717 aa  649    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 730 aa  638    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.14 
 
 		 702 aa  657    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.4 
 
 		 700 aa  636    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.71 
 
 		 721 aa  729    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.22 
 
 		 720 aa  676    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.02 
 
 		 710 aa  640    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.88 
 
 		 714 aa  645    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.35 
 
 		 723 aa  637    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.43 
 
 		 696 aa  667    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.44 
 
 		 777 aa  637    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.09 
 
 		 699 aa  734    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 		 701 aa  647    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.1 
 
 		 706 aa  733    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.54 
 
 		 700 aa  638    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.07 
 
 		 745 aa  633  1e-180  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.92 
 
 		 725 aa  632  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.5 
 
 		 725 aa  635  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.54 
 
 		 704 aa  635  1e-180  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000712799  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.79 
 
 		 713 aa  632  1e-180  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.69 
 
 		 722 aa  632  1e-180  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.15 
 
 		 748 aa  633  1e-180  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.96 
 
 		 721 aa  632  1e-180  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49 
 
 		 752 aa  633  1e-180  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.64 
 
 		 728 aa  634  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.25 
 
 		 703 aa  633  1e-180  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.49 
 
 		 700 aa  635  1e-180  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3999  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.49 
 
 		 705 aa  629  1e-179  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.47 
 
 		 711 aa  629  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.43 
 
 		 715 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.07 
 
 		 714 aa  631  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0164  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.01 
 
 		 704 aa  629  1e-179  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 705 aa  629  1e-179  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.49 
 
 		 705 aa  629  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0042224  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.28 
 
 		 739 aa  631  1e-179  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>