140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2938 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2938  LytTR family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  487  1e-137  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0274197  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1441  LytTR family two component transcriptional regulator  27.64 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  27.98 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  26.36 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  26.36 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.36 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  26.36 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  26.36 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  26.36 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  26.36 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  26.36 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0583  response regulator  28.51 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2766  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.58 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2443  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.31 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.191147  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2357  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.29 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08681  transcriptional regulator  26.85 
 
 		 240 aa  58.5  0.00000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.803849  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0428  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.4 
 
 		 237 aa  58.2  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.472628  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4820  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.334432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.04 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1957  response regulator  25.22 
 
 		 250 aa  55.8  0.0000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  26.42 
 
 		 244 aa  55.8  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  27.67 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2171  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.24 
 
 		 249 aa  55.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0294549  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1879  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.24 
 
 		 249 aa  54.7  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247337  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  25 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  26.54 
 
 		 227 aa  54.3  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  25 
 
 		 243 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  25 
 
 		 243 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1697  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.26 
 
 		 240 aa  53.5  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.325505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.93 
 
 		 231 aa  53.1  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2270  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.79 
 
 		 234 aa  53.1  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2400  response regulator receiver protein  28.43 
 
 		 236 aa  52.8  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.14107  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.25 
 
 		 244 aa  52.8  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0915  chemotaxis protein CheY  27.42 
 
 		 122 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0788  response regulator receiver  27.42 
 
 		 122 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.05 
 
 		 224 aa  52.4  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.36 
 
 		 237 aa  52.4  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  25.82 
 
 		 243 aa  52.4  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  25.69 
 
 		 237 aa  52  0.000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  25.67 
 
 		 229 aa  51.6  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.51 
 
 		 250 aa  51.2  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.94 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.58 
 
 		 231 aa  51.2  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1315  response regulator receiver protein  32.1 
 
 		 121 aa  51.6  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0517324  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.4 
 
 		 243 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01640  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.3 
 
 		 238 aa  51.2  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0033  DNA-binding response regulator  29.11 
 
 		 239 aa  50.8  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00150761  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1139  response regulator receiver  30.68 
 
 		 121 aa  50.8  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.07 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  25.4 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  25.4 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.44 
 
 		 240 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2425  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.42 
 
 		 242 aa  50.8  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.3 
 
 		 243 aa  51.2  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.82 
 
 		 245 aa  50.8  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5058  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.63 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000256301  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2345  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.19 
 
 		 240 aa  50.1  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.681344 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  29.61 
 
 		 237 aa  49.7  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0899  response regulator receiver domain-containing protein  32.53 
 
 		 122 aa  49.3  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.96 
 
 		 715 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12230  response regulator of the LytR/AlgR family  36.11 
 
 		 242 aa  49.3  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  22.97 
 
 		 244 aa  49.3  0.00006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.81 
 
 		 236 aa  48.9  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2318  chemotaxis protein CheY  30.86 
 
 		 121 aa  48.9  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 252 aa  48.9  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4004  response regulator receiver domain-containing protein  32.39 
 
 		 269 aa  48.5  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.174802  normal  0.249031 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1869  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.06 
 
 		 243 aa  48.5  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000208305  normal  0.145854 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0114  response regulator receiver protein  25.4 
 
 		 120 aa  48.1  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.44 
 
 		 231 aa  48.1  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3200  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 256 aa  47.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000259787 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  21.76 
 
 		 238 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3796  response regulator receiver protein  30.86 
 
 		 109 aa  47.4  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5546  response regulator, putative  24.64 
 
 		 238 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.183398  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  28.18 
 
 		 237 aa  47  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.03 
 
 		 241 aa  46.6  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2025  two-component response regulator  25.56 
 
 		 252 aa  46.2  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1007  chemotaxis protein CheY  32.48 
 
 		 126 aa  46.2  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1482  LytTr family DNA-binding response regulator  25.81 
 
 		 236 aa  45.8  0.0005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00010327  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3768  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 		 1954 aa  45.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.06 
 
 		 227 aa  45.8  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1219  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 		 375 aa  45.8  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.745377  normal  0.599724 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0498  DNA-binding response regulator  25.86 
 
 		 238 aa  45.4  0.0007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000000794566  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.29 
 
 		 230 aa  45.8  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0187  response regulator receiver protein  22.22 
 
 		 120 aa  45.4  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.19 
 
 		 235 aa  45.4  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5387  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 		 375 aa  45.4  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0971839 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.06 
 
 		 235 aa  45.4  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4207  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 		 370 aa  45.4  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.728065 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  23.38 
 
 		 235 aa  45.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0167  response regulator receiver protein  22.22 
 
 		 120 aa  44.7  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 232 aa  44.7  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.15 
 
 		 239 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.15 
 
 		 239 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.15 
 
 		 239 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.15 
 
 		 239 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5597  putative response regulator  24.17 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0176672  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5541  putative response regulator  24.87 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0307727  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5410  putative response regulator  24.87 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0150801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.81 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>