99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7403 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7403  putative chromosome partitioning protein parB  100 
 
 
133 aa  263  8e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  80.65 
 
 
714 aa  204  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0538  ParB family protein  77.42 
 
 
714 aa  201  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1059  ParB domain protein nuclease  77.42 
 
 
685 aa  191  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4025  parB-like partition protein  76.61 
 
 
687 aa  190  6e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.934499  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4579  parB-like partition protein  75.81 
 
 
687 aa  189  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.914169  normal  0.147919 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1468  putative plasmid stabilization protein  75.19 
 
 
129 aa  189  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.449955  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0571  parB-like partition protein  75 
 
 
687 aa  189  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.462321  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0771  nuclease  77.42 
 
 
708 aa  187  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  73.39 
 
 
712 aa  185  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3327  putative plasmid stabilization protein  73.68 
 
 
129 aa  184  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6053  nuclease  69.35 
 
 
694 aa  184  4e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  72.58 
 
 
714 aa  184  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2858  nuclease  78.33 
 
 
709 aa  184  5e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0970138 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0730  nuclease  73.39 
 
 
734 aa  183  6e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.232794  normal  0.968585 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  71.77 
 
 
708 aa  181  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  71.77 
 
 
706 aa  181  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  71.77 
 
 
706 aa  181  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2347  ParB-like nuclease  72.22 
 
 
156 aa  179  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2520  ParB-like nuclease  72.58 
 
 
694 aa  172  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216239  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3567  ParB-like nuclease  75 
 
 
703 aa  170  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0380  ParB family protein  72.73 
 
 
713 aa  170  5.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6187  ParB domain protein nuclease  69.35 
 
 
711 aa  170  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00276297 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2659  hypothetical protein  71.07 
 
 
713 aa  166  7e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.603455  normal  0.436395 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7705  hypothetical protein  63.16 
 
 
133 aa  166  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.101496 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3920  ParB-like nuclease  71.77 
 
 
703 aa  163  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8287  ParB domain protein nuclease  66.39 
 
 
709 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.246382  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4923  parB-like partition protein  67.74 
 
 
706 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.953106  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4146  ParB-like nuclease  67.2 
 
 
717 aa  161  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0488845  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0192  ParB family protein  68.64 
 
 
703 aa  158  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4594  putative plasmid stabilization protein  63.2 
 
 
696 aa  152  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473967  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2123  hypothetical protein  59.68 
 
 
717 aa  151  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5564  ParB domain protein nuclease  56.91 
 
 
759 aa  140  8e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0978774 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4956  nuclease  62.9 
 
 
172 aa  121  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.457337  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2279  hypothetical protein  77.92 
 
 
134 aa  120  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.196831 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3819  hypothetical protein  47.11 
 
 
723 aa  113  6.9999999999999995e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3151  hypothetical protein  46.92 
 
 
716 aa  110  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258373  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7316  putative ParB-like nuclease  47.24 
 
 
146 aa  84  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0550  parB-like partition protein  45.22 
 
 
615 aa  77.8  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3925  parB-like partition protein  44.95 
 
 
690 aa  71.2  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2733  nuclease  44.95 
 
 
688 aa  67.8  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905416  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3033  ParB family protein  44.95 
 
 
688 aa  67.8  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2465  ParB-like nuclease  44.34 
 
 
658 aa  66.2  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2859  ParB-like nuclease  39.37 
 
 
726 aa  64.7  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0315  nuclease  42.73 
 
 
636 aa  64.3  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3808  nuclease  44.14 
 
 
694 aa  63.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0428  parB-like partition proteins  41.44 
 
 
662 aa  61.2  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.62662  normal  0.628869 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2198  ParB family protein  40.54 
 
 
662 aa  59.7  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776578  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0625  ParB-like nuclease  43.36 
 
 
485 aa  58.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0680  nuclease  45.87 
 
 
681 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1245  ParB family protein  45.87 
 
 
683 aa  58.2  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.034848 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2640  ParB family protein  44.95 
 
 
690 aa  56.2  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.587748  normal  0.035821 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3672  nuclease  39.82 
 
 
715 aa  56.6  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2219  ParB-like nuclease  39.82 
 
 
667 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.488609  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1870  ParB domain protein nuclease  44.44 
 
 
684 aa  53.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2943  nuclease  44.04 
 
 
683 aa  53.1  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24471  normal  0.819404 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1816  parB-like partition protein  33.03 
 
 
576 aa  52.8  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.357609  normal  0.915413 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2612  ParB domain protein nuclease  44.95 
 
 
679 aa  52.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0406  nuclease  40.48 
 
 
325 aa  52  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.75021  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2322  nuclease  42.2 
 
 
682 aa  52.4  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31190  hypothetical protein  43.43 
 
 
684 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126349  unclonable  1.05034e-21 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9896  transcriptional regulator  36.11 
 
 
645 aa  49.7  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1478  ParB family protein  44.44 
 
 
680 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0467  nuclease  44.04 
 
 
687 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0254  helix-turn-helix, Fis-type  35.09 
 
 
785 aa  48.5  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3534  ParB domain protein nuclease  44.44 
 
 
687 aa  48.1  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2078  ParB domain protein nuclease  47.46 
 
 
677 aa  47  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2663  parB-like partition protein  33.64 
 
 
300 aa  47  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0851711  normal  0.479198 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0006  ParB family chromosome partioning protein  36.44 
 
 
279 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.269835  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2887  parB-like partition proteins  33.64 
 
 
296 aa  45.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4159  nuclease  44.86 
 
 
679 aa  45.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.841229  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5200  nuclease  37.76 
 
 
595 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6935  nuclease  36.21 
 
 
709 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0146149  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1225  chromosome segregation DNA-binding protein  33.64 
 
 
301 aa  44.7  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2422  parB-like partition protein  30.77 
 
 
285 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00568139 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0139  ParB domain-containing protein  39.09 
 
 
669 aa  42.4  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000818484 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3927  parB-like partition protein  31.9 
 
 
293 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.47088 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0007  parB-like partition proteins  30.91 
 
 
292 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2011  nuclease  31.07 
 
 
608 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.810244  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2731  parB-like partition protein  33.33 
 
 
279 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2788  parB-like partition protein  33.33 
 
 
279 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4417  nuclease  30.95 
 
 
626 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000853947  decreased coverage  0.00344778 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4477  ParB domain protein nuclease  33.9 
 
 
624 aa  41.6  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000629481  normal  0.555503 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2045  parB-like partition protein  32.2 
 
 
310 aa  42  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4525  ParB domain protein nuclease  33.9 
 
 
624 aa  41.6  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00810942  normal  0.619487 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4410  ParB domain protein nuclease  30.95 
 
 
626 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.902867 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3193  parB-like partition proteins  32.08 
 
 
597 aa  41.6  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.101554  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1743  Spo0J-like protein  34.23 
 
 
293 aa  42  0.003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000307914  normal 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4600  nuclease  30.95 
 
 
626 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000283413  normal  0.96805 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5262  ParB family protein  35.14 
 
 
729 aa  42  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3049  parB-like partition protein  33.63 
 
 
272 aa  40.8  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.622521  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3740  nuclease  43.52 
 
 
692 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4579  nuclease  30.16 
 
 
624 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0158793  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1978  chromosome partitioning protein ParB  31.53 
 
 
293 aa  40.8  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2058  chromosome partitioning protein ParB  31.53 
 
 
293 aa  40.8  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4953  parB-like partition protein  33.33 
 
 
283 aa  40.4  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000194343  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1277  ParB domain protein nuclease  44.44 
 
 
689 aa  40.4  0.009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3036  parB-like partition protein  36.36 
 
 
310 aa  40.4  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3426  parB-like partition protein  29.73 
 
 
281 aa  40.4  0.009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>