More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2612 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008752  Aave_0680  nuclease  69.6 
 
 
681 aa  905    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1870  ParB domain protein nuclease  70.89 
 
 
684 aa  907    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2078  ParB domain protein nuclease  56.24 
 
 
677 aa  649    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4159  nuclease  70.9 
 
 
679 aa  853    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.841229  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2943  nuclease  92.97 
 
 
683 aa  1246    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24471  normal  0.819404 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3534  ParB domain protein nuclease  83.14 
 
 
687 aa  1039    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2612  ParB domain protein nuclease  100 
 
 
679 aa  1353    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2640  ParB family protein  70.03 
 
 
690 aa  914    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.587748  normal  0.035821 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1277  ParB domain protein nuclease  83.53 
 
 
689 aa  1048    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1245  ParB family protein  70.89 
 
 
683 aa  932    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.034848 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1478  ParB family protein  84.73 
 
 
680 aa  1090    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3033  ParB family protein  89.84 
 
 
688 aa  1185    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2322  nuclease  72.74 
 
 
682 aa  968    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0467  nuclease  84.83 
 
 
687 aa  1063    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3740  nuclease  81.06 
 
 
692 aa  1003    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2733  nuclease  89.84 
 
 
688 aa  1185    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905416  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31190  hypothetical protein  70.74 
 
 
684 aa  930    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126349  unclonable  1.05034e-21 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2617  hypothetical protein  78.63 
 
 
597 aa  503  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2219  ParB-like nuclease  38.69 
 
 
667 aa  397  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.488609  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2465  ParB-like nuclease  37.31 
 
 
658 aa  362  1e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0315  nuclease  38.1 
 
 
636 aa  357  3.9999999999999996e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2572  ParB family protein  38.12 
 
 
765 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.306816  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6935  nuclease  39.46 
 
 
709 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0146149  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5399  ParB domain protein nuclease  38.65 
 
 
623 aa  333  4e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.883883  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0192  ParB family protein  37.08 
 
 
703 aa  328  2.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6483  ParB domain protein nuclease  37.56 
 
 
740 aa  326  7e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.656524  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0477  putative ParB-like nuclease  39.1 
 
 
754 aa  323  5e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.487335  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2858  nuclease  37.03 
 
 
709 aa  320  7e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0970138 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0771  nuclease  36.49 
 
 
708 aa  318  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3672  nuclease  36.98 
 
 
715 aa  318  2e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1059  ParB domain protein nuclease  35.58 
 
 
685 aa  312  1e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8287  ParB domain protein nuclease  36.64 
 
 
709 aa  312  2e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.246382  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4579  parB-like partition protein  35.75 
 
 
687 aa  310  5.9999999999999995e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.914169  normal  0.147919 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  35.61 
 
 
714 aa  309  9e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  34.2 
 
 
706 aa  309  1.0000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  34.2 
 
 
706 aa  309  1.0000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4025  parB-like partition protein  36.11 
 
 
687 aa  309  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.934499  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0571  parB-like partition protein  36.4 
 
 
687 aa  307  3e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.462321  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6187  ParB domain protein nuclease  36.18 
 
 
711 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00276297 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6053  nuclease  35.42 
 
 
694 aa  306  6e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3808  nuclease  36.49 
 
 
694 aa  305  2.0000000000000002e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0538  ParB family protein  36.43 
 
 
714 aa  303  5.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2659  hypothetical protein  35.61 
 
 
713 aa  303  9e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.603455  normal  0.436395 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1781  putative plasmid stabilization protein  37.44 
 
 
727 aa  301  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.901173 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2520  ParB-like nuclease  36.38 
 
 
694 aa  300  6e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216239  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6194  nuclease  33.57 
 
 
751 aa  299  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0926146  normal  0.731953 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0550  parB-like partition protein  36.33 
 
 
615 aa  299  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3567  ParB-like nuclease  35.88 
 
 
703 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  34.36 
 
 
714 aa  294  3e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0380  ParB family protein  35.59 
 
 
713 aa  293  7e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4923  parB-like partition protein  35.65 
 
 
706 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.953106  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  34.42 
 
 
708 aa  290  9e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  34.49 
 
 
712 aa  289  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4146  ParB-like nuclease  34.23 
 
 
717 aa  287  5e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0488845  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2859  ParB-like nuclease  34.13 
 
 
726 aa  286  5.999999999999999e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4602  parB-like partition protein  35.11 
 
 
654 aa  283  9e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.469215  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3920  ParB-like nuclease  35.01 
 
 
703 aa  282  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0730  nuclease  35.01 
 
 
734 aa  280  6e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.232794  normal  0.968585 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4594  putative plasmid stabilization protein  34.2 
 
 
696 aa  276  8e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473967  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2123  hypothetical protein  33.73 
 
 
717 aa  271  4e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5564  ParB domain protein nuclease  33.57 
 
 
759 aa  267  5e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0978774 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9896  transcriptional regulator  32.38 
 
 
645 aa  264  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3151  hypothetical protein  32.4 
 
 
716 aa  261  4e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258373  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0139  ParB domain-containing protein  32.82 
 
 
669 aa  250  6e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000818484 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3819  hypothetical protein  31.86 
 
 
723 aa  238  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1474  ParB family protein  34.81 
 
 
577 aa  221  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.430156  normal 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0068  plasmid partition protein B  30.89 
 
 
652 aa  218  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.878087 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4994  ParB domain protein nuclease  43.84 
 
 
380 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00893638  normal  0.0336784 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3333  putative plasmid stabilization protein  33.11 
 
 
577 aa  216  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2198  ParB family protein  31.16 
 
 
662 aa  212  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776578  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4273  nuclease  31.27 
 
 
670 aa  212  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7711  hypothetical protein  32.73 
 
 
582 aa  210  6e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0320471 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0054  ParB-like partition protein  31.15 
 
 
654 aa  209  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.737762 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0024  plasmid partition protein B  31.21 
 
 
654 aa  207  6e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0428  parB-like partition proteins  31.73 
 
 
662 aa  206  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.62662  normal  0.628869 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0053  ParB-like partition protein  30.56 
 
 
652 aa  205  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172926  hitchhiker  0.000557548 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7310  putative ParB-like nuclease  31.97 
 
 
528 aa  204  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2346  putative DNA-binding protein  32.94 
 
 
536 aa  201  3.9999999999999996e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.598568  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7409  hypothetical protein  32.63 
 
 
546 aa  197  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3925  parB-like partition protein  29.51 
 
 
690 aa  196  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5262  ParB family protein  27.87 
 
 
729 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4477  ParB domain protein nuclease  38.36 
 
 
624 aa  151  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000629481  normal  0.555503 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4525  ParB domain protein nuclease  38.49 
 
 
624 aa  151  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00810942  normal  0.619487 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4579  nuclease  40.34 
 
 
624 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0158793  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0031  ParB family partitioning protein  38.76 
 
 
624 aa  150  9e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.264156  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4600  nuclease  40.34 
 
 
626 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000283413  normal  0.96805 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4410  ParB domain protein nuclease  40.34 
 
 
626 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.902867 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4417  nuclease  40.34 
 
 
626 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000853947  decreased coverage  0.00344778 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5200  nuclease  29.78 
 
 
595 aa  146  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4015  parB-like partition protein  30.45 
 
 
660 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3733  parB-like partition protein  29.63 
 
 
660 aa  131  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0625  ParB-like nuclease  35.35 
 
 
485 aa  130  6e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4969  ParB-like nuclease  34.55 
 
 
295 aa  130  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.522723 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3345  nuclease  28.18 
 
 
603 aa  117  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.0526297 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1642  ParB-like nuclease  35.11 
 
 
623 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2079  ParB family protein  27.78 
 
 
603 aa  114  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2258  nuclease  35.69 
 
 
607 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0720626  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1660  ParB family protein  35.69 
 
 
389 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3609  ParB family protein  35.69 
 
 
606 aa  112  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0011  hypothetical protein  25.92 
 
 
422 aa  109  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>