More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1541 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0730  nuclease  81.39 
 
 		 734 aa  1089    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.232794  normal  0.968585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7409  hypothetical protein  63.09 
 
 		 546 aa  645    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4025  parB-like partition protein  58.5 
 
 		 687 aa  720    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.934499  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3151  hypothetical protein  57.08 
 
 		 716 aa  764    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258373  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4579  parB-like partition protein  58.17 
 
 		 687 aa  719    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.914169  normal  0.147919 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2123  hypothetical protein  60.92 
 
 		 717 aa  805    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  63.41 
 
 		 714 aa  872    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  74.06 
 
 		 712 aa  989    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0571  parB-like partition protein  55.73 
 
 		 687 aa  716    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.462321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0380  ParB family protein  52.86 
 
 		 713 aa  683    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  71.53 
 
 		 706 aa  1012    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3567  ParB-like nuclease  59.1 
 
 		 703 aa  788    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3920  ParB-like nuclease  58.8 
 
 		 703 aa  787    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6053  nuclease  63.76 
 
 		 694 aa  849    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1059  ParB domain protein nuclease  56.89 
 
 		 685 aa  726    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7711  hypothetical protein  60 
 
 		 582 aa  644    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320471 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8287  ParB domain protein nuclease  51.04 
 
 		 709 aa  640    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.246382  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2659  hypothetical protein  52.21 
 
 		 713 aa  691    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.603455  normal  0.436395 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4146  ParB-like nuclease  48.28 
 
 		 717 aa  636    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0488845  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0538  ParB family protein  65.86 
 
 		 714 aa  894    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3819  hypothetical protein  51.19 
 
 		 723 aa  675    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6187  ParB domain protein nuclease  51.1 
 
 		 711 aa  693    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00276297 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  71.53 
 
 		 706 aa  1012    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2858  nuclease  57.69 
 
 		 709 aa  729    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0970138 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  71.39 
 
 		 714 aa  1011    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4923  parB-like partition protein  51.17 
 
 		 706 aa  678    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.953106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  100 
 
 		 708 aa  1429    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0771  nuclease  58.14 
 
 		 708 aa  734    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0192  ParB family protein  49.15 
 
 		 703 aa  634  1e-180  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4594  putative plasmid stabilization protein  47.15 
 
 		 696 aa  615  1e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473967  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2520  ParB-like nuclease  48.89 
 
 		 694 aa  599  1e-170  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1474  ParB family protein  56.28 
 
 		 577 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.430156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3333  putative plasmid stabilization protein  54.86 
 
 		 577 aa  568  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5564  ParB domain protein nuclease  46.21 
 
 		 759 aa  530  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0978774 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2859  ParB-like nuclease  41.29 
 
 		 726 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2346  putative DNA-binding protein  49.64 
 
 		 536 aa  464  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.598568  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3672  nuclease  41.91 
 
 		 715 aa  456  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3808  nuclease  41.75 
 
 		 694 aa  447  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0315  nuclease  38.21 
 
 		 636 aa  399  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7310  putative ParB-like nuclease  41.47 
 
 		 528 aa  360  4e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0550  parB-like partition protein  37.18 
 
 		 615 aa  354  2.9999999999999997e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0680  nuclease  35.44 
 
 		 681 aa  304  4.0000000000000003e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2465  ParB-like nuclease  32.34 
 
 		 658 aa  300  8e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1245  ParB family protein  35.44 
 
 		 683 aa  299  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.034848 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4602  parB-like partition protein  33.09 
 
 		 654 aa  297  4e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.469215  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2640  ParB family protein  35.43 
 
 		 690 aa  296  9e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.587748  normal  0.035821 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2943  nuclease  35.67 
 
 		 683 aa  290  5.0000000000000004e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24471  normal  0.819404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31190  hypothetical protein  33.48 
 
 		 684 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126349  unclonable  1.05034e-21 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2733  nuclease  34.17 
 
 		 688 aa  283  7.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3033  ParB family protein  34.17 
 
 		 688 aa  283  7.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1870  ParB domain protein nuclease  34.3 
 
 		 684 aa  283  7.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2322  nuclease  34.08 
 
 		 682 aa  282  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6194  nuclease  30.95 
 
 		 751 aa  277  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0926146  normal  0.731953 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6935  nuclease  33.48 
 
 		 709 aa  277  4e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0146149  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1478  ParB family protein  35.41 
 
 		 680 aa  277  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3089  hypothetical protein  56.25 
 
 		 369 aa  274  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.762612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6483  ParB domain protein nuclease  33.66 
 
 		 740 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.656524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2219  ParB-like nuclease  32.84 
 
 		 667 aa  273  9e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.488609  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1277  ParB domain protein nuclease  35.29 
 
 		 689 aa  271  4e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2612  ParB domain protein nuclease  35.12 
 
 		 679 aa  270  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0467  nuclease  35.38 
 
 		 687 aa  269  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3534  ParB domain protein nuclease  34.83 
 
 		 687 aa  268  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9896  transcriptional regulator  32.24 
 
 		 645 aa  263  6e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4159  nuclease  34.74 
 
 		 679 aa  263  8.999999999999999e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.841229  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2078  ParB domain protein nuclease  35.49 
 
 		 677 aa  259  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3740  nuclease  33.85 
 
 		 692 aa  257  5e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1781  putative plasmid stabilization protein  33.33 
 
 		 727 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.901173 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2572  ParB family protein  33.58 
 
 		 765 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.306816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0477  putative ParB-like nuclease  34.11 
 
 		 754 aa  247  4.9999999999999997e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.487335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0139  ParB domain-containing protein  30.53 
 
 		 669 aa  231  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000818484 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2347  ParB-like nuclease  71.07 
 
 		 156 aa  226  9e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107377  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3925  parB-like partition protein  28.59 
 
 		 690 aa  224  6e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5399  ParB domain protein nuclease  31.45 
 
 		 623 aa  212  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.883883  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2198  ParB family protein  30.68 
 
 		 662 aa  205  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776578  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0428  parB-like partition proteins  30.48 
 
 		 662 aa  205  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.62662  normal  0.628869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7403  putative chromosome partitioning protein parB  71.77 
 
 		 133 aa  182  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0068  plasmid partition protein B  28.29 
 
 		 652 aa  176  9e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.878087 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0024  plasmid partition protein B  27.92 
 
 		 654 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5262  ParB family protein  26.91 
 
 		 729 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4956  nuclease  64.24 
 
 		 172 aa  174  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.457337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0054  ParB-like partition protein  27.98 
 
 		 654 aa  170  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.737762 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4525  ParB domain protein nuclease  38.36 
 
 		 624 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00810942  normal  0.619487 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4477  ParB domain protein nuclease  38.36 
 
 		 624 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000629481  normal  0.555503 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4579  nuclease  38.28 
 
 		 624 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0158793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1468  putative plasmid stabilization protein  69.05 
 
 		 129 aa  166  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.449955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0053  ParB-like partition protein  27.68 
 
 		 652 aa  166  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172926  hitchhiker  0.000557548 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4410  ParB domain protein nuclease  36.45 
 
 		 626 aa  164  7e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.902867 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4600  nuclease  36.45 
 
 		 626 aa  164  7e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000283413  normal  0.96805 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4417  nuclease  36.45 
 
 		 626 aa  164  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000853947  decreased coverage  0.00344778 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0031  ParB family partitioning protein  37.93 
 
 		 624 aa  163  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.264156  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3327  putative plasmid stabilization protein  67.46 
 
 		 129 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4994  ParB domain protein nuclease  37.79 
 
 		 380 aa  151  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00893638  normal  0.0336784 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2617  hypothetical protein  42.91 
 
 		 597 aa  148  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5200  nuclease  33.33 
 
 		 595 aa  147  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1642  ParB-like nuclease  30.53 
 
 		 623 aa  144  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4273  nuclease  27.99 
 
 		 670 aa  144  5e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7705  hypothetical protein  58.06 
 
 		 133 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.101496 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3345  nuclease  39.72 
 
 		 603 aa  132  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.0526297 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3609  ParB family protein  38.89 
 
 		 606 aa  128  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2258  nuclease  39.01 
 
 		 607 aa  128  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0720626  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>