254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3920 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_2858  nuclease  60.9 
 
 		 709 aa  780    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0970138 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  63.96 
 
 		 712 aa  809    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1474  ParB family protein  71.58 
 
 		 577 aa  812    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.430156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0192  ParB family protein  52.47 
 
 		 703 aa  708    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2123  hypothetical protein  57.23 
 
 		 717 aa  724    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7409  hypothetical protein  59.74 
 
 		 546 aa  640    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8287  ParB domain protein nuclease  50.68 
 
 		 709 aa  635    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.246382  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  60.84 
 
 		 706 aa  806    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0380  ParB family protein  57.82 
 
 		 713 aa  766    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  60.84 
 
 		 706 aa  806    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3567  ParB-like nuclease  88.19 
 
 		 703 aa  1265    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3920  ParB-like nuclease  100 
 
 		 703 aa  1422    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0571  parB-like partition protein  57.57 
 
 		 687 aa  745    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.462321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1059  ParB domain protein nuclease  55.12 
 
 		 685 aa  699    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0730  nuclease  60.64 
 
 		 734 aa  786    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.232794  normal  0.968585 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2520  ParB-like nuclease  50.22 
 
 		 694 aa  641    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2659  hypothetical protein  54.03 
 
 		 713 aa  721    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.603455  normal  0.436395 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3151  hypothetical protein  54.02 
 
 		 716 aa  705    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258373  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4579  parB-like partition protein  57.25 
 
 		 687 aa  724    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.914169  normal  0.147919 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4146  ParB-like nuclease  52.2 
 
 		 717 aa  696    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0488845  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4594  putative plasmid stabilization protein  51.72 
 
 		 696 aa  662    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473967  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0538  ParB family protein  62.92 
 
 		 714 aa  859    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  61.84 
 
 		 714 aa  824    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3333  putative plasmid stabilization protein  64.31 
 
 		 577 aa  718    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  59.77 
 
 		 708 aa  767    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4025  parB-like partition protein  58.46 
 
 		 687 aa  729    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.934499  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0771  nuclease  61.65 
 
 		 708 aa  786    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6187  ParB domain protein nuclease  53.41 
 
 		 711 aa  721    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00276297 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6053  nuclease  55.03 
 
 		 694 aa  718    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  65.6 
 
 		 714 aa  915    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4923  parB-like partition protein  54.01 
 
 		 706 aa  712    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.953106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3819  hypothetical protein  48.46 
 
 		 723 aa  619  1e-176  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7711  hypothetical protein  56.76 
 
 		 582 aa  589  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320471 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5564  ParB domain protein nuclease  46.24 
 
 		 759 aa  568  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0978774 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2346  putative DNA-binding protein  50.46 
 
 		 536 aa  491  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.598568  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2859  ParB-like nuclease  43.37 
 
 		 726 aa  465  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3808  nuclease  42.24 
 
 		 694 aa  457  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3672  nuclease  40.61 
 
 		 715 aa  445  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7310  putative ParB-like nuclease  42.97 
 
 		 528 aa  373  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0315  nuclease  36.76 
 
 		 636 aa  342  1e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0550  parB-like partition protein  34.5 
 
 		 615 aa  316  9e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2465  ParB-like nuclease  32.44 
 
 		 658 aa  301  3e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3089  hypothetical protein  57.43 
 
 		 369 aa  290  8e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.762612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2733  nuclease  33.57 
 
 		 688 aa  281  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3033  ParB family protein  33.57 
 
 		 688 aa  281  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2640  ParB family protein  34.38 
 
 		 690 aa  281  3e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.587748  normal  0.035821 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1245  ParB family protein  34.89 
 
 		 683 aa  279  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.034848 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31190  hypothetical protein  34.53 
 
 		 684 aa  278  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126349  unclonable  1.05034e-21 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0680  nuclease  35 
 
 		 681 aa  278  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2943  nuclease  34.66 
 
 		 683 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24471  normal  0.819404 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2322  nuclease  34.34 
 
 		 682 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1870  ParB domain protein nuclease  34.91 
 
 		 684 aa  271  4e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2612  ParB domain protein nuclease  35.41 
 
 		 679 aa  264  3e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6483  ParB domain protein nuclease  33.66 
 
 		 740 aa  261  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.656524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0467  nuclease  34.22 
 
 		 687 aa  261  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2219  ParB-like nuclease  31.82 
 
 		 667 aa  256  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.488609  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9896  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 645 aa  253  6e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2078  ParB domain protein nuclease  34.09 
 
 		 677 aa  249  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1478  ParB family protein  34.05 
 
 		 680 aa  249  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3534  ParB domain protein nuclease  33.71 
 
 		 687 aa  247  4.9999999999999997e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2572  ParB family protein  33.48 
 
 		 765 aa  246  8e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.306816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4159  nuclease  33.38 
 
 		 679 aa  244  6e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.841229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1277  ParB domain protein nuclease  34.1 
 
 		 689 aa  242  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4602  parB-like partition protein  32.08 
 
 		 654 aa  241  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.469215  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3740  nuclease  32.96 
 
 		 692 aa  232  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0477  putative ParB-like nuclease  33.53 
 
 		 754 aa  232  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.487335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6194  nuclease  28.65 
 
 		 751 aa  230  7e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0926146  normal  0.731953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1781  putative plasmid stabilization protein  31.82 
 
 		 727 aa  230  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.901173 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5399  ParB domain protein nuclease  32.63 
 
 		 623 aa  229  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.883883  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6935  nuclease  29.71 
 
 		 709 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0146149  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2347  ParB-like nuclease  70.51 
 
 		 156 aa  218  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107377  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0139  ParB domain-containing protein  29.93 
 
 		 669 aa  210  7e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000818484 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1468  putative plasmid stabilization protein  86.32 
 
 		 129 aa  206  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.449955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0428  parB-like partition proteins  29.76 
 
 		 662 aa  204  4e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.62662  normal  0.628869 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3925  parB-like partition protein  28.89 
 
 		 690 aa  204  5e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2198  ParB family protein  29.46 
 
 		 662 aa  200  7e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776578  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3327  putative plasmid stabilization protein  86.09 
 
 		 129 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0024  plasmid partition protein B  27.74 
 
 		 654 aa  167  5e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4579  nuclease  25.96 
 
 		 624 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0158793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0068  plasmid partition protein B  27.67 
 
 		 652 aa  166  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.878087 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4600  nuclease  25.65 
 
 		 626 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000283413  normal  0.96805 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4417  nuclease  25.65 
 
 		 626 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000853947  decreased coverage  0.00344778 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4410  ParB domain protein nuclease  25.65 
 
 		 626 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.902867 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4525  ParB domain protein nuclease  25.58 
 
 		 624 aa  164  6e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00810942  normal  0.619487 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0054  ParB-like partition protein  28.03 
 
 		 654 aa  163  9e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.737762 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7403  putative chromosome partitioning protein parB  71.77 
 
 		 133 aa  163  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4956  nuclease  65.31 
 
 		 172 aa  163  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.457337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4477  ParB domain protein nuclease  25.27 
 
 		 624 aa  161  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000629481  normal  0.555503 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0031  ParB family partitioning protein  25.65 
 
 		 624 aa  159  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.264156  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0053  ParB-like partition protein  27.88 
 
 		 652 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172926  hitchhiker  0.000557548 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2617  hypothetical protein  46.48 
 
 		 597 aa  148  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4994  ParB domain protein nuclease  35.87 
 
 		 380 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00893638  normal  0.0336784 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5262  ParB family protein  25.1 
 
 		 729 aa  140  7.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4273  nuclease  26.88 
 
 		 670 aa  139  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5200  nuclease  31.78 
 
 		 595 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3345  nuclease  34.63 
 
 		 603 aa  128  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.0526297 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7705  hypothetical protein  58.68 
 
 		 133 aa  127  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.101496 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3609  ParB family protein  34.46 
 
 		 606 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1642  ParB-like nuclease  30.05 
 
 		 623 aa  124  7e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2258  nuclease  33.85 
 
 		 607 aa  124  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0720626  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>