More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1816 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1816  parB-like partition protein  100 
 
 
576 aa  1167    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.357609  normal  0.915413 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2011  nuclease  48.72 
 
 
608 aa  490  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.810244  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2232  nuclease  46.32 
 
 
625 aa  462  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.622811 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0315  nuclease  35.34 
 
 
636 aa  124  7e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0254  helix-turn-helix, Fis-type  31.55 
 
 
785 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8287  ParB domain protein nuclease  31.93 
 
 
709 aa  112  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.246382  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  30.42 
 
 
708 aa  99.8  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4923  parB-like partition protein  30.18 
 
 
706 aa  96.3  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.953106  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4477  ParB domain protein nuclease  28.75 
 
 
624 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000629481  normal  0.555503 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4525  ParB domain protein nuclease  28.75 
 
 
624 aa  96.3  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00810942  normal  0.619487 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  28.42 
 
 
706 aa  94.7  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  28.42 
 
 
706 aa  94.7  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  28.77 
 
 
714 aa  92  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4146  ParB-like nuclease  28.21 
 
 
717 aa  92.4  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0488845  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4417  nuclease  29.85 
 
 
626 aa  92  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000853947  decreased coverage  0.00344778 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4600  nuclease  29.85 
 
 
626 aa  92  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000283413  normal  0.96805 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4410  ParB domain protein nuclease  29.85 
 
 
626 aa  92  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.902867 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  27.72 
 
 
714 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0538  ParB family protein  29.78 
 
 
714 aa  90.9  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3567  ParB-like nuclease  29.47 
 
 
703 aa  90.1  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0031  ParB family partitioning protein  28.05 
 
 
624 aa  89.7  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.264156  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9896  transcriptional regulator  28.42 
 
 
645 aa  89.7  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4579  parB-like partition protein  29.89 
 
 
687 aa  89.7  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.914169  normal  0.147919 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4579  nuclease  28.78 
 
 
624 aa  88.6  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0158793  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  28.27 
 
 
712 aa  88.6  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6187  ParB domain protein nuclease  29.37 
 
 
711 aa  88.6  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00276297 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3920  ParB-like nuclease  28.77 
 
 
703 aa  88.2  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0467  nuclease  31.37 
 
 
687 aa  88.2  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4025  parB-like partition protein  29.52 
 
 
687 aa  87.8  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.934499  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0550  parB-like partition protein  30.29 
 
 
615 aa  87.8  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2733  nuclease  30.92 
 
 
688 aa  87.4  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905416  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3033  ParB family protein  30.92 
 
 
688 aa  87.4  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5399  ParB domain protein nuclease  29.63 
 
 
623 aa  85.5  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.883883  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0192  ParB family protein  28.87 
 
 
703 aa  84.3  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0571  parB-like partition protein  28.78 
 
 
687 aa  84.3  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.462321  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0730  nuclease  27.56 
 
 
734 aa  83.6  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.232794  normal  0.968585 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1059  ParB domain protein nuclease  26.12 
 
 
685 aa  83.6  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2858  nuclease  27.94 
 
 
709 aa  83.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0970138 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2640  ParB family protein  30.37 
 
 
690 aa  82.8  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.587748  normal  0.035821 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0771  nuclease  28.31 
 
 
708 aa  82.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5200  nuclease  30.08 
 
 
595 aa  82.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2520  ParB-like nuclease  28.42 
 
 
694 aa  82  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216239  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4602  parB-like partition protein  26.92 
 
 
654 aa  81.6  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.469215  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1277  parB-like partition protein  36.49 
 
 
303 aa  81.6  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4159  nuclease  28.84 
 
 
679 aa  80.9  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.841229  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6483  ParB domain protein nuclease  30.22 
 
 
740 aa  80.5  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.656524  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4994  ParB domain protein nuclease  28 
 
 
380 aa  79.7  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00893638  normal  0.0336784 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2591  parB-like partition protein  35.85 
 
 
294 aa  79.3  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.107076 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0680  nuclease  29.21 
 
 
681 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2219  ParB-like nuclease  28.92 
 
 
667 aa  79  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.488609  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2943  nuclease  29 
 
 
683 aa  79.3  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24471  normal  0.819404 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2612  ParB domain protein nuclease  29.39 
 
 
679 aa  79.3  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1478  ParB family protein  31 
 
 
680 aa  79  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3534  ParB domain protein nuclease  30.26 
 
 
687 aa  78.6  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4138  chromosome segregation DNA-binding protein  32.09 
 
 
292 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.001205  hitchhiker  0.000138083 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1245  ParB family protein  28.89 
 
 
683 aa  77.8  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.034848 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3933  chromosome segregation DNA-binding protein  32.95 
 
 
292 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000290836  hitchhiker  0.00288573 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4594  putative plasmid stabilization protein  26.28 
 
 
696 aa  77.4  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473967  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4025  chromosome segregation DNA-binding protein  31.55 
 
 
292 aa  77.8  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.006539  normal  0.910655 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2322  nuclease  29.21 
 
 
682 aa  77.4  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31190  hypothetical protein  30 
 
 
684 aa  77.4  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126349  unclonable  1.05034e-21 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4755  ParB family protein  33.91 
 
 
292 aa  77  0.0000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1936  parB-like partition protein  31.93 
 
 
296 aa  76.3  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1870  ParB domain protein nuclease  30.86 
 
 
684 aa  76.6  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2659  hypothetical protein  26.1 
 
 
713 aa  76.6  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.603455  normal  0.436395 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5564  ParB domain protein nuclease  27.96 
 
 
759 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0978774 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6053  nuclease  28.51 
 
 
694 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3652  ParB family protein  29.89 
 
 
292 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0209333  unclonable  0.00000847343 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3049  parB-like partition protein  32.89 
 
 
272 aa  75.1  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.622521  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0380  ParB family protein  25.44 
 
 
713 aa  74.3  0.000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2123  hypothetical protein  27.47 
 
 
717 aa  73.9  0.000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1277  ParB domain protein nuclease  30.68 
 
 
689 aa  73.2  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0065  chromosome partitioning protein  31.07 
 
 
315 aa  72.8  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.446293  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3760  parB-like partition proteins  27.35 
 
 
294 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0200998  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0033  ParB-like partition domain-containing protein  31.95 
 
 
289 aa  72  0.00000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2572  ParB family protein  28.78 
 
 
765 aa  72  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.306816  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3853  parB-like partition protein  31.76 
 
 
292 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0431793  unclonable  0.00000203867 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3458  chromosome partitioning protein parB  32.45 
 
 
299 aa  71.2  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5196  ParB family protein  37.5 
 
 
549 aa  71.6  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.791015 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3740  nuclease  29 
 
 
692 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3964  parB-like partition protein  31.79 
 
 
292 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.20429  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3097  ParB family protein  32.1 
 
 
668 aa  70.9  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0650807  decreased coverage  0.0000165149 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2403  parB-like partition protein  29.59 
 
 
292 aa  70.9  0.00000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3808  nuclease  27.7 
 
 
694 aa  70.5  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0207  parB-like partition protein  31.03 
 
 
283 aa  70.5  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4318  parB-like partition protein  31.79 
 
 
292 aa  70.5  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0394503  hitchhiker  0.000000000117233 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4374  parB-like partition protein  31.79 
 
 
292 aa  70.5  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000285839  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4373  parB-like partition protein  31.79 
 
 
292 aa  70.5  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000487851  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2347  ParB-like nuclease  34.72 
 
 
156 aa  70.5  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107377  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4515  parB-like partition protein  31.79 
 
 
292 aa  70.5  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0559335  normal  0.0103959 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1407  parB-like partition protein  30.95 
 
 
297 aa  70.5  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2520  ParB family protein  28.33 
 
 
293 aa  69.7  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000102448  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2128  ParB-like partition protein  29.49 
 
 
288 aa  70.1  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0195  chromosome partitioning protein  29.49 
 
 
290 aa  70.1  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5439  parB-like partition protein  28.89 
 
 
290 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3925  parB-like partition protein  26.69 
 
 
690 aa  69.7  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3151  hypothetical protein  26.94 
 
 
716 aa  69.7  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258373  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4015  parB-like partition protein  30.26 
 
 
660 aa  69.7  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4303  parB-like partition proteins  31.54 
 
 
290 aa  69.7  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.279457  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3067  putative chromosome partitioning protein ParB  30.59 
 
 
294 aa  69.3  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>