285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8256 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8256  reverse transcriptase-like protein  100 
 
 		 278 aa  579  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00326311  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4498  RNA-directed DNA polymerase  93.88 
 
 		 504 aa  553  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.431269  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4626  RNA-directed DNA polymerase  94.24 
 
 		 503 aa  554  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0016  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  62.82 
 
 		 507 aa  361  9e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.934591  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0025  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  62.82 
 
 		 507 aa  361  9e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352503  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0055  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  62.82 
 
 		 502 aa  360  1e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.155092  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4841  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  63.5 
 
 		 502 aa  360  1e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.266304  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4858  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  62.82 
 
 		 502 aa  360  1e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0017  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  62.82 
 
 		 502 aa  360  1e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.485362  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3327  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  62.45 
 
 		 502 aa  358  4e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3347  RNA-directed DNA polymerase  67.63 
 
 		 381 aa  202  5e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6987  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.25 
 
 		 507 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2561  RNA-directed DNA polymerase  29.94 
 
 		 490 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.181143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2712  RNA-directed DNA polymerase  29.94 
 
 		 490 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1438  RNA-directed DNA polymerase  29.94 
 
 		 490 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2317  RNA-directed DNA polymerase  31.45 
 
 		 490 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.666083  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0654  RNA-directed DNA polymerase  31.58 
 
 		 544 aa  82  0.00000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2118  RNA-directed DNA polymerase  30.46 
 
 		 490 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3486  RNA-directed DNA polymerase  30.23 
 
 		 490 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07480  putative reverse transcriptase  30.19 
 
 		 561 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000108992  normal  0.278112 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06166  RNA-directed DNA polymerase  30.07 
 
 		 490 aa  75.9  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06752  RNA-directed DNA polymerase  30.07 
 
 		 490 aa  75.9  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06869  RNA-directed DNA polymerase  30.07 
 
 		 490 aa  75.9  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02987  RNA-directed DNA polymerase  30.07 
 
 		 490 aa  75.9  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5242  RNA-directed DNA polymerase  36.5 
 
 		 587 aa  75.9  0.0000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.461209  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0901  RNA-directed DNA polymerase  29.65 
 
 		 490 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4249  RNA-directed DNA polymerase  29.65 
 
 		 490 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3662  RNA-directed DNA polymerase  29.65 
 
 		 490 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0634868 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2985  RNA-directed DNA polymerase  29.65 
 
 		 490 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0981  RNA-directed DNA polymerase  29.65 
 
 		 490 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2517  RNA-directed DNA polymerase  29.65 
 
 		 490 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.111335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4617  RNA-directed DNA polymerase  32.93 
 
 		 585 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2883  RNA-directed DNA polymerase  30 
 
 		 566 aa  73.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1733  reverse transcriptase  27.75 
 
 		 492 aa  72.4  0.000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000121059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3937  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.97 
 
 		 613 aa  70.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0447  RNA-directed DNA polymerase  31.51 
 
 		 568 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.499499  normal  0.735233 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06596  RNA-directed DNA polymerase  28.99 
 
 		 489 aa  70.1  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00703  probable reverse transcriptase/maturase family protein  31.25 
 
 		 277 aa  70.5  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02012  RNA-directed DNA polymerase  28.99 
 
 		 489 aa  70.1  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02784  hypothetical maturase  32.19 
 
 		 423 aa  70.1  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.59847  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2705  RNA-directed DNA polymerase  25.56 
 
 		 503 aa  70.1  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443471 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06798  RNA-directed DNA polymerase  28.99 
 
 		 489 aa  70.1  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0690  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.07 
 
 		 429 aa  69.7  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2250  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.07 
 
 		 429 aa  69.7  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.461169  normal  0.551741 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3822  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.07 
 
 		 429 aa  69.7  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.424359 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0556  RNA-directed DNA polymerase  25.95 
 
 		 549 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08258  RNA-directed DNA polymerase  28.99 
 
 		 504 aa  69.7  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.867561  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01090  RNA-directed DNA polymerase  28.99 
 
 		 504 aa  69.7  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02249  RNA-directed DNA polymerase  28.99 
 
 		 458 aa  69.7  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02583  RNA-directed DNA polymerase  28.99 
 
 		 504 aa  69.7  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0949  RNA-directed DNA polymerase  32.65 
 
 		 569 aa  69.3  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22082  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06460  RNA-directed DNA polymerase  28.49 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0382  RNA-directed DNA polymerase  26.99 
 
 		 568 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1825  RNA-directed DNA polymerase  26.92 
 
 		 556 aa  68.9  0.00000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01366  hypothetical maturase  32.88 
 
 		 423 aa  68.6  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.702192  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0690  RNA-directed DNA polymerase  30.81 
 
 		 576 aa  68.2  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0182771  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0765  RNA-directed DNA polymerase  30.81 
 
 		 576 aa  68.2  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2004  RNA-directed DNA polymerase  30.81 
 
 		 576 aa  68.2  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2039  RNA-directed DNA polymerase  30.81 
 
 		 592 aa  68.2  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.328329  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3149  RNA-directed DNA polymerase  30.34 
 
 		 565 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0475182  normal  0.0238901 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2196  RNA-directed DNA polymerase  25 
 
 		 633 aa  67  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.035125  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08274  RNA-directed DNA polymerase  28.4 
 
 		 489 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4139  RNA-directed DNA polymerase  35.33 
 
 		 488 aa  67  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3928  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25 
 
 		 633 aa  67  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.105215  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4007  RNA-directed DNA polymerase  33.9 
 
 		 483 aa  65.9  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174227  hitchhiker  0.00583447 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4601  RNA-directed DNA polymerase  32.74 
 
 		 585 aa  65.5  0.0000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0253  RNA-directed DNA polymerase  28.49 
 
 		 571 aa  64.3  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13490  RNA-directed DNA polymerase  26.39 
 
 		 515 aa  63.9  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4791  RNA-directed DNA polymerase  25.64 
 
 		 560 aa  63.5  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3460  group II intron, maturase-specific domain-containing protein  29.79 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3169  RNA-directed DNA polymerase  30.34 
 
 		 543 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0664  RNA-directed DNA polymerase  21.93 
 
 		 605 aa  63.5  0.000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1533  RNA-directed DNA polymerase  26.06 
 
 		 607 aa  63.2  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0135  RNA-directed DNA polymerase  25.64 
 
 		 560 aa  63.5  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.994203  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0650  RNA-directed DNA polymerase  27.78 
 
 		 495 aa  63.2  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.629453  normal  0.520006 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1820  RNA-directed DNA polymerase  27.78 
 
 		 495 aa  63.2  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000551323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0016  group II intron reverse transcriptase/maturase  29.19 
 
 		 642 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3675  group II intron reverse transcriptase/maturase  29.19 
 
 		 642 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3699  group II intron reverse transcriptase/maturase  29.19 
 
 		 642 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3691  reverse transcriptase/endonuclease  29.19 
 
 		 642 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0018  group II intron reverse transcriptase/maturase  29.19 
 
 		 642 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.213024 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0120  reverse transcriptase  29.19 
 
 		 642 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2375  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.52 
 
 		 422 aa  62.4  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1922  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.52 
 
 		 422 aa  62.4  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0975  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.52 
 
 		 422 aa  62.4  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.171918  normal  0.086195 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1455  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.52 
 
 		 422 aa  62.4  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.170778  normal  0.343243 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2550  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.52 
 
 		 422 aa  62.4  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0006691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0697  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.52 
 
 		 422 aa  62.4  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1463  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.52 
 
 		 422 aa  62.4  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1878  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.52 
 
 		 422 aa  62.4  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.18587  normal  0.561944 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1618  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.52 
 
 		 422 aa  62.4  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000636906  hitchhiker  0.000000000000550097 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2838  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.52 
 
 		 422 aa  62.4  0.000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4731  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.5 
 
 		 437 aa  62.4  0.000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24600  RNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 		 505 aa  61.6  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4899  RNA-directed DNA polymerase  33.11 
 
 		 585 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.539476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1102  RNA-directed DNA polymerase  26.86 
 
 		 495 aa  61.2  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.127965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3305  RNA-directed DNA polymerase  29.59 
 
 		 635 aa  61.2  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00301539 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1685  retron-type reverse transcriptase  39.29 
 
 		 599 aa  61.6  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.950387  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0239  RNA-directed DNA polymerase  29.59 
 
 		 635 aa  60.5  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.114729  normal  0.0192073 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0567  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  27.03 
 
 		 439 aa  60.1  0.00000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>