159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3460 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3460  group II intron, maturase-specific domain-containing protein  100 
 
 
202 aa  420  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3486  RNA-directed DNA polymerase  99.01 
 
 
490 aa  422  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08258  RNA-directed DNA polymerase  90.1 
 
 
504 aa  394  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.867561  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01090  RNA-directed DNA polymerase  90.1 
 
 
504 aa  394  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02012  RNA-directed DNA polymerase  90.59 
 
 
489 aa  396  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02249  RNA-directed DNA polymerase  90.1 
 
 
458 aa  394  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02583  RNA-directed DNA polymerase  90.1 
 
 
504 aa  394  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06596  RNA-directed DNA polymerase  90.59 
 
 
489 aa  396  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06798  RNA-directed DNA polymerase  90.59 
 
 
489 aa  396  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06460  RNA-directed DNA polymerase  90.59 
 
 
311 aa  393  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08274  RNA-directed DNA polymerase  89.11 
 
 
489 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4249  RNA-directed DNA polymerase  88.12 
 
 
490 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00318809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2985  RNA-directed DNA polymerase  88.12 
 
 
490 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3662  RNA-directed DNA polymerase  88.12 
 
 
490 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0634868 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0901  RNA-directed DNA polymerase  88.12 
 
 
490 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2517  RNA-directed DNA polymerase  88.12 
 
 
490 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.111335  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0981  RNA-directed DNA polymerase  88.12 
 
 
490 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2118  RNA-directed DNA polymerase  74.75 
 
 
490 aa  327  5.0000000000000004e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2317  RNA-directed DNA polymerase  74.24 
 
 
490 aa  322  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.666083  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1438  RNA-directed DNA polymerase  74.75 
 
 
490 aa  323  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2561  RNA-directed DNA polymerase  74.75 
 
 
490 aa  323  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.181143  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2712  RNA-directed DNA polymerase  74.75 
 
 
490 aa  323  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02987  RNA-directed DNA polymerase  67.68 
 
 
490 aa  289  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06166  RNA-directed DNA polymerase  67.68 
 
 
490 aa  289  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06752  RNA-directed DNA polymerase  67.68 
 
 
490 aa  289  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06869  RNA-directed DNA polymerase  67.68 
 
 
490 aa  289  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0650  RNA-directed DNA polymerase  52.13 
 
 
495 aa  187  1e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.629453  normal  0.520006 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1820  RNA-directed DNA polymerase  52.13 
 
 
495 aa  187  1e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000551323  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2705  RNA-directed DNA polymerase  46.15 
 
 
503 aa  181  8.000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0443471 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7464  RNA-directed DNA polymerase  46.6 
 
 
503 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.685667  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1354  RNA-directed DNA polymerase  49.73 
 
 
495 aa  170  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1102  RNA-directed DNA polymerase  47.03 
 
 
495 aa  166  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.127965  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0135  RNA-directed DNA polymerase  46.49 
 
 
560 aa  165  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.994203  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4791  RNA-directed DNA polymerase  46.49 
 
 
560 aa  165  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0556  RNA-directed DNA polymerase  46.49 
 
 
549 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0382  RNA-directed DNA polymerase  48.33 
 
 
568 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0654  RNA-directed DNA polymerase  47.03 
 
 
544 aa  163  2.0000000000000002e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0651  RNA-directed DNA polymerase  43.32 
 
 
490 aa  159  4e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.574697  normal  0.320741 
 
 
-
 
NC_002978  WD0693  reverse transcriptase, putative  44.39 
 
 
515 aa  156  2e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.435415  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0995  reverse transcriptase  44.39 
 
 
515 aa  156  2e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1138  reverse transcriptase, putative  44.39 
 
 
515 aa  156  2e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07480  putative reverse transcriptase  43.39 
 
 
561 aa  155  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000108992  normal  0.278112 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3149  RNA-directed DNA polymerase  45.31 
 
 
565 aa  154  7e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0475182  normal  0.0238901 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4899  RNA-directed DNA polymerase  40.4 
 
 
585 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.539476  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13490  RNA-directed DNA polymerase  44.09 
 
 
515 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2883  RNA-directed DNA polymerase  43.52 
 
 
566 aa  153  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24600  RNA-directed DNA polymerase  47.85 
 
 
505 aa  153  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0949  RNA-directed DNA polymerase  41.41 
 
 
569 aa  152  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22082  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4617  RNA-directed DNA polymerase  40.4 
 
 
585 aa  149  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4601  RNA-directed DNA polymerase  39.39 
 
 
585 aa  149  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0447  RNA-directed DNA polymerase  43.65 
 
 
568 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.499499  normal  0.735233 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0253  RNA-directed DNA polymerase  43.09 
 
 
571 aa  144  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1825  RNA-directed DNA polymerase  40 
 
 
556 aa  142  2e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4731  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.46 
 
 
437 aa  132  3e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2646  RNA-directed DNA polymerase  50.39 
 
 
490 aa  127  8.000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.807029  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3124  RNA-directed DNA polymerase  50.39 
 
 
487 aa  127  9.000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.125839  unclonable  0.0000204119 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1207  RNA-directed DNA polymerase  50.39 
 
 
490 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0557529  normal  0.0455501 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2134  RNA-directed DNA polymerase  50.39 
 
 
490 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0332728  normal  0.0852814 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2784  RNA-directed DNA polymerase  50.39 
 
 
490 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.352446 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1733  reverse transcriptase  47.83 
 
 
492 aa  125  3e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000121059  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1335  RNA-directed DNA polymerase  51.97 
 
 
490 aa  126  3e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.104079  normal  0.0206218 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0690  RNA-directed DNA polymerase  51.18 
 
 
576 aa  123  2e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0182771  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0765  RNA-directed DNA polymerase  51.18 
 
 
576 aa  123  2e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2004  RNA-directed DNA polymerase  51.18 
 
 
576 aa  123  2e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2039  RNA-directed DNA polymerase  51.18 
 
 
592 aa  123  2e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.328329  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1368  group II intron, maturase-specific domain-containing protein  40.85 
 
 
145 aa  117  9e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3305  RNA-directed DNA polymerase  36.18 
 
 
635 aa  115  3e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00301539 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0239  RNA-directed DNA polymerase  36.32 
 
 
635 aa  108  7.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.114729  normal  0.0192073 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1119  group II intron, maturase-specific  35.53 
 
 
338 aa  107  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0296969 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2438  group II intron, maturase-specific  35.53 
 
 
338 aa  107  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0356314  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0426  RNA-directed DNA polymerase  36.7 
 
 
589 aa  106  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.350523  decreased coverage  0.00346836 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0240  RNA-directed DNA polymerase  34.67 
 
 
634 aa  103  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.816988  normal  0.0174648 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3345  reverse transcriptase/endonuclease protein  31.55 
 
 
548 aa  103  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0075  reverse transcriptase/endonuclease protein  31.55 
 
 
548 aa  103  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0196  RNA-directed DNA polymerase  31.55 
 
 
553 aa  103  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3351  reverse transcriptase/endonuclease protein  31.55 
 
 
548 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.27608  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0091  reverse transcriptase/endonuclease protein  31.55 
 
 
548 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3429  reverse transcriptase/endonuclease protein  31.55 
 
 
548 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0063  reverse transcriptase/endonuclease protein  31.55 
 
 
548 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.904418 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3286  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.49 
 
 
596 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0460784  normal 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0011  reverse transcriptase/endonuclease protein  33.69 
 
 
602 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3634  RNA-directed DNA polymerase  35.18 
 
 
554 aa  100  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.668654 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1402  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.16 
 
 
607 aa  94  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2962  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.16 
 
 
607 aa  94  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2964  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.16 
 
 
607 aa  94  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1400  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.16 
 
 
607 aa  94  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4335  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.03 
 
 
661 aa  93.2  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0968  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.02 
 
 
648 aa  90.1  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239454 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3336  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.02 
 
 
648 aa  90.1  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0014  RNA-directed DNA polymerase  32.5 
 
 
627 aa  81.3  0.000000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0033  RNA-directed DNA polymerase  32.5 
 
 
627 aa  81.3  0.000000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.590524 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4007  RNA-directed DNA polymerase  35 
 
 
483 aa  79.7  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174227  hitchhiker  0.00583447 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0567  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  34.45 
 
 
439 aa  75.5  0.0000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  41.58 
 
 
434 aa  72  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.70829 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4730  group II intron, maturase-specific  32.64 
 
 
449 aa  72  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0043  reverse transcriptase, interruption-C  30.37 
 
 
228 aa  71.6  0.000000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4800  group II intron, maturase-specific  27.64 
 
 
666 aa  70.9  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.256541  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0432  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.16 
 
 
502 aa  69.7  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0469  group II intron, maturase-specific  29.63 
 
 
189 aa  68.9  0.00000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.414556  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4139  RNA-directed DNA polymerase  27.47 
 
 
488 aa  67  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>