More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3347 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_3347  RNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
381 aa  783    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0055  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  98.9 
 
 
502 aa  743    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.155092  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0017  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  98.9 
 
 
502 aa  743    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.485362  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4858  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  98.9 
 
 
502 aa  743    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4841  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  99.18 
 
 
502 aa  744    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.266304  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0016  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  98.92 
 
 
507 aa  752    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.934591  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0025  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  98.92 
 
 
507 aa  752    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352503  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3327  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  99.18 
 
 
502 aa  743    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4626  RNA-directed DNA polymerase  70.05 
 
 
503 aa  535  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4498  RNA-directed DNA polymerase  69.32 
 
 
504 aa  512  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.431269  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8264  18S rRNA intron 1 protein  63.6 
 
 
257 aa  297  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0701764  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5242  RNA-directed DNA polymerase  38.8 
 
 
587 aa  211  1e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.461209  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6987  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.5 
 
 
507 aa  211  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4139  RNA-directed DNA polymerase  36.56 
 
 
488 aa  211  2e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4007  RNA-directed DNA polymerase  35.64 
 
 
483 aa  210  3e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174227  hitchhiker  0.00583447 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5597  group II intron-encoded protein LtrA  34.47 
 
 
604 aa  207  3e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.147853  hitchhiker  0.000000000602263 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1762  group II intron-encoded protein LtrA  34.47 
 
 
604 aa  207  3e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.255924  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4556  group II intron-encoded protein LtrA  34.47 
 
 
604 aa  207  3e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000506643  normal  0.0229072 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8256  reverse transcriptase-like protein  67.63 
 
 
278 aa  202  9e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00326311  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2196  RNA-directed DNA polymerase  33.15 
 
 
633 aa  194  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.035125  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0664  RNA-directed DNA polymerase  30.05 
 
 
605 aa  194  2e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.51 
 
 
434 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.70829 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1986  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.36 
 
 
433 aa  194  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.289767  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3928  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.15 
 
 
633 aa  194  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.105215  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1533  RNA-directed DNA polymerase  32.27 
 
 
607 aa  194  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0567  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  35.38 
 
 
439 aa  188  1e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1685  retron-type reverse transcriptase  32.22 
 
 
599 aa  186  6e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.950387  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3200  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.8 
 
 
467 aa  186  7e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0196  RNA-directed DNA polymerase  34.88 
 
 
553 aa  186  8e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3345  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.59 
 
 
548 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0690  RNA-directed DNA polymerase  30.5 
 
 
626 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0722  RNA-directed DNA polymerase  30.5 
 
 
626 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C19  maturase MatR  32.96 
 
 
599 aa  184  2.0000000000000003e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0075  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.59 
 
 
548 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3429  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.59 
 
 
548 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0091  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.59 
 
 
548 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3351  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.59 
 
 
548 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.27608  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0063  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.59 
 
 
548 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.904418 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0955  group II intron, maturase  35.76 
 
 
434 aa  181  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2471  group II intron, maturase  35.76 
 
 
434 aa  181  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.546508  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3727  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.25 
 
 
465 aa  180  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1035  hypothetical protein  34.86 
 
 
482 aa  179  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1253  hypothetical protein  34.86 
 
 
482 aa  179  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1977  hypothetical protein  34.86 
 
 
482 aa  179  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1618  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.84 
 
 
422 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000636906  hitchhiker  0.000000000000550097 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1878  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.84 
 
 
422 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.18587  normal  0.561944 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0975  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.84 
 
 
422 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.171918  normal  0.086195 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1922  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.84 
 
 
422 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1455  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.84 
 
 
422 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.170778  normal  0.343243 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2550  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.84 
 
 
422 aa  177  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0006691  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2375  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.84 
 
 
422 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0697  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.84 
 
 
422 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2838  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.84 
 
 
422 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1463  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.84 
 
 
422 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3937  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.49 
 
 
613 aa  176  4e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01366  hypothetical maturase  34.95 
 
 
423 aa  176  7e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.702192  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2831  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.08 
 
 
469 aa  176  7e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02784  hypothetical maturase  34.95 
 
 
423 aa  176  8e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.59847  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2082  RNA-directed DNA polymerase  35.15 
 
 
635 aa  176  8e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1921  RNA-directed DNA polymerase  33.43 
 
 
595 aa  175  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2269  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  35.41 
 
 
446 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.295773  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.69 
 
 
472 aa  174  1.9999999999999998e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.418772  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1223  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.79 
 
 
434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1471  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.79 
 
 
434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000733074  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1498  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.79 
 
 
434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2051  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.79 
 
 
434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2924  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.79 
 
 
434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3919  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.79 
 
 
434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4151  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.79 
 
 
434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2085  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.78 
 
 
420 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1201  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.78 
 
 
420 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1421  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.78 
 
 
420 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0089  reverse transcriptase  36.12 
 
 
632 aa  173  5e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0077  reverse transcriptase  36.12 
 
 
632 aa  173  5e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0589009  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0183  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.18 
 
 
467 aa  173  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0252  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.18 
 
 
467 aa  173  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.486482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0645  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.18 
 
 
467 aa  173  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0867872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1333  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.18 
 
 
467 aa  173  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0724737  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1508  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.79 
 
 
434 aa  173  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.18 
 
 
467 aa  173  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00341983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2376  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.18 
 
 
467 aa  173  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.207221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3888  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.18 
 
 
467 aa  173  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.248408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4139  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.18 
 
 
467 aa  173  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.813307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4251  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.18 
 
 
467 aa  173  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.90502  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1532  RNA-directed DNA polymerase  35.2 
 
 
320 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1292  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.24 
 
 
434 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00457  hypothetical maturase  35.28 
 
 
423 aa  172  7.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0011  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.59 
 
 
602 aa  172  9e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.31 
 
 
475 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.31 
 
 
475 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.31 
 
 
475 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.38 
 
 
472 aa  171  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0566133  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.31 
 
 
475 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.31 
 
 
475 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.31 
 
 
475 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.31 
 
 
475 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1255  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.38 
 
 
472 aa  171  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.31 
 
 
475 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102915  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.31 
 
 
475 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.31 
 
 
475 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>