171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4266 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4266  thiamine transporter substrate binding subunit  100 
 
 
333 aa  685    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3107  thiamine transporter substrate binding subunit  68.29 
 
 
342 aa  473  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1142  thiamine transporter substrate binding subunit  64.97 
 
 
334 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.493947  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1757  thiamine transporter substrate binding subunit  68.15 
 
 
334 aa  445  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0106404  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1695  thiamine transporter substrate binding subunit  67.52 
 
 
334 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.724988  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3259  thiamine transporter substrate binding subunit  65.29 
 
 
332 aa  434  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.288476  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0115  thiamine transporter substrate binding subunit  59.09 
 
 
327 aa  394  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.390705 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0114  thiamine transporter substrate binding subunit  59.09 
 
 
327 aa  394  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51564  normal  0.157223 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0112  thiamine transporter substrate binding subunit  59.09 
 
 
327 aa  394  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0615  thiamine transporter substrate binding subunit  58.77 
 
 
327 aa  394  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0282494 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00070  thiamin transporter subunit  58.12 
 
 
327 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3531  thiamine ABC transporter, periplasmic binding protein  58.12 
 
 
327 aa  392  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0119  thiamine transporter substrate binding subunit  58.77 
 
 
327 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3808  thiamine transporter substrate binding subunit  56.1 
 
 
338 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0119  thiamine transporter substrate binding subunit  58.77 
 
 
327 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0073  thiamine transporter substrate binding subunit  58.12 
 
 
327 aa  392  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00069  hypothetical protein  58.12 
 
 
327 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0070  thiamine transporter substrate binding subunit  57.79 
 
 
327 aa  392  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0623  thiamine transporter substrate binding subunit  57.65 
 
 
327 aa  388  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3619  thiamine transporter substrate binding subunit  55.79 
 
 
338 aa  390  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454243  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0060  thiamine transporter substrate binding subunit  57.79 
 
 
327 aa  390  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0584  thiamine transporter substrate binding subunit  58.31 
 
 
327 aa  389  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0072  thiamine transporter substrate binding subunit  57.79 
 
 
327 aa  389  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0737  thiamine transporter substrate binding subunit  58.44 
 
 
328 aa  389  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3589  thiamine transporter substrate binding subunit  57.79 
 
 
327 aa  389  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000386995 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0072  thiamine transporter substrate binding subunit  57.79 
 
 
327 aa  389  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.338985 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2119  thiamine transporter substrate binding subunit  55.59 
 
 
330 aa  386  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00788  thiamine transporter substrate binding subunit  53.52 
 
 
330 aa  379  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001686  thiamin ABC transporter substrate-binding component  52.92 
 
 
330 aa  377  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0349  thiamine transporter substrate binding subunit  51.96 
 
 
338 aa  371  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.741345  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2943  thiamine transporter substrate binding subunit  51.06 
 
 
348 aa  372  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.683707 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3542  thiamine transporter substrate binding subunit  51.06 
 
 
358 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0385  thiamine transporter substrate binding subunit  50.75 
 
 
332 aa  370  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0796265  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3472  thiamine ABC transporter, periplasmic binding protein  52.96 
 
 
337 aa  358  5e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1200  ABC transporter periplasmic-binding protein  48.64 
 
 
334 aa  344  1e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00816728  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2818  thiamine transporter substrate binding subunit  51.96 
 
 
326 aa  339  4e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0458711  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0058  thiamine transporter substrate binding subunit  52.13 
 
 
327 aa  322  4e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1391  thiamine transporter substrate binding subunit  51.83 
 
 
342 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.994265  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2798  thiamine transporter substrate binding subunit  51.75 
 
 
327 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0330  thiamine transporter substrate binding subunit  48.93 
 
 
335 aa  308  1.0000000000000001e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.306061 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1013  thiamine ABC transporter, periplasmic-binding protein  39.22 
 
 
338 aa  253  2.0000000000000002e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0137605  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1807  ABC transporter periplasmic-binding protein  38.03 
 
 
325 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000832712  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0143  thiamine ABC transporter, thiamine-binding protein  38.11 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0008  ABC transporter periplasmic-binding protein  36.57 
 
 
325 aa  209  7e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000406397  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  35.65 
 
 
325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568515  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0885  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  32.4 
 
 
361 aa  156  5.0000000000000005e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.420494 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0455  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  30.96 
 
 
360 aa  150  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.617088  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04160  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  31.48 
 
 
367 aa  146  6e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.207921  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31210  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  30.61 
 
 
357 aa  139  4.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.194613  normal  0.348603 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0746  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.94 
 
 
344 aa  131  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3809  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  29.25 
 
 
366 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1933  ABC transporter periplasmic-binding protein  34.26 
 
 
343 aa  129  5.0000000000000004e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.567061  normal  0.262856 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0314  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  30.42 
 
 
363 aa  129  5.0000000000000004e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000495948  hitchhiker  0.00896596 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0218  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  33.23 
 
 
367 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.195863  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0261  ABC transporter periplasmic-binding protein  28.27 
 
 
386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000633057  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1933  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  29.32 
 
 
388 aa  122  8e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0178  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  29.52 
 
 
386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0433  ABC transporter periplasmic-binding protein  30.28 
 
 
359 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.127437  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2516  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  27.13 
 
 
370 aa  116  5e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0388  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  27.42 
 
 
388 aa  115  7.999999999999999e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3246  ABC transporter periplasmic-binding protein  30.89 
 
 
340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.791239  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3056  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  26.38 
 
 
353 aa  113  4.0000000000000004e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.450675  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2697  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  27.08 
 
 
431 aa  112  6e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0460  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  25.91 
 
 
387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04580  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.74 
 
 
392 aa  110  2.0000000000000002e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3336  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  26.72 
 
 
351 aa  107  3e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.419962  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19460  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.04 
 
 
355 aa  94  3e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283469  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1940  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  25 
 
 
383 aa  92  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0214  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.36 
 
 
337 aa  76.6  0.0000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.308816 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1089  ABC transporter periplasmic-binding protein  24.04 
 
 
338 aa  74.7  0.000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.167186  normal  0.0159055 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2140  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.87 
 
 
338 aa  74.3  0.000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1958  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.4 
 
 
338 aa  71.6  0.00000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0213047  hitchhiker  1.86869e-16 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 
326 aa  69.7  0.00000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2070  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
322 aa  67.4  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2758  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 
347 aa  63.9  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181201  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4112  extracellular solute-binding protein family 1  27.36 
 
 
338 aa  63.2  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.512643  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1526  ABC transporter, periplasmic binding protein  24.65 
 
 
334 aa  60.5  0.00000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3783  extracellular solute-binding protein family 1  26.96 
 
 
340 aa  60.1  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4661  ABC transporter periplasmic-binding protein  22.58 
 
 
362 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  normal  0.137959 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  21.88 
 
 
341 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2006  extracellular solute-binding protein  21.73 
 
 
345 aa  58.2  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.569092  normal  0.043558 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5189  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  22.11 
 
 
362 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3423  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  22.45 
 
 
363 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.074131  normal  0.0682779 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.88 
 
 
341 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2631  extracellular solute-binding protein  21.41 
 
 
347 aa  57.8  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0976  extracellular solute-binding protein family 1  22.4 
 
 
336 aa  57.4  0.0000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0118  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 
339 aa  57.4  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6136  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.17 
 
 
329 aa  56.6  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.327012  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2710  iron(III)-binding periplasmic protein  25.9 
 
 
339 aa  57  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.452654  normal  0.0367844 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1463  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 
339 aa  57  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1350  iron(III) ABC transporter, permease protein, periplasmic iron(III)-binding protein  25.9 
 
 
339 aa  56.6  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.379147  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3067  ABC transporter periplasmic-binding protein  21.92 
 
 
363 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.127261  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5300  ABC transporter periplasmic-binding protein  21.92 
 
 
363 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.218142  normal  0.0163118 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4968  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  21.92 
 
 
363 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.537601  normal  0.0916324 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0124  extracellular solute-binding protein  22.68 
 
 
336 aa  56.2  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0348  thiamine ABC transporter periplasmic binding protein  22.11 
 
 
362 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0499853  normal  0.792791 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  21.53 
 
 
341 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1056  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 
337 aa  55.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.835874  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2099  extracellular solute-binding protein family 1  24.14 
 
 
343 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.603993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1900  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  21.92 
 
 
360 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>