More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0124 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0124  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
336 aa  692    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0118  extracellular solute-binding protein  70.57 
 
 
339 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2021  putative binding protein component of ABC iron transporter  68.48 
 
 
342 aa  476  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0549  extracellular solute-binding protein  50.79 
 
 
341 aa  344  2e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0429047  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2587  extracellular solute-binding protein family 1  49.85 
 
 
337 aa  332  6e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1469  extracellular solute-binding protein family 1  48.74 
 
 
365 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1443  extracellular solute-binding protein family 1  48.74 
 
 
365 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1200  extracellular solute-binding protein  48.67 
 
 
337 aa  326  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3377  extracellular solute-binding protein  46.73 
 
 
349 aa  322  5e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.977933  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1056  extracellular solute-binding protein  48.16 
 
 
337 aa  317  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.835874  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0179  extracellular solute-binding protein  49.55 
 
 
341 aa  313  2.9999999999999996e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.405977  normal  0.1363 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1444  extracellular solute-binding protein family 1  46.67 
 
 
350 aa  306  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1470  extracellular solute-binding protein family 1  46.67 
 
 
350 aa  306  3e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.848361  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1409  iron transport system substrate-binding protein  44.41 
 
 
340 aa  301  1e-80  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4743  extracellular solute-binding protein  43.64 
 
 
348 aa  301  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.326241  normal  0.358869 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2289  extracellular solute-binding protein  46.25 
 
 
351 aa  300  3e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1610  extracellular solute-binding protein  45.34 
 
 
352 aa  299  4e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00405926  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3092  extracellular solute-binding protein  45.96 
 
 
352 aa  299  4e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00849212  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2758  extracellular solute-binding protein  44.09 
 
 
347 aa  299  5e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181201  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1529  extracellular solute-binding protein  43.73 
 
 
355 aa  298  1e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0014925  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2866  extracellular solute-binding protein  43.3 
 
 
351 aa  295  9e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.608635  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1371  putative iron binding protein component of ABC iron transporter  44.41 
 
 
347 aa  293  2e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0792  extracellular solute-binding protein family 1  44.44 
 
 
348 aa  288  7e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.775597 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1181  ABC Fe+3 siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  44.89 
 
 
347 aa  288  7e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0582814  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1607  extracellular solute-binding protein  45.71 
 
 
349 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2107  extracellular solute-binding protein family 1  45.09 
 
 
347 aa  286  5e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2553  extracellular solute-binding protein  44.27 
 
 
372 aa  281  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000043545  normal  0.0689271 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3754  extracellular solute-binding protein  42.9 
 
 
355 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.684526  normal  0.0834035 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0299  extracellular solute-binding protein family 1  48.57 
 
 
345 aa  280  2e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0978527  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3844  extracellular solute-binding protein  40.94 
 
 
347 aa  280  4e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  hitchhiker  0.0000000311792 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0115  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  41.27 
 
 
335 aa  279  5e-74  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3508  extracellular solute-binding protein family 1  44.03 
 
 
353 aa  278  8e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00278562  normal  0.288833 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0189  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  43.08 
 
 
334 aa  275  6e-73  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0783  periplasmic iron-binding protein  42.43 
 
 
338 aa  272  5.000000000000001e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27536  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0211  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  41.77 
 
 
334 aa  270  2e-71  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0168  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  42.14 
 
 
334 aa  270  2.9999999999999997e-71  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2175  transport system substrate-binding protein  42.68 
 
 
366 aa  268  8.999999999999999e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.377327 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0455  extracellular solute-binding protein  41.38 
 
 
345 aa  266  4e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.479907  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002574  ferric iron ABC transporter iron-binding protein  39.17 
 
 
337 aa  263  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000722094  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0967  extracellular solute-binding protein  41.64 
 
 
353 aa  262  6e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.760602 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0137  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  40.06 
 
 
352 aa  262  8e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000186976  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03435  hypothetical protein  38.28 
 
 
337 aa  259  4e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0170  extracellular solute-binding protein  39.38 
 
 
349 aa  258  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0949537  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0327  extracellular solute-binding protein  40.48 
 
 
346 aa  256  4e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0824216 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1596  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 
351 aa  256  5e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.924744  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2574  extracellular solute-binding protein  42.11 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0232421 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0128  extracellular solute-binding protein  39.3 
 
 
347 aa  249  4e-65  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0515184  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2588  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  38.58 
 
 
337 aa  249  6e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1526  ABC transporter, periplasmic binding protein  39.68 
 
 
334 aa  248  8e-65  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1108  extracellular solute-binding protein  40.61 
 
 
336 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.048242 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1557  extracellular solute-binding protein  41.54 
 
 
336 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.456805  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0897  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  39.65 
 
 
341 aa  245  6e-64  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.502953  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0440  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  40.68 
 
 
350 aa  245  6.999999999999999e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.576038  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0005  iron-binding protein  39.43 
 
 
335 aa  244  9.999999999999999e-64  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000237726  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2913  ABC Fe+3 siderophore transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.23 
 
 
336 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3947  extracellular solute-binding protein  39.25 
 
 
338 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000383863  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0189  putative iron-binding protein  37.7 
 
 
346 aa  241  2e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.120226  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0769  extracellular solute-binding protein  39.71 
 
 
347 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.302389  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4447  extracellular solute-binding protein  40.95 
 
 
337 aa  239  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181234  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1463  extracellular solute-binding protein  38.85 
 
 
338 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.46603 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4631  extracellular solute-binding protein family 1  38.02 
 
 
336 aa  238  8e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.464324  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1092  extracellular solute-binding protein  36.8 
 
 
337 aa  237  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000221625  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1439  extracellular solute-binding protein  37.9 
 
 
337 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0655  putative iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  38.18 
 
 
380 aa  236  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0700  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  38.18 
 
 
338 aa  236  4e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3007  ABC iron(III) transporter periplasmic binding protein  38.14 
 
 
339 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.050744  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0861  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 
335 aa  231  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0976  extracellular solute-binding protein family 1  37.46 
 
 
336 aa  230  2e-59  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1547  ABC iron transporter, periplasmic binding protein  37.46 
 
 
374 aa  228  9e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.231784  normal  0.33336 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1012  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  36.75 
 
 
335 aa  228  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.676586  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0990  ABC transporter, iron binding protein  37.17 
 
 
349 aa  227  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.599077 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3824  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 
338 aa  227  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1728  extracellular solute-binding protein  37.15 
 
 
374 aa  226  4e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.224389  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0732  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 
337 aa  226  6e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.23005  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5861  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 
345 aa  225  7e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.492379 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3227  extracellular solute-binding protein  36.2 
 
 
335 aa  225  9e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0636  extracellular solute-binding protein  36 
 
 
335 aa  224  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.632135  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0666  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  36.92 
 
 
335 aa  224  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0053906  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1188  extracellular solute-binding protein  37.8 
 
 
335 aa  223  4e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.244132  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16181  putative iron ABC transporter, substrate binding protein  35.84 
 
 
341 aa  223  4e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2093  extracellular solute-binding protein  37.85 
 
 
347 aa  221  9e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.412416  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3764  extracellular solute-binding protein  38.2 
 
 
362 aa  222  9e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0945  extracellular solute-binding protein  35.61 
 
 
335 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.248074  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6369  extracellular solute-binding protein family 1  36.95 
 
 
345 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.290821  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0606  extracellular solute-binding protein  36.96 
 
 
335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0774  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  35.84 
 
 
341 aa  220  3e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.899979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0893  ABC-type transport system, periplasmic component  38.36 
 
 
326 aa  220  3e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.24899e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0464  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  38.49 
 
 
351 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.224989  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3517  extracellular solute-binding protein  36.11 
 
 
335 aa  219  6e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0688  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  38.49 
 
 
351 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.163198  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3347  extracellular solute-binding protein  36.45 
 
 
335 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1093  extracellular solute-binding protein  37.22 
 
 
347 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39155  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1777  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein, putative  38.17 
 
 
351 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476301  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1182  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  38.17 
 
 
351 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1382  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  38.17 
 
 
351 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.560702  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1378  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  38.17 
 
 
351 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215691  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2856  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein, putative  38.49 
 
 
347 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.143151  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0744  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  37.07 
 
 
335 aa  217  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1511  ABC transporter, substrate binding protein  38.17 
 
 
351 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1346  extracellular solute-binding protein family 1  36.68 
 
 
349 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0473337  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>