More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0976 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
202 aa  394  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  57.3 
 
 
247 aa  200  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.55 
 
 
250 aa  190  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0786  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.15 
 
 
199 aa  184  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348422  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  58.48 
 
 
184 aa  156  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.405562  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  52.15 
 
 
209 aa  154  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  52.07 
 
 
205 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  50.29 
 
 
245 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  50.9 
 
 
244 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  47.51 
 
 
275 aa  141  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  43.82 
 
 
216 aa  135  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  48.96 
 
 
213 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  47.59 
 
 
180 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  49.4 
 
 
207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  49.46 
 
 
211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  49.46 
 
 
211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  46.15 
 
 
180 aa  132  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  48.39 
 
 
213 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2977  RNA polymerase sigma factor  50.92 
 
 
182 aa  131  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318246  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.85 
 
 
187 aa  131  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1785  RNA polymerase sigma factor  49.71 
 
 
213 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1813  RNA polymerase sigma factor  49.71 
 
 
213 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53419  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1398  RNA polymerase sigma factor  47.13 
 
 
213 aa  125  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  51.5 
 
 
208 aa  123  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  48.21 
 
 
240 aa  122  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1406  RNA polymerase sigma factor  47.06 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18108  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1897  RNA polymerase sigma factor  47.06 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225153  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2419  RNA polymerase sigma factor  47.06 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3410  RNA polymerase sigma factor  47.06 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.307612  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2254  RNA polymerase sigma factor  47.06 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.042776  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1170  RNA polymerase sigma factor  47.06 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0354357  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2293  RNA polymerase sigma factor  47.06 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.232222  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4688  RNA polymerase sigma factor  42.68 
 
 
173 aa  115  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.204585  normal  0.116393 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.71 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.71 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.71 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.71 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.71 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.71 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.71 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.14 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.14 
 
 
199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.14 
 
 
199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.14 
 
 
199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.14 
 
 
199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.14 
 
 
199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.14 
 
 
199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.14 
 
 
199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.14 
 
 
199 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.14 
 
 
199 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.14 
 
 
392 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.5 
 
 
199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.12 
 
 
214 aa  107  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.12 
 
 
212 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.61 
 
 
199 aa  105  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  39.53 
 
 
214 aa  105  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.53 
 
 
214 aa  105  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.89 
 
 
200 aa  105  6e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  40 
 
 
199 aa  104  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.39 
 
 
199 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.39 
 
 
199 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
215 aa  104  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.36 
 
 
191 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.5 
 
 
201 aa  103  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.76 
 
 
220 aa  102  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.27 
 
 
211 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.78 
 
 
195 aa  102  5e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.18 
 
 
193 aa  102  5e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.9 
 
 
201 aa  101  6e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.97 
 
 
208 aa  101  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  37.97 
 
 
208 aa  101  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.37 
 
 
263 aa  101  8e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.41 
 
 
206 aa  101  9e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0222  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.8 
 
 
262 aa  99.8  3e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00279888  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.12 
 
 
192 aa  99.4  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0642  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.22 
 
 
206 aa  99.4  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  0.189477 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.67 
 
 
219 aa  99  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.18 
 
 
199 aa  98.6  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1209  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.79 
 
 
270 aa  98.6  5e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.2 
 
 
198 aa  98.6  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.76 
 
 
209 aa  98.2  8e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  32.97 
 
 
204 aa  98.2  8e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  37.43 
 
 
240 aa  97.4  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.79 
 
 
191 aa  97.1  1e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.04 
 
 
208 aa  97.4  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.67 
 
 
204 aa  97.4  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.97 
 
 
268 aa  97.4  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1706  sigma-70 region 2 domain-containing protein  36.02 
 
 
217 aa  97.8  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315479  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.86 
 
 
249 aa  97.4  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.55 
 
 
209 aa  97.8  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.06 
 
 
223 aa  97.4  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.33 
 
 
199 aa  96.7  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.6 
 
 
192 aa  97.1  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.18 
 
 
199 aa  97.1  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
209 aa  97.1  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  38.99 
 
 
193 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
192 aa  96.3  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  38.99 
 
 
193 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  38.99 
 
 
193 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  38.99 
 
 
193 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>