More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5627 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 256 aa  510  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  44.71 
 
 		 256 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 257 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 257 aa  191  7e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 257 aa  168  6e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.45 
 
 		 255 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  33.62 
 
 		 253 aa  135  9e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 260 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 289 aa  93.6  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 271 aa  89.7  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 275 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.88 
 
 		 260 aa  87  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 279 aa  86.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 281 aa  86.3  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  26.29 
 
 		 272 aa  86.3  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 278 aa  85.5  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 271 aa  84.7  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 272 aa  83.2  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 271 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 261 aa  81.3  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.82 
 
 		 289 aa  78.6  0.00000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  35.64 
 
 		 265 aa  72.8  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  30.63 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 275 aa  70.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 244 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 269 aa  69.3  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  33.53 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 278 aa  68.6  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  22.37 
 
 		 254 aa  68.2  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 272 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.03 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 289 aa  67  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  21.83 
 
 		 280 aa  65.5  0.0000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1713  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  36.79 
 
 		 252 aa  63.9  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 253 aa  63.2  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 281 aa  63.2  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  33.53 
 
 		 281 aa  62.4  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  28.65 
 
 		 269 aa  61.6  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 259 aa  62  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.43 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  29.51 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1655  hypothetical protein  26.1 
 
 		 271 aa  58.9  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  27.73 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  25.65 
 
 		 272 aa  58.9  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  33.13 
 
 		 267 aa  58.5  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  33.53 
 
 		 246 aa  58.2  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 143 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 97 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 355 aa  57.8  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  29.78 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  38.16 
 
 		 306 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  33.75 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  25.1 
 
 		 252 aa  57  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  33.12 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 271 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  28.44 
 
 		 271 aa  55.8  0.0000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 294 aa  55.8  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 301 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3216  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 334 aa  55.8  0.0000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.499109  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 301 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3278  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 334 aa  55.8  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3227  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 334 aa  55.8  0.0000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.130306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 301 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2793  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.537681  hitchhiker  0.00108463 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  26.47 
 
 		 274 aa  55.5  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 278 aa  55.1  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 256 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 297 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 239 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 331 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 363 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 267 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 282 aa  54.7  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 131 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0030  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0654  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 264 aa  54.3  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0490278 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2143  Helix-turn-helix, AraC domain protein  24.46 
 
 		 269 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>