87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1287 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1287  putative RNA methyltransferase  100 
 
 		 152 aa  315  1e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4585  RNA methyltransferase  71.03 
 
 		 156 aa  228  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1304  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  71.03 
 
 		 156 aa  228  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4108  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.34 
 
 		 156 aa  226  6e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3916  hypothetical protein  69.66 
 
 		 165 aa  226  7e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.919251  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1395  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.66 
 
 		 178 aa  226  7e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.502759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1569  hypothetical protein  68.97 
 
 		 166 aa  224  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00445287 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3116  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.31 
 
 		 164 aa  219  9e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3894  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68 
 
 		 133 aa  191  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01885  putative cold-shock RNA methyltransferase  57.34 
 
 		 182 aa  184  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.75 
 
 		 202 aa  177  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.137824  normal  0.253583 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3075  RNA methyltransferase  58.87 
 
 		 203 aa  177  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2765  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.45 
 
 		 241 aa  176  7e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000737812  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1485  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.75 
 
 		 202 aa  176  8e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0129545  normal  0.548122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.75 
 
 		 202 aa  176  8e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0134713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2748  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.04 
 
 		 254 aa  176  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20465  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2447  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.45 
 
 		 257 aa  175  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000932167  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.04 
 
 		 249 aa  175  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050624  normal  0.825884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2842  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.45 
 
 		 254 aa  175  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.002241  decreased coverage  0.0000781436 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3418  hypothetical protein  55.17 
 
 		 177 aa  171  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0544122 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.85 
 
 		 200 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.145291  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2412  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.1 
 
 		 174 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1642  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.02 
 
 		 177 aa  169  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00428557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.98 
 
 		 174 aa  169  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.03 
 
 		 176 aa  169  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.79 
 
 		 180 aa  166  9e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.299064  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.52 
 
 		 198 aa  165  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.237391  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  54.48 
 
 		 171 aa  164  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.33 
 
 		 175 aa  159  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  47.85 
 
 		 194 aa  157  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3013  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.03 
 
 		 177 aa  156  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0108117  normal  0.339909 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07014  23S rRNA methyltransferase  54.74 
 
 		 175 aa  156  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0567  putative rRNA methylase  50.69 
 
 		 170 aa  154  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.96226  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2330  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.45 
 
 		 162 aa  151  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18358  hitchhiker  0.00000314878 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.69 
 
 		 178 aa  92  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.42 
 
 		 152 aa  83.6  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88222  predicted protein  34.48 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0289002 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  31.94 
 
 		 153 aa  80.5  0.000000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.95 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  25.31 
 
 		 244 aa  51.2  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4596  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  20.15 
 
 		 165 aa  48.5  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362437  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  27.27 
 
 		 260 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0974  RNA methyltransferase  26.62 
 
 		 253 aa  47.4  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2721  RNA methyltransferase  24.29 
 
 		 288 aa  47  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0334114  normal  0.254549 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.15 
 
 		 214 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.15 
 
 		 214 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.15 
 
 		 214 aa  46.2  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2042  RNA methyltransferase  26.56 
 
 		 281 aa  46.2  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542367  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1323  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.82 
 
 		 266 aa  47  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.411274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1312  RNA methyltransferase  25.78 
 
 		 262 aa  45.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000359271  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1540  RNA methyltransferase  25.78 
 
 		 262 aa  45.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00191583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2477  RNA methyltransferase  25.78 
 
 		 262 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0109767  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2421  RNA methyltransferase  25.78 
 
 		 262 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000262628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3271  RNA methyltransferase  25.78 
 
 		 262 aa  45.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000025266  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2040  RNA methyltransferase  25.78 
 
 		 262 aa  45.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000808188  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2567  RNA methyltransferase  25.78 
 
 		 281 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379619  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3914  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.96 
 
 		 250 aa  44.7  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0187406  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  23.08 
 
 		 258 aa  44.7  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1764  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.81 
 
 		 262 aa  44.7  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.356011  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.35 
 
 		 245 aa  44.7  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1965  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  23.97 
 
 		 261 aa  43.9  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0643373  normal  0.65625 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2449  tRNA/rRNA methyltransferase  24 
 
 		 227 aa  43.9  0.0008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3539  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.63 
 
 		 252 aa  43.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0474859  normal  0.153655 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  25.68 
 
 		 274 aa  43.5  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1692  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  23.94 
 
 		 256 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.31979  normal  0.210627 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1272  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.15 
 
 		 260 aa  43.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.479292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3200  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  21.32 
 
 		 278 aa  43.5  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  26.11 
 
 		 276 aa  42.4  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  26.11 
 
 		 291 aa  42.4  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5159  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.53 
 
 		 224 aa  42.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6073  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.03 
 
 		 260 aa  41.6  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.389176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2004  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.03 
 
 		 260 aa  41.6  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  28.86 
 
 		 279 aa  42  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  28.29 
 
 		 248 aa  41.6  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2024  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.61 
 
 		 260 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.146805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1906  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.15 
 
 		 260 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.602195 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2037  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.15 
 
 		 260 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.859577  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0827  spoU rRNA methylase family protein  23.84 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.000730061  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  21.83 
 
 		 277 aa  41.2  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  28.19 
 
 		 251 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  28.19 
 
 		 251 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  30.99 
 
 		 268 aa  40.8  0.006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1757  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.76 
 
 		 255 aa  40.8  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0272  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.68 
 
 		 148 aa  40.8  0.007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0071  RNA methyltransferase  29.8 
 
 		 231 aa  40.8  0.007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.17974  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5314  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.58 
 
 		 260 aa  40.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300522  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2440  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.48 
 
 		 275 aa  40.4  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0504626  normal  0.0195288 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>