More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05843 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05843  transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  625  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000283  transcriptional regulator  66.21 
 
 		 295 aa  404  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04895  transcriptional regulator  28.5 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1118  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000752  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 276 aa  90.1  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00374891  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.72 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  28.03 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001963  putative transcriptional regulator LysR family  34.51 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.974844  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2605  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.182093  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.81 
 
 		 316 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 309 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 320 aa  72  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  34.51 
 
 		 308 aa  72  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 301 aa  72  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 309 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 315 aa  70.1  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.13 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  25.45 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 308 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 323 aa  67  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 305 aa  67  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 305 aa  67  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0579  putative LysR-like regular protein  34.13 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.408916  normal  0.164447 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  27.7 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 301 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  29.09 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 432 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  26.38 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.09 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1751  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 333 aa  63.5  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 321 aa  63.5  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.03 
 
 		 300 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 317 aa  63.5  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1897  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0520736  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00136  transcriptional regulator, LysR family protein  32.88 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.262446  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 333 aa  62.8  0.000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03340  transcriptional regulator  30.14 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4020  LysR family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 324 aa  62  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  27.33 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 326 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 306 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  30.34 
 
 		 322 aa  60.8  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 322 aa  60.5  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  32.65 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>