More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002035 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



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Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00416  inner membrane transport protein YdhC  90.02 
 
 
401 aa  719    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002035  multidrug resistance protein  100 
 
 
401 aa  806    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2531  inner membrane transport protein YdhC  80.25 
 
 
400 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2062  inner membrane transport protein YdhC  46.84 
 
 
423 aa  339  4e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0300208  hitchhiker  0.0000445081 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1975  inner membrane transport protein YdhC  46.58 
 
 
423 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00432346  normal  0.238152 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2001  inner membrane transport protein YdhC  46.58 
 
 
423 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.330416  hitchhiker  0.000336538 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2471  inner membrane transport protein YdhC  48.27 
 
 
419 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000730777  hitchhiker  0.00484475 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0922  inner membrane transport protein YdhC  46.65 
 
 
427 aa  324  2e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2113  inner membrane transport protein YdhC  47.79 
 
 
414 aa  322  7e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0214399  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2138  inner membrane transport protein YdhC  47.39 
 
 
446 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.030791  normal  0.0211298 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2373  inner membrane transport protein YdhC  45.22 
 
 
423 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1999  inner membrane transport protein YdhC  47.22 
 
 
424 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00228821  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2168  inner membrane transport protein YdhC  46.33 
 
 
423 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00660024  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2203  inner membrane transport protein YdhC  46.08 
 
 
423 aa  310  4e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000782097  normal  0.105834 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2203  inner membrane transport protein YdhC  46.08 
 
 
423 aa  310  4e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00024069  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2311  inner membrane transport protein YdhC  46.08 
 
 
423 aa  310  4e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0216874  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2012  inner membrane transport protein YdhC  45.63 
 
 
430 aa  296  6e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000383533  normal  0.0277688 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2373  inner membrane transport protein YdhC  44.94 
 
 
403 aa  289  7e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00231291  normal  0.112493 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01631  predicted transporter  44.94 
 
 
403 aa  288  9e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1740  inner membrane transport protein YdhC  44.94 
 
 
403 aa  288  9e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.41176e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1874  inner membrane transport protein YdhC  44.94 
 
 
403 aa  288  9e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136238  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1969  inner membrane transport protein YdhC  44.94 
 
 
403 aa  288  9e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000225757 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01620  hypothetical protein  44.94 
 
 
403 aa  288  9e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1858  inner membrane transport protein YdhC  44.94 
 
 
403 aa  288  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141458  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1537  inner membrane transport protein YdhC  44.94 
 
 
403 aa  288  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0900835  normal  0.0201427 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1980  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  44.66 
 
 
403 aa  286  4e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00451664  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1746  inner membrane transport protein YdhC  44.2 
 
 
401 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000953992  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1524  inner membrane transport protein YdhC  44.2 
 
 
401 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1561  inner membrane transport protein YdhC  44.2 
 
 
401 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00165154  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1915  inner membrane transport protein YdhC  44.2 
 
 
401 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.04399  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1538  inner membrane transport protein YdhC  44.2 
 
 
401 aa  286  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0173263  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1787  inner membrane transport protein YdhC  41.46 
 
 
399 aa  284  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0113984 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1859  inner membrane transport protein YdhC  43.99 
 
 
400 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.422452  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1753  inner membrane transport protein YdhC  43.99 
 
 
400 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000133845  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2574  inner membrane transport protein YdhC  43.72 
 
 
400 aa  276  5e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.723156  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1784  inner membrane transport protein YdhC  43.61 
 
 
433 aa  271  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2193  inner membrane transport protein YdhC  42.33 
 
 
402 aa  266  5e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.230534  hitchhiker  0.00000667038 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.92 
 
 
401 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.5 
 
 
393 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  29.77 
 
 
393 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.8 
 
 
398 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.77 
 
 
393 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.7 
 
 
405 aa  150  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  30.89 
 
 
392 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  30.89 
 
 
392 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.41 
 
 
411 aa  147  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.241483 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  28.53 
 
 
398 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.62 
 
 
393 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.97 
 
 
409 aa  144  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.03 
 
 
409 aa  144  4e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.27 
 
 
403 aa  139  8.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0011  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.16 
 
 
400 aa  139  8.999999999999999e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.461677  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0034  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.27 
 
 
400 aa  139  1e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2159  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.45 
 
 
410 aa  139  1e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.832459 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  28.76 
 
 
420 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10090  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  29.79 
 
 
392 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0442276  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0109  conserved hypothetical protein, putative drug resistance transporter, Bcr/CflA family  25.67 
 
 
413 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000456469  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0827  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30 
 
 
389 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32370  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily protein  29.94 
 
 
426 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2375  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.86 
 
 
394 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.525477 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.62 
 
 
392 aa  125  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0413  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.09 
 
 
400 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284146  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1982  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  24.53 
 
 
416 aa  123  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2800  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.89 
 
 
411 aa  123  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.86 
 
 
414 aa  123  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1975  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.6 
 
 
394 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.73 
 
 
394 aa  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0749  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.51 
 
 
498 aa  120  6e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.471391  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  26.76 
 
 
409 aa  119  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2172  drug transport transmembrane protein  26.82 
 
 
407 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.309598  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3852  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  26.83 
 
 
407 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.64308  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  26.53 
 
 
426 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0109  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.38 
 
 
409 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3862  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.27 
 
 
399 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.984629 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.52 
 
 
424 aa  117  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8150  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.29 
 
 
412 aa  116  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.72 
 
 
411 aa  117  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0216  transport transmembrane protein  27.47 
 
 
409 aa  116  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1452  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.23 
 
 
418 aa  116  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266521  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1479  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.32 
 
 
370 aa  116  6.9999999999999995e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5624  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.12 
 
 
425 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.598733  normal  0.403775 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5989  sugar (and other) transporter  28.57 
 
 
411 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.291494  normal  0.241739 
 
 
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NC_007498  Pcar_2625  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.97 
 
 
403 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5245  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.12 
 
 
425 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3944  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.8 
 
 
401 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  31.58 
 
 
402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008705  Mkms_5333  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.12 
 
 
425 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.601093  normal  0.346965 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2425  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.3 
 
 
402 aa  114  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008061  Bcen_4704  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.97 
 
 
399 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381793  n/a   
 
 
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NC_009487  SaurJH9_2379  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.3 
 
 
402 aa  114  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0966987  n/a   
 
 
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NC_008543  Bcen2424_3659  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.97 
 
 
399 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154078  normal  0.828723 
 
 
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NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.78 
 
 
411 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_0167  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.35 
 
 
398 aa  113  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011992  Dtpsy_2001  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.84 
 
 
412 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0443671  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_1335  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.29 
 
 
397 aa  112  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.409904  n/a   
 
 
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NC_007348  Reut_B4036  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.9 
 
 
406 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  32.33 
 
 
414 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
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NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.41 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.57 
 
 
412 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
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NC_011772  BCG9842_B5119  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  29.35 
 
 
416 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
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