More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2138 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2471  inner membrane transport protein YdhC  79.24 
 
 
419 aa  661    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000730777  hitchhiker  0.00484475 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2138  inner membrane transport protein YdhC  100 
 
 
446 aa  899    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.030791  normal  0.0211298 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1975  inner membrane transport protein YdhC  67.97 
 
 
423 aa  566  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00432346  normal  0.238152 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2001  inner membrane transport protein YdhC  68.22 
 
 
423 aa  566  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.330416  hitchhiker  0.000336538 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2062  inner membrane transport protein YdhC  68.22 
 
 
423 aa  567  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0300208  hitchhiker  0.0000445081 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2113  inner membrane transport protein YdhC  68.43 
 
 
414 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0214399  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2373  inner membrane transport protein YdhC  67.39 
 
 
423 aa  547  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1999  inner membrane transport protein YdhC  66.83 
 
 
424 aa  536  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00228821  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2311  inner membrane transport protein YdhC  64.89 
 
 
423 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0216874  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2203  inner membrane transport protein YdhC  64.29 
 
 
423 aa  524  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00024069  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2168  inner membrane transport protein YdhC  64.89 
 
 
423 aa  524  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00660024  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2203  inner membrane transport protein YdhC  64.89 
 
 
423 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000782097  normal  0.105834 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0922  inner membrane transport protein YdhC  64.07 
 
 
427 aa  514  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2012  inner membrane transport protein YdhC  60.56 
 
 
430 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000383533  normal  0.0277688 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1784  inner membrane transport protein YdhC  47.87 
 
 
433 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002035  multidrug resistance protein  47.39 
 
 
401 aa  317  2e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00416  inner membrane transport protein YdhC  47.76 
 
 
401 aa  316  5e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2531  inner membrane transport protein YdhC  49.13 
 
 
400 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01631  predicted transporter  45.17 
 
 
403 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1740  inner membrane transport protein YdhC  45.17 
 
 
403 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.41176e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1874  inner membrane transport protein YdhC  45.17 
 
 
403 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136238  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01620  hypothetical protein  45.17 
 
 
403 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1969  inner membrane transport protein YdhC  45.17 
 
 
403 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000225757 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1980  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  45.17 
 
 
403 aa  282  8.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00451664  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2373  inner membrane transport protein YdhC  45.17 
 
 
403 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00231291  normal  0.112493 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1537  inner membrane transport protein YdhC  44.89 
 
 
403 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0900835  normal  0.0201427 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1858  inner membrane transport protein YdhC  44.89 
 
 
403 aa  281  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141458  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1524  inner membrane transport protein YdhC  43.73 
 
 
401 aa  279  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1746  inner membrane transport protein YdhC  46.59 
 
 
401 aa  279  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000953992  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1915  inner membrane transport protein YdhC  46.59 
 
 
401 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.04399  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1538  inner membrane transport protein YdhC  46.59 
 
 
401 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0173263  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1561  inner membrane transport protein YdhC  46.59 
 
 
401 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00165154  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2193  inner membrane transport protein YdhC  44.48 
 
 
402 aa  273  5.000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.230534  hitchhiker  0.00000667038 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1859  inner membrane transport protein YdhC  40.25 
 
 
400 aa  268  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.422452  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1753  inner membrane transport protein YdhC  40.25 
 
 
400 aa  268  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000133845  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1787  inner membrane transport protein YdhC  42.29 
 
 
399 aa  267  2.9999999999999995e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0113984 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2574  inner membrane transport protein YdhC  40.25 
 
 
400 aa  266  5.999999999999999e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.723156  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.31 
 
 
401 aa  162  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  29.85 
 
 
426 aa  158  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.08 
 
 
409 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.16 
 
 
434 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.89 
 
 
405 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.89 
 
 
405 aa  146  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  31.71 
 
 
392 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  32.86 
 
 
392 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.06 
 
 
392 aa  145  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  30.9 
 
 
393 aa  144  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.97 
 
 
393 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.9 
 
 
393 aa  144  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.9 
 
 
393 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  30.47 
 
 
398 aa  141  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.3 
 
 
398 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2001  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.36 
 
 
412 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0443671  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.61 
 
 
405 aa  140  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.51 
 
 
414 aa  140  7e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.46 
 
 
409 aa  140  7e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.86 
 
 
412 aa  138  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.73 
 
 
458 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.23 
 
 
405 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.23 
 
 
405 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1982  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.67 
 
 
416 aa  135  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.23 
 
 
411 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1452  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.53 
 
 
418 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266521  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.87 
 
 
411 aa  134  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.241483 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0011  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.23 
 
 
400 aa  133  5e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.461677  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.91 
 
 
411 aa  132  9e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4036  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.05 
 
 
406 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.3 
 
 
409 aa  130  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3668  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.5 
 
 
411 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.54 
 
 
424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.48 
 
 
424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2399  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.58 
 
 
457 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.35739 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2159  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.94 
 
 
410 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.832459 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2897  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.27 
 
 
396 aa  127  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151649  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  33.85 
 
 
411 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  26.57 
 
 
420 aa  127  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2139  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.85 
 
 
400 aa  127  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.85 
 
 
411 aa  127  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0772  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.85 
 
 
400 aa  127  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.85 
 
 
411 aa  126  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.85 
 
 
400 aa  127  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2605  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.85 
 
 
400 aa  127  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1867  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.15 
 
 
406 aa  126  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.960562  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8150  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.67 
 
 
412 aa  126  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.28 
 
 
403 aa  125  1e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2172  drug transport transmembrane protein  32.48 
 
 
407 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.309598  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0034  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.57 
 
 
400 aa  124  2e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.77 
 
 
413 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.236916  hitchhiker  0.00655505 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3830  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.12 
 
 
413 aa  125  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.423466  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  31.49 
 
 
402 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0749  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.67 
 
 
498 aa  124  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.471391  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3862  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.12 
 
 
399 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.984629 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0413  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.25 
 
 
400 aa  124  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284146  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  31.31 
 
 
414 aa  124  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1841  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.96 
 
 
418 aa  123  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2033  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.11 
 
 
403 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.85 
 
 
405 aa  123  6e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008835  BMA10229_1058  Bcr/CflA family drug resistance transporter  29.11 
 
 
403 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008784  BMASAVP1_0765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.11 
 
 
403 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.356599  n/a   
 
 
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NC_006349  BMAA1774  Bcr/CflA family drug resistance transporter  28.73 
 
 
395 aa  123  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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