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for query gene Sfri_0922 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0922  inner membrane transport protein YdhC  100 
 
 		 427 aa  856    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1975  inner membrane transport protein YdhC  67.69 
 
 		 423 aa  588  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00432346  normal  0.238152 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2001  inner membrane transport protein YdhC  67.92 
 
 		 423 aa  589  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.330416  hitchhiker  0.000336538 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2062  inner membrane transport protein YdhC  68.16 
 
 		 423 aa  590  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0300208  hitchhiker  0.0000445081 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2168  inner membrane transport protein YdhC  70.22 
 
 		 423 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00660024  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2311  inner membrane transport protein YdhC  70.22 
 
 		 423 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0216874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2203  inner membrane transport protein YdhC  70.22 
 
 		 423 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000782097  normal  0.105834 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2203  inner membrane transport protein YdhC  70.22 
 
 		 423 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00024069  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2373  inner membrane transport protein YdhC  66.91 
 
 		 423 aa  552  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1999  inner membrane transport protein YdhC  69.14 
 
 		 424 aa  549  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00228821  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2471  inner membrane transport protein YdhC  64.53 
 
 		 419 aa  525  1e-148  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000730777  hitchhiker  0.00484475 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2138  inner membrane transport protein YdhC  63.18 
 
 		 446 aa  520  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.030791  normal  0.0211298 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2113  inner membrane transport protein YdhC  62.38 
 
 		 414 aa  496  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0214399  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2012  inner membrane transport protein YdhC  56.9 
 
 		 430 aa  429  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000383533  normal  0.0277688 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1784  inner membrane transport protein YdhC  48.09 
 
 		 433 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00416  inner membrane transport protein YdhC  47.36 
 
 		 401 aa  318  2e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002035  multidrug resistance protein  47.1 
 
 		 401 aa  316  4e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2531  inner membrane transport protein YdhC  46.21 
 
 		 400 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_2373  inner membrane transport protein YdhC  41.62 
 
 		 403 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00231291  normal  0.112493 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1537  inner membrane transport protein YdhC  41.62 
 
 		 403 aa  282  6.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0900835  normal  0.0201427 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1858  inner membrane transport protein YdhC  41.62 
 
 		 403 aa  282  7.000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141458  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01631  predicted transporter  41.36 
 
 		 403 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1740  inner membrane transport protein YdhC  41.36 
 
 		 403 aa  281  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.41176e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1969  inner membrane transport protein YdhC  41.36 
 
 		 403 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000225757 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1874  inner membrane transport protein YdhC  41.36 
 
 		 403 aa  281  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136238  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01620  hypothetical protein  41.36 
 
 		 403 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1980  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  41.36 
 
 		 403 aa  280  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00451664  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A1524  inner membrane transport protein YdhC  40.25 
 
 		 401 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011205  SeD_A1915  inner membrane transport protein YdhC  41.51 
 
 		 401 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.04399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1561  inner membrane transport protein YdhC  41.51 
 
 		 401 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00165154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1746  inner membrane transport protein YdhC  41.51 
 
 		 401 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000953992  n/a   
 
 
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NC_011080  SNSL254_A1538  inner membrane transport protein YdhC  40.25 
 
 		 401 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0173263  normal  1 
 
 
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NC_009436  Ent638_1787  inner membrane transport protein YdhC  40.97 
 
 		 399 aa  268  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0113984 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1859  inner membrane transport protein YdhC  41.21 
 
 		 400 aa  262  8.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.422452  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_1753  inner membrane transport protein YdhC  41.21 
 
 		 400 aa  262  8.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000133845  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2193  inner membrane transport protein YdhC  42.45 
 
 		 402 aa  261  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.230534  hitchhiker  0.00000667038 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2574  inner membrane transport protein YdhC  40.94 
 
 		 400 aa  260  3e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.723156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  32.49 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  32.49 
 
 		 392 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  30.94 
 
 		 426 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.41 
 
 		 401 aa  153  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.02 
 
 		 398 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  28.92 
 
 		 398 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
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NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.9 
 
 		 409 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.707115 
 
 
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NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.16 
 
 		 405 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1982  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.04 
 
 		 416 aa  146  6e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  27.38 
 
 		 420 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
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NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.81 
 
 		 405 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.53 
 
 		 405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.08 
 
 		 434 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4036  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.18 
 
 		 406 aa  141  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.25 
 
 		 458 aa  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.25 
 
 		 405 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.25 
 
 		 405 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal  1 
 
 
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NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.88 
 
 		 392 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.88 
 
 		 411 aa  140  6e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.241483 
 
 
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NC_011992  Dtpsy_2001  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.09 
 
 		 412 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0443671  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.49 
 
 		 393 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  29.72 
 
 		 414 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.73 
 
 		 412 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0749  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.21 
 
 		 498 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.471391  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  28.61 
 
 		 393 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.61 
 
 		 393 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0011  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.89 
 
 		 400 aa  134  3e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.461677  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.09 
 
 		 414 aa  133  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  30.5 
 
 		 402 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.41 
 
 		 393 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.72 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.72 
 
 		 411 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2139  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.72 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  33.72 
 
 		 411 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0772  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.72 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.92 
 
 		 394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2605  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.72 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.72 
 
 		 411 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0034  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.72 
 
 		 400 aa  130  3e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2159  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.29 
 
 		 410 aa  131  3e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.832459 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.7 
 
 		 405 aa  131  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.46 
 
 		 403 aa  130  5.0000000000000004e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.52 
 
 		 411 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012039  Cla_0109  conserved hypothetical protein, putative drug resistance transporter, Bcr/CflA family  32.46 
 
 		 413 aa  130  6e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000456469  n/a   
 
 
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NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.19 
 
 		 424 aa  130  6e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal  1 
 
 
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NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.44 
 
 		 409 aa  129  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007204  Psyc_0349  major facilitator superfamily multi-drug efflux pump  27.32 
 
 		 419 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007498  Pcar_2625  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.2 
 
 		 403 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.1 
 
 		 424 aa  127  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008752  Aave_1867  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.58 
 
 		 406 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.960562  normal  1 
 
 
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NC_011989  Avi_4159  MFS permease  27.16 
 
 		 392 aa  126  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.33 
 
 		 411 aa  125  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003295  RSc0216  transport transmembrane protein  31.85 
 
 		 409 aa  125  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012917  PC1_1452  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.05 
 
 		 418 aa  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266521  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_3614  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.43 
 
 		 407 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_4760  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.79 
 
 		 399 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.579597  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_2399  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.52 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.35739 
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_0389  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.54 
 
 		 404 aa  125  2e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000107544  unclonable  0.00000000056227 
 
 
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NC_009636  Smed_3062  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.59 
 
 		 412 aa  125  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.66 
 
 		 396 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_3830  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.57 
 
 		 413 aa  124  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.423466  normal  1 
 
 
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NC_010002  Daci_3365  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.49 
 
 		 436 aa  124  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.139638  normal  1 
 
 
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NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.16 
 
 		 409 aa  124  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
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