More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_1753 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1859  inner membrane transport protein YdhC  100 
 
 		 400 aa  797    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.422452  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2574  inner membrane transport protein YdhC  99.75 
 
 		 400 aa  796    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.723156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1753  inner membrane transport protein YdhC  100 
 
 		 400 aa  797    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000133845  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2193  inner membrane transport protein YdhC  79.27 
 
 		 402 aa  560  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.230534  hitchhiker  0.00000667038 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01631  predicted transporter  65.8 
 
 		 403 aa  488  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1874  inner membrane transport protein YdhC  65.8 
 
 		 403 aa  488  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1740  inner membrane transport protein YdhC  65.8 
 
 		 403 aa  488  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.41176e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1969  inner membrane transport protein YdhC  65.8 
 
 		 403 aa  488  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000225757 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2373  inner membrane transport protein YdhC  65.8 
 
 		 403 aa  488  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00231291  normal  0.112493 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01620  hypothetical protein  65.8 
 
 		 403 aa  488  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1980  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  65.54 
 
 		 403 aa  486  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00451664  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1787  inner membrane transport protein YdhC  61.83 
 
 		 399 aa  487  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0113984 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1858  inner membrane transport protein YdhC  65.54 
 
 		 403 aa  485  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141458  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1537  inner membrane transport protein YdhC  65.54 
 
 		 403 aa  487  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0900835  normal  0.0201427 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1538  inner membrane transport protein YdhC  64.86 
 
 		 401 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0173263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1524  inner membrane transport protein YdhC  64.86 
 
 		 401 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1746  inner membrane transport protein YdhC  64.86 
 
 		 401 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000953992  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1915  inner membrane transport protein YdhC  64.86 
 
 		 401 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.04399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1561  inner membrane transport protein YdhC  64.86 
 
 		 401 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00165154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2062  inner membrane transport protein YdhC  43.48 
 
 		 423 aa  301  2e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0300208  hitchhiker  0.0000445081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2001  inner membrane transport protein YdhC  42.97 
 
 		 423 aa  299  5e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.330416  hitchhiker  0.000336538 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1975  inner membrane transport protein YdhC  42.97 
 
 		 423 aa  298  1e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00432346  normal  0.238152 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1784  inner membrane transport protein YdhC  44.24 
 
 		 433 aa  298  1e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2311  inner membrane transport protein YdhC  42.48 
 
 		 423 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0216874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2203  inner membrane transport protein YdhC  42.48 
 
 		 423 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00024069  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2168  inner membrane transport protein YdhC  42.48 
 
 		 423 aa  285  7e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00660024  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2203  inner membrane transport protein YdhC  42.48 
 
 		 423 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000782097  normal  0.105834 
 
 
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NC_009438  Sputcn32_1999  inner membrane transport protein YdhC  42.48 
 
 		 424 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00228821  n/a   
 
 
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NC_010506  Swoo_2471  inner membrane transport protein YdhC  40.66 
 
 		 419 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000730777  hitchhiker  0.00484475 
 
 
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NC_004347  SO_2373  inner membrane transport protein YdhC  41.61 
 
 		 423 aa  280  3e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2138  inner membrane transport protein YdhC  40.76 
 
 		 446 aa  279  5e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.030791  normal  0.0211298 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00416  inner membrane transport protein YdhC  44.26 
 
 		 401 aa  274  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002035  multidrug resistance protein  40.99 
 
 		 401 aa  272  7e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0922  inner membrane transport protein YdhC  41.76 
 
 		 427 aa  271  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2012  inner membrane transport protein YdhC  42.08 
 
 		 430 aa  265  8e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000383533  normal  0.0277688 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2531  inner membrane transport protein YdhC  44.35 
 
 		 400 aa  259  4e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2113  inner membrane transport protein YdhC  39.69 
 
 		 414 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0214399  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.83 
 
 		 392 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.53 
 
 		 394 aa  161  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.08 
 
 		 409 aa  155  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.13 
 
 		 409 aa  149  7e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6143  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.83 
 
 		 420 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  30.86 
 
 		 420 aa  146  6e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.11 
 
 		 405 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.11 
 
 		 458 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.11 
 
 		 405 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  31.2 
 
 		 426 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
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NC_008599  CFF8240_0011  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.87 
 
 		 400 aa  144  2e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.461677  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.39 
 
 		 405 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.76 
 
 		 434 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32370  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily protein  31.02 
 
 		 426 aa  142  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2172  drug transport transmembrane protein  31.03 
 
 		 407 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.309598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.59 
 
 		 411 aa  142  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.241483 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.53 
 
 		 405 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.34 
 
 		 405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.7 
 
 		 405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4159  MFS permease  28.57 
 
 		 392 aa  141  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.17 
 
 		 409 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0109  conserved hypothetical protein, putative drug resistance transporter, Bcr/CflA family  31.59 
 
 		 413 aa  139  7.999999999999999e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000456469  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.87 
 
 		 403 aa  139  8.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1975  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.87 
 
 		 394 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2375  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.66 
 
 		 394 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.525477 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.07 
 
 		 405 aa  137  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3595  putative membrane transport protein  32.11 
 
 		 404 aa  136  8e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2001  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.18 
 
 		 412 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0443671  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0216  transport transmembrane protein  30.67 
 
 		 409 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.11 
 
 		 401 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.18 
 
 		 412 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.03 
 
 		 411 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2159  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.55 
 
 		 410 aa  134  3e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.832459 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0109  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.67 
 
 		 409 aa  133  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0749  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.63 
 
 		 498 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.471391  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4173  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.15 
 
 		 400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3852  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.69 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.64308  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  31.32 
 
 		 393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.32 
 
 		 393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0034  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.35 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4036  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.27 
 
 		 406 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2139  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.4 
 
 		 400 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.4 
 
 		 411 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2897  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30 
 
 		 396 aa  130  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151649  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.4 
 
 		 400 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0772  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.4 
 
 		 400 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2605  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.4 
 
 		 400 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.4 
 
 		 411 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3518  MFS permease  32.07 
 
 		 401 aa  130  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  32.4 
 
 		 411 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  28.77 
 
 		 393 aa  129  9.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
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NC_013526  Tter_2346  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.08 
 
 		 408 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  32.18 
 
 		 402 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.03 
 
 		 393 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
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NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.37 
 
 		 393 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
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NC_009719  Plav_0571  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.72 
 
 		 399 aa  127  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0910669  normal  1 
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0115  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.65 
 
 		 391 aa  126  6e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395955  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B0413  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.98 
 
 		 400 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284146  normal  1 
 
 
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NC_009727  CBUD_2067  multidrug resistance protein D  30.65 
 
 		 409 aa  125  9e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0252383  n/a   
 
 
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NC_007298  Daro_0049  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.63 
 
 		 400 aa  125  9e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414965 
 
 
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NC_011071  Smal_3550  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.46 
 
 		 395 aa  125  9e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009667  Oant_1775  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.52 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.394194  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  30.53 
 
 		 398 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
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