205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0449 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0449  hypothetical protein  100 
 
 		 124 aa  251  3e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.283123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0472  hypothetical protein  53.1 
 
 		 117 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0276117 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1814  hypothetical protein  52.21 
 
 		 117 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.842664  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0461  hypothetical protein  51.33 
 
 		 117 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3959  hypothetical protein  47.37 
 
 		 137 aa  90.5  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0900  hypothetical protein  50 
 
 		 100 aa  85.5  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.813892 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2830  hypothetical protein  40.71 
 
 		 134 aa  77  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.31307  normal  0.486249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0181  hypothetical protein  38.71 
 
 		 136 aa  64.7  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.973166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2019  protein of unknown function UPF0102  39.25 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.573307  normal  0.167847 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3265  hypothetical protein  35.85 
 
 		 130 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0756  hypothetical protein  41.58 
 
 		 118 aa  62.8  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.477778  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0116  hypothetical protein  35.05 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4996  hypothetical protein  38 
 
 		 125 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.608406  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0320  hypothetical protein  37.63 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3135  hypothetical protein  35.4 
 
 		 125 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0146  hypothetical protein  34.41 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0675  protein of unknown function UPF0102  35.24 
 
 		 165 aa  58.2  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3463  hypothetical protein  34.51 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0187  hypothetical protein  32.38 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0189  protein of unknown function UPF0102  32.76 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.452343  normal  0.48907 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3355  hypothetical protein  34.26 
 
 		 108 aa  57.4  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2202  hypothetical protein  36.46 
 
 		 121 aa  57  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.474644  normal  0.174288 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0195  hypothetical protein  37.72 
 
 		 119 aa  57  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.227376  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4524  hypothetical protein  32.74 
 
 		 123 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57490  hypothetical protein  35.64 
 
 		 125 aa  57  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0391  hypothetical protein  39.81 
 
 		 149 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0487377 
 
 
-
 
NC_004310  BR0178  hypothetical protein  33.33 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.647134  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2283  hypothetical protein  33.33 
 
 		 113 aa  55.5  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.567685 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0142  conserved hypothetical protein TIGR00252  32.43 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1093  endonuclease-like  35 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0420  hypothetical protein  34.41 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0932  hypothetical protein  31.86 
 
 		 123 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2213  protein of unknown function UPF0102  34.86 
 
 		 118 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.19652 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1934  hypothetical protein  28.97 
 
 		 120 aa  55.1  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.547856  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0315  protein of unknown function UPF0102  32.43 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000225244 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0259  hypothetical protein  28.97 
 
 		 120 aa  55.1  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4685  hypothetical protein  30.91 
 
 		 120 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0484178 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0910  hypothetical protein  32.41 
 
 		 119 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.21322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2532  protein of unknown function UPF0102  49.02 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.388001 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0272  hypothetical protein  35.35 
 
 		 108 aa  54.3  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000600044  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4818  protein of unknown function UPF0102  41 
 
 		 123 aa  53.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3740  protein of unknown function UPF0102  29.47 
 
 		 121 aa  53.9  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000086697  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1407  protein of unknown function UPF0102  32.63 
 
 		 122 aa  53.5  0.0000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.993674  normal  0.0549137 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0400  hypothetical protein  33.33 
 
 		 131 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4400  hypothetical protein  31.86 
 
 		 123 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.147019 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1324  hypothetical protein  31.86 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0503  hypothetical protein  35.19 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.451178 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2007  hypothetical protein  36.26 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.63182  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3065  hypothetical protein  27.68 
 
 		 118 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0355  hypothetical protein  35.48 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4337  hypothetical protein  35.19 
 
 		 117 aa  52  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.977576  normal  0.214034 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0732  hypothetical protein  33.02 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.821091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0930  hypothetical protein  35.48 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.930588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3693  hypothetical protein  37.11 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678912  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3756  hypothetical protein  32.46 
 
 		 127 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00341379  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4188  hypothetical protein  37.63 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3146  sigma-54 factor  34.55 
 
 		 118 aa  51.6  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3990  hypothetical protein  37.63 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13130  hypothetical protein  31.58 
 
 		 120 aa  51.6  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4100  hypothetical protein  37.63 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0112  hypothetical protein  30.08 
 
 		 122 aa  51.6  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4252  hypothetical protein  29.63 
 
 		 117 aa  52  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000137469 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4070  hypothetical protein  37.63 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0439  hypothetical protein  38.1 
 
 		 128 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111388  normal  0.465101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0351  hypothetical protein  31.48 
 
 		 117 aa  51.6  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0502533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3014  hypothetical protein  37.86 
 
 		 127 aa  51.6  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3783  hypothetical protein  34.75 
 
 		 118 aa  51.6  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00882109  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2298  hypothetical protein  34.26 
 
 		 123 aa  51.6  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3248  hypothetical protein  37.5 
 
 		 124 aa  51.6  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.852323  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0271  hypothetical protein  41.58 
 
 		 153 aa  51.2  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1695  hypothetical protein  34.38 
 
 		 120 aa  51.2  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3311  protein of unknown function UPF0102  34.74 
 
 		 134 aa  51.2  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1406  protein of unknown function UPF0102  33.66 
 
 		 173 aa  50.8  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000418677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3870  protein of unknown function UPF0102  34.69 
 
 		 144 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2398  hypothetical protein  29.2 
 
 		 118 aa  50.8  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.430013  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0388  hypothetical protein  37.89 
 
 		 108 aa  50.8  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.597532  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0695  hypothetical protein  31.11 
 
 		 108 aa  50.8  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000229548  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3919  protein of unknown function UPF0102  34.69 
 
 		 144 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000143067  normal  0.216721 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1406  protein of unknown function UPF0102  37.04 
 
 		 114 aa  50.8  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0671  hypothetical protein  31.11 
 
 		 108 aa  50.8  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000156143  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0293  protein of unknown function UPF0102  34.02 
 
 		 124 aa  50.4  0.000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.210059 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004502  endonuclease  32.38 
 
 		 122 aa  50.4  0.000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000161677  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4433  hypothetical protein  28.93 
 
 		 129 aa  50.1  0.000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0299  hypothetical protein  35.42 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3685  hypothetical protein  37.5 
 
 		 108 aa  50.1  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3625  hypothetical protein  35.45 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0339  hypothetical protein  38.53 
 
 		 127 aa  49.7  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0692015  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4420  hypothetical protein  29.29 
 
 		 128 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149236  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4114  hypothetical protein  28.32 
 
 		 123 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0406  hypothetical protein  37.14 
 
 		 128 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.442549 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1350  protein of unknown function UPF0102  30.85 
 
 		 118 aa  49.3  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0260  hypothetical protein  36.46 
 
 		 108 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03356  Sigma-54 factor  30.39 
 
 		 113 aa  48.9  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3766  hypothetical protein  40 
 
 		 122 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.969308  normal  0.0430921 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2261  hypothetical protein  33.68 
 
 		 128 aa  48.9  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3586  hypothetical protein  34.31 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3430  hypothetical protein  38.94 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.157474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0017  hypothetical protein  26.47 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457371  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3881  hypothetical protein  36.46 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.114446 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0358  protein of unknown function UPF0102  31.48 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.856807 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>