More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4804 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4804  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  596  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0414707 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0058  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0206813  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06296  transcriptional regulator  36.5 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001430  transcriptional regulator  35.04 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000301248  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2800  LysR, substrate-binding  35.23 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0882  HTH-type transcriptional activator, LysR-family  32.75 
 
 		 290 aa  179  7e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.070631  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 296 aa  162  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 298 aa  158  8e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 335 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 336 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  32.04 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.27 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  32.04 
 
 		 309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 315 aa  145  8.000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.89 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  30.25 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 291 aa  142  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 355 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  33.33 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  33 
 
 		 330 aa  142  8e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  28.57 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4131  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.45 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4614  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0515888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31630  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.469253  normal  0.129426 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.99 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 313 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 313 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 315 aa  139  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 312 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5829  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 306 aa  139  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.438872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  33.45 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2690  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 301 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 298 aa  138  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 313 aa  137  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1397  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  33.1 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6395  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.158228 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3911  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.954756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  32.41 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>