More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4550 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4550  ABC transporter related  100 
 
 		 603 aa  1172    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2559  ABC transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  44.73 
 
 		 595 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.864708  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1218  ABC transporter related  44.55 
 
 		 618 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0802888  normal  0.120203 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1963  ABC transporter related  44.06 
 
 		 616 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.220325  normal  0.545041 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3988  ABC transporter related  36.77 
 
 		 597 aa  345  2e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3381  ABC transporter related  35.26 
 
 		 599 aa  323  8e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0477637  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3270  ABC transporter related  31.53 
 
 		 594 aa  267  5e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.255104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1118  ABC transporter, transmembrane region  31.16 
 
 		 606 aa  238  3e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.11395 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44230  ABC transporter protein  32.34 
 
 		 586 aa  237  4e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2662  ABC transporter ATPase and inner membrane protein  29.54 
 
 		 564 aa  237  4e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564028  decreased coverage  0.00171359 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2750  ABC transporter related  44.86 
 
 		 574 aa  234  3e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0986364  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3057  ABC transporter related  34.92 
 
 		 571 aa  226  9e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.539109  normal  0.512176 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1128  ABC transporter related protein  32.45 
 
 		 613 aa  211  4e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.135048  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1134  ABC transporter related  31.17 
 
 		 600 aa  211  4e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.912379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3240  ABC transporter related  33.27 
 
 		 567 aa  205  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3398  ABC transporter related  29.96 
 
 		 598 aa  202  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273417  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  30.91 
 
 		 598 aa  201  1.9999999999999998e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2624  ABC transporter related  41.53 
 
 		 596 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.299727 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  30.04 
 
 		 583 aa  199  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2847  ABC transporter related  41.53 
 
 		 586 aa  199  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.682439 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0971  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.75 
 
 		 594 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1174  ABC transporter related  30.19 
 
 		 587 aa  196  9e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2654  ABC transporter related  40.83 
 
 		 596 aa  196  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.161952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  32.43 
 
 		 579 aa  195  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0152  ABC transporter related protein  26.44 
 
 		 602 aa  195  2e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4581  ABC transporter related  28.08 
 
 		 613 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3530  ABC transporter, ATP-binding/permease  30.69 
 
 		 590 aa  194  3e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.672415 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0276  ABC transporter related  28.3 
 
 		 583 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.35 
 
 		 587 aa  192  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3782  ABC transporter related  26.04 
 
 		 676 aa  192  2e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253912  normal  0.646389 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1216  ABC transporter related  29.77 
 
 		 597 aa  191  4e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2068  ABC transporter related  39.55 
 
 		 583 aa  191  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.561392  normal  0.0697813 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1454  ABC transporter related  28.33 
 
 		 600 aa  190  8e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1773  ABC transporter related  25.45 
 
 		 581 aa  189  1e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000430308  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1719  ABC transporter ATP-binding protein  29.69 
 
 		 616 aa  189  2e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0082  ATPase  27.61 
 
 		 582 aa  187  3e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2226  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.03 
 
 		 593 aa  188  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2346  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.03 
 
 		 583 aa  188  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571332  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  31.24 
 
 		 618 aa  187  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6513  ABC transporter related protein  30.28 
 
 		 613 aa  187  4e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.8 
 
 		 600 aa  187  5e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2086  ABC transporter related  29.53 
 
 		 597 aa  186  8e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5187  ABC transporter related  40.77 
 
 		 585 aa  186  8e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.248896  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1250  ABC transporter, ATP-binding protein/permease, glycan transport  24.91 
 
 		 564 aa  186  1.0000000000000001e-45  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5423  toxin secretion ABC transporter (ATP-binding and membrane protein)  40.66 
 
 		 705 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.192107 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2321  ABC transporter related  30.77 
 
 		 625 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100334 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1143  ABC transporter related  29.5 
 
 		 565 aa  186  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.4551 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2330  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.03 
 
 		 593 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273025 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  27.5 
 
 		 597 aa  185  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1519  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  29.5 
 
 		 581 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0416  cyclic nucleotide-binding protein  30.38 
 
 		 600 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1695  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.03 
 
 		 623 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.733558  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2307  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.03 
 
 		 583 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0152  ABC transporter related  27.16 
 
 		 613 aa  184  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.273872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0354  ABC transporter related  29.45 
 
 		 612 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2815  ABC transporter related  26.47 
 
 		 594 aa  184  4.0000000000000006e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.264488  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0115  ABC transporter, transmembrane region  30.18 
 
 		 625 aa  184  4.0000000000000006e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  31.07 
 
 		 597 aa  184  4.0000000000000006e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3781  ABC transporter, ATPase subunit  32.55 
 
 		 626 aa  184  4.0000000000000006e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.411009 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.9 
 
 		 582 aa  184  4.0000000000000006e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.2758  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0478  ABC transporter ATP-binding protein  29.25 
 
 		 592 aa  184  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2533  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.92 
 
 		 590 aa  184  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.611222  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0353  ABC transporter related  28.46 
 
 		 639 aa  184  5.0000000000000004e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2511  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  28.01 
 
 		 555 aa  183  7e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000220967  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1890  ABC transporter related  30.7 
 
 		 607 aa  183  7e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000124056  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0369  ABC transporter related  29.27 
 
 		 612 aa  183  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5649  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.03 
 
 		 583 aa  183  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3122  ABC transporter-like protein protein  28.26 
 
 		 609 aa  182  1e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3033  ABC transporter related  34.72 
 
 		 598 aa  182  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.275745  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1637  ABC transporter related  34.38 
 
 		 630 aa  182  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135005  normal  0.475393 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0672  ABC transporter related  27.31 
 
 		 578 aa  182  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1296  ABC transporter related  28.11 
 
 		 730 aa  182  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.7 
 
 		 574 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6211  ABC transporter related  32.22 
 
 		 714 aa  182  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.16806 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0325  ABC transporter, transmembrane region  31.18 
 
 		 746 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.771448 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.43 
 
 		 574 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3493  ABC transporter related  29.87 
 
 		 608 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0439  putative composite ATP-binding transmembrane ABC transporter protein  30.68 
 
 		 621 aa  181  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.130019 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1601  ATPase  28.9 
 
 		 583 aa  181  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.149683  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1166  ABC transporter related protein  27.43 
 
 		 588 aa  181  4e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3801  response regulator receiver protein  43.93 
 
 		 981 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  29.64 
 
 		 582 aa  180  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  29.64 
 
 		 582 aa  180  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  29.64 
 
 		 582 aa  180  5.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4878  response regulator receiver protein  43.93 
 
 		 991 aa  180  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.360645  normal  0.0233171 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0475  ABC transporter related  31.09 
 
 		 584 aa  180  8e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00181463  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6407  ABC transporter related  31.5 
 
 		 714 aa  180  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0617  ABC transporter related protein  31.4 
 
 		 611 aa  180  8e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.10554  normal  0.226298 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  31.27 
 
 		 627 aa  179  9e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  29.26 
 
 		 588 aa  179  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0964  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  32.68 
 
 		 601 aa  179  1e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.519828  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1595  ABC transporter related  27.76 
 
 		 607 aa  179  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00338699  normal  0.481245 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0591  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  24.78 
 
 		 564 aa  179  1e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.234027  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1486  ABC transporter related  30.4 
 
 		 1228 aa  179  1e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1803  ATPase  29.23 
 
 		 649 aa  179  1e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00610246 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0759  ABC transporter related  27.99 
 
 		 600 aa  179  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.165063  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2355  ABC transporter related  31.74 
 
 		 603 aa  179  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.916251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2187  ABC transporter related  29.88 
 
 		 595 aa  179  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1962  ABC transporter related  32.51 
 
 		 589 aa  179  1e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.217672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0444  ABC transporter related  27.26 
 
 		 586 aa  178  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>