More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2662 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2662  ABC transporter ATPase and inner membrane protein  100 
 
 
564 aa  1140    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564028  decreased coverage  0.00171359 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3988  ABC transporter related  37.97 
 
 
597 aa  367  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3381  ABC transporter related  34.7 
 
 
599 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0477637  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3270  ABC transporter related  31.92 
 
 
594 aa  264  2e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.255104  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4550  ABC transporter related  29.46 
 
 
603 aa  250  5e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1963  ABC transporter related  31.35 
 
 
616 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.220325  normal  0.545041 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2559  ABC transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  33.19 
 
 
595 aa  239  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.864708  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1218  ABC transporter related  32.96 
 
 
618 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0802888  normal  0.120203 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3782  ABC transporter related  31.57 
 
 
676 aa  228  2e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253912  normal  0.646389 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44230  ABC transporter protein  29.07 
 
 
586 aa  206  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1128  ABC transporter related protein  29 
 
 
613 aa  204  3e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.135048  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  30.51 
 
 
583 aa  202  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  30.67 
 
 
582 aa  197  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0591  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  30.82 
 
 
564 aa  197  6e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.234027  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3240  ABC transporter related  29.29 
 
 
567 aa  196  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.03 
 
 
587 aa  197  6e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2172  ABC transporter related  31.2 
 
 
610 aa  196  9e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1250  ABC transporter, ATP-binding protein/permease, glycan transport  28.83 
 
 
564 aa  196  1e-48  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1454  ABC transporter related  24.95 
 
 
600 aa  196  1e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.07 
 
 
582 aa  195  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.07 
 
 
582 aa  195  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.07 
 
 
582 aa  195  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0759  ABC transporter related  26.34 
 
 
600 aa  194  3e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.165063  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0373  ABC transporter-related protein  32.4 
 
 
594 aa  194  4e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.257292  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0387  ABC transporter-related protein  29.96 
 
 
634 aa  194  5e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.112413  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66080  transport protein MsbA  29.63 
 
 
603 aa  194  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1134  ABC transporter related  28.57 
 
 
600 aa  192  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.912379  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0115  ABC transporter related  31.36 
 
 
609 aa  191  2e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.42 
 
 
582 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0594  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.37 
 
 
613 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  28.75 
 
 
587 aa  191  4e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  27.78 
 
 
600 aa  190  5e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1519  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.11 
 
 
581 aa  190  5.999999999999999e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1147  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  30.33 
 
 
564 aa  190  5.999999999999999e-47  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1769  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.59 
 
 
597 aa  190  7e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.631617  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  31.05 
 
 
574 aa  189  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1630  ABC transporter related  28.76 
 
 
608 aa  189  1e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1770  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  28.6 
 
 
607 aa  189  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0549134  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  31.13 
 
 
574 aa  189  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  29.81 
 
 
579 aa  188  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1780  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.6 
 
 
585 aa  188  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0810264  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.33 
 
 
582 aa  187  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5732  transport protein MsbA  28.98 
 
 
603 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.2 
 
 
582 aa  187  4e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0394  ABC transporter related  27.68 
 
 
610 aa  187  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.156666 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1741  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  28.51 
 
 
590 aa  187  5e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29930  ABC transporter protein  28.06 
 
 
613 aa  187  6e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0292656  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  28.02 
 
 
618 aa  186  7e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2624  ABC transporter related  30.5 
 
 
596 aa  186  7e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.299727 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2847  ABC transporter related  30.5 
 
 
586 aa  186  8e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.682439 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1272  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  30.33 
 
 
564 aa  186  1.0000000000000001e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1118  ABC transporter, transmembrane region  29.06 
 
 
606 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.11395 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  27.45 
 
 
592 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4974  ABC transporter related  29.25 
 
 
571 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11248  ABC transporter, ATP-binding protein  30.24 
 
 
566 aa  185  2.0000000000000003e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5298  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.67 
 
 
571 aa  184  3e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  30.34 
 
 
592 aa  184  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5030  ABC transporter ATP-binding/permease  28.67 
 
 
571 aa  184  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0487117  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5411  ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.67 
 
 
571 aa  184  3e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5343  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.67 
 
 
571 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4860  multidrug resistance ABC transporter, ATP-binding and permease  28.67 
 
 
571 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.201042  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4875  multidrug resistance ABC transporter, ATP-binding and permease  28.67 
 
 
571 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.259113  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1094  lipid A export permease/ATP-binding protein MsbA  27.92 
 
 
588 aa  184  4.0000000000000006e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5268  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.67 
 
 
571 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1482  ATPase  26.77 
 
 
632 aa  184  4.0000000000000006e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.412364  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  27.82 
 
 
611 aa  184  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0735  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.95 
 
 
582 aa  183  6e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  27.63 
 
 
582 aa  183  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  27.63 
 
 
582 aa  183  8.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0481  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  31 
 
 
600 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.63 
 
 
582 aa  183  8.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  27.63 
 
 
582 aa  183  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.63 
 
 
582 aa  183  8.000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.63 
 
 
582 aa  183  8.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.63 
 
 
582 aa  183  8.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.63 
 
 
582 aa  183  8.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.63 
 
 
582 aa  183  8.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2199  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  28.33 
 
 
600 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34840  ABC transporter, ATP-binding protein  31.92 
 
 
595 aa  183  9.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1719  ABC transporter ATP-binding protein  27.8 
 
 
616 aa  182  1e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.18 
 
 
577 aa  182  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0921  phospholipid-lipopolysaccharide ABC transporter  27.71 
 
 
596 aa  182  1e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.91 
 
 
602 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.85 
 
 
582 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.85 
 
 
582 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.85 
 
 
582 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.183717 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  27.89 
 
 
589 aa  182  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.85 
 
 
582 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.85 
 
 
582 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4935  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  29.91 
 
 
602 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.302825  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0152  ABC transporter related protein  25.54 
 
 
602 aa  181  2.9999999999999997e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1562  ABC transporter related  28.85 
 
 
605 aa  181  2.9999999999999997e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.36588  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5658  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.48 
 
 
571 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  26.71 
 
 
582 aa  181  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2584  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  25.63 
 
 
600 aa  181  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.544743  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0900  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  31.81 
 
 
583 aa  181  4e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0510675  normal  0.909726 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0325  ABC transporter, transmembrane region  29.82 
 
 
746 aa  180  4.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.771448 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5285  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  28.45 
 
 
571 aa  180  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2674  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  25.52 
 
 
602 aa  180  7e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0832532  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3367  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29.28 
 
 
586 aa  180  8e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.487064  hitchhiker  1.72644e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>