More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1128 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1128  ABC transporter related protein  100 
 
 
613 aa  1224    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.135048  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1118  ABC transporter, transmembrane region  45.39 
 
 
606 aa  537  1e-151  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.11395 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3122  ABC transporter-like protein protein  45.47 
 
 
609 aa  518  1.0000000000000001e-145  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4581  ABC transporter related  43.9 
 
 
613 aa  487  1e-136  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3782  ABC transporter related  34.68 
 
 
676 aa  379  1e-104  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253912  normal  0.646389 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2900  ABC transporter-like protein protein  38.62 
 
 
749 aa  372  1e-102  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0999643  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0325  ABC transporter, transmembrane region  38.26 
 
 
746 aa  371  1e-101  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.771448 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1949  ABC transporter related  39.02 
 
 
600 aa  356  5.999999999999999e-97  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.867267  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1134  ABC transporter related  40.14 
 
 
600 aa  352  1e-95  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.912379  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1482  ATPase  34.48 
 
 
632 aa  331  2e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.412364  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0506  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  34.78 
 
 
612 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.740474 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0382  ABC transporter related  37.18 
 
 
641 aa  327  5e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.588151  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6513  ABC transporter related protein  35.86 
 
 
613 aa  325  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330093  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0347  ABC transporter related  34.3 
 
 
647 aa  322  9.999999999999999e-87  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.836066 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1803  ATPase  36.81 
 
 
649 aa  322  1.9999999999999998e-86  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00610246 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0387  ABC transporter-related protein  35.52 
 
 
634 aa  321  1.9999999999999998e-86  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.112413  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0481  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  36.91 
 
 
600 aa  320  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.46 
 
 
585 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5732  transport protein MsbA  35.71 
 
 
603 aa  317  3e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  35.49 
 
 
582 aa  317  5e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.49 
 
 
582 aa  317  5e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.49 
 
 
582 aa  317  5e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.49 
 
 
582 aa  317  5e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.49 
 
 
582 aa  317  5e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.49 
 
 
582 aa  317  5e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  35.49 
 
 
582 aa  317  5e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.49 
 
 
582 aa  317  5e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.49 
 
 
582 aa  317  5e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0353  ABC transporter related  35.97 
 
 
639 aa  316  7e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.26 
 
 
602 aa  316  8e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.49 
 
 
582 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.183717 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.49 
 
 
582 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.49 
 
 
582 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.49 
 
 
582 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.49 
 
 
582 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.9 
 
 
579 aa  314  2.9999999999999996e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.44 
 
 
582 aa  313  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0394  ABC transporter related  34.06 
 
 
610 aa  313  7.999999999999999e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.156666 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0531  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.54 
 
 
603 aa  312  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.140782 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.5 
 
 
582 aa  311  2e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0594  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.82 
 
 
613 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.96 
 
 
592 aa  311  2.9999999999999997e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66080  transport protein MsbA  34.82 
 
 
603 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.33 
 
 
582 aa  311  2.9999999999999997e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1719  ABC transporter ATP-binding protein  36.07 
 
 
616 aa  310  4e-83  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  38.7 
 
 
611 aa  310  5e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.46 
 
 
587 aa  310  5.9999999999999995e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  38.6 
 
 
598 aa  309  8e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4984  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.19 
 
 
602 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4935  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  36.36 
 
 
602 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.302825  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  38.18 
 
 
611 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.63 
 
 
589 aa  308  2.0000000000000002e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.59 
 
 
577 aa  306  6e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.79 
 
 
582 aa  306  7e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.79 
 
 
582 aa  306  7e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.79 
 
 
582 aa  306  7e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.19 
 
 
602 aa  306  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0328  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  37.78 
 
 
575 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1912  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  37.78 
 
 
574 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0734969  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1357  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.78 
 
 
575 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1198  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.78 
 
 
575 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1207  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.78 
 
 
574 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1045  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  35.99 
 
 
596 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.378722  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0823  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  35.99 
 
 
596 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  38.18 
 
 
611 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  40 
 
 
611 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1769  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.42 
 
 
597 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.631617  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3398  ABC transporter related  41.25 
 
 
598 aa  304  3.0000000000000004e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273417  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2826  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  32.72 
 
 
604 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.070781 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0272  ABC transporter related  35.06 
 
 
634 aa  303  6.000000000000001e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.29 
 
 
582 aa  303  7.000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0536  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter  34.52 
 
 
600 aa  302  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.742929 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4067  ABC transporter related  36.75 
 
 
596 aa  302  2e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00142757  normal  0.169154 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1080  ABC transporter related  38.46 
 
 
601 aa  301  2e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169898 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0900  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.05 
 
 
583 aa  301  2e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0510675  normal  0.909726 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0351  hypothetical protein  36.89 
 
 
611 aa  301  3e-80  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.378963 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  35.62 
 
 
556 aa  301  3e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.31 
 
 
587 aa  300  4e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1741  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.77 
 
 
590 aa  300  4e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.26 
 
 
582 aa  299  1e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.73 
 
 
582 aa  298  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2444  ABC transporter related  38.1 
 
 
580 aa  299  1e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.385044 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4984  lipid A ABC transporter, ATP-binding/permease protein  33.67 
 
 
624 aa  298  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0971  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.32 
 
 
594 aa  298  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0115  ABC transporter related  33.65 
 
 
609 aa  297  3e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0985  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.41 
 
 
596 aa  297  4e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.426098  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2392  ABC transporter related  37.91 
 
 
580 aa  296  5e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1395  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.34 
 
 
610 aa  296  7e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.507365  hitchhiker  0.000128889 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2330  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.8 
 
 
593 aa  296  7e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273025 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1520  ABC transporter related  37.84 
 
 
597 aa  296  7e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.887648  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1630  ABC transporter related  33.02 
 
 
608 aa  296  8e-79  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.41 
 
 
597 aa  296  8e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5649  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.28 
 
 
583 aa  296  8e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11248  ABC transporter, ATP-binding protein  32.95 
 
 
566 aa  296  9e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2823  ABC transporter related protein  39.17 
 
 
585 aa  295  2e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0757  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.62 
 
 
594 aa  295  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00726386  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0617  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.63 
 
 
609 aa  294  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1695  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.64 
 
 
623 aa  294  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.733558  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0768  ABC transporter related  36.63 
 
 
610 aa  294  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1525  ABC transporter related  33.39 
 
 
581 aa  294  4e-78  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.628149  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>