More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4398 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4398  response regulator receiver protein  100 
 
 		 127 aa  253  6e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.481257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6418  response regulator receiver protein  51.33 
 
 		 126 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2945  response regulator receiver domain-containing protein  43.7 
 
 		 124 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.161273  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1228  response regulator receiver domain-containing protein  47.9 
 
 		 124 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000969205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4041  response regulator receiver domain-containing protein  50.46 
 
 		 124 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0979956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1195  Two component sensor kinase/response regulator hybrid protein  44.07 
 
 		 130 aa  108  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0850  response regulator receiver protein  45.9 
 
 		 131 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.886181 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0771  response regulator receiver protein  46.15 
 
 		 130 aa  106  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1895  response regulator receiver  50.47 
 
 		 126 aa  105  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2510  response regulator receiver  42.74 
 
 		 124 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.294916 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4593  response regulator receiver protein  52.68 
 
 		 129 aa  103  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3363  response regulator receiver  44.17 
 
 		 126 aa  102  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0516  response regulator receiver protein  47.5 
 
 		 124 aa  103  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4112  response regulator receiver  52.68 
 
 		 128 aa  102  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576276  normal  0.834365 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4480  response regulator receiver protein  52.68 
 
 		 128 aa  102  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.361856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1475  response regulator receiver protein  45.95 
 
 		 124 aa  102  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.292646  normal  0.101486 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3796  response regulator receiver  45.69 
 
 		 124 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.787937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4537  response regulator receiver protein  48.15 
 
 		 125 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0095  response regulator receiver protein  49.53 
 
 		 123 aa  100  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.898425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1672  PAS sensor protein  43.59 
 
 		 695 aa  100  9e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1990  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.59 
 
 		 695 aa  100  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1668  response regulator receiver protein  46.34 
 
 		 131 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2931  response regulator receiver protein  40.52 
 
 		 122 aa  98.2  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3741  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 127 aa  98.2  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2670  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 122 aa  97.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4214  response regulator receiver protein  42.5 
 
 		 130 aa  97.1  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5645  response regulator receiver protein  45.05 
 
 		 182 aa  96.7  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.633042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0497  response regulator receiver domain-containing protein  45.54 
 
 		 125 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0614776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7425  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  48.57 
 
 		 133 aa  95.1  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0404716 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6937  response regulator receiver protein  50 
 
 		 133 aa  94.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0671376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9028  two component sensor kinase/response regulator hybrid  40.71 
 
 		 123 aa  93.6  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0328  response regulator receiver  41.51 
 
 		 147 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0634669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5228  response regulator receiver protein  39.32 
 
 		 135 aa  91.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0214459  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6442  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.11 
 
 		 688 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.381857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4814  response regulator receiver protein  36.8 
 
 		 127 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24379  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.37 
 
 		 589 aa  86.7  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0366  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.03 
 
 		 618 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.37 
 
 		 589 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2989  response regulator receiver protein  40.71 
 
 		 120 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.34 
 
 		 943 aa  85.1  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.68 
 
 		 943 aa  85.1  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2569  response regulator receiver protein  44.04 
 
 		 132 aa  83.6  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.929319 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 		 949 aa  83.6  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  38.52 
 
 		 949 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5396  response regulator receiver protein  45.1 
 
 		 132 aa  83.6  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.476573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.66 
 
 		 622 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.59 
 
 		 734 aa  82  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  39.66 
 
 		 622 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3211  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.32 
 
 		 696 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.7085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4811  response regulator receiver protein  41.82 
 
 		 140 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0691  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 128 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.852187  normal  0.378672 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.59 
 
 		 732 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 		 589 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 		 589 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 		 588 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.79 
 
 		 622 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4665  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 127 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5790  response regulator receiver protein  41.84 
 
 		 122 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0889979  normal  0.112489 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3969  response regulator  37.93 
 
 		 120 aa  78.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.48 
 
 		 927 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2794  response regulator receiver protein  45.1 
 
 		 125 aa  79.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.06 
 
 		 807 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.4 
 
 		 966 aa  79  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4170  response regulator receiver  40 
 
 		 120 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  38.76 
 
 		 611 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  39.66 
 
 		 1164 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  38.76 
 
 		 611 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4573  response regulator receiver  39.66 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.546072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.66 
 
 		 1164 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4539  response regulator receiver protein  40 
 
 		 120 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5033  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.649741  normal  0.0493927 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  38.76 
 
 		 611 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  38.76 
 
 		 611 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  38.76 
 
 		 611 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5091  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.947919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2634  response regulator receiver protein  39.64 
 
 		 135 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  normal  0.0480327 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4683  response regulator receiver protein  41.28 
 
 		 120 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.409248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  40.71 
 
 		 701 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.17 
 
 		 628 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2196  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40.78 
 
 		 705 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.908394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  38.76 
 
 		 611 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  39.5 
 
 		 531 aa  77  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2732  response regulator receiver protein  39.64 
 
 		 151 aa  77  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  37.8 
 
 		 490 aa  77.4  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2499  response regulator receiver protein  36.89 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3150  response regulator receiver  36.59 
 
 		 128 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 810 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 		 662 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  39.5 
 
 		 533 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3474  response regulator receiver protein  36.59 
 
 		 128 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  39.5 
 
 		 533 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  38.52 
 
 		 1036 aa  76.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3529  response regulator receiver domain-containing protein  38.32 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  41.67 
 
 		 829 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.44 
 
 		 1631 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5535  response regulator receiver protein  39.22 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.591914  decreased coverage  0.00892468 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 		 548 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 887 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3346  response regulator receiver protein  35.77 
 
 		 128 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.44 
 
 		 699 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>