More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3770 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3770  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 505 aa  1019    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2016  AMP-dependent synthetase and ligase  44.76 
 
 		 534 aa  389  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.279533 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 520 aa  231  2e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1244  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 		 502 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.248207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4602  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 503 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3872  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 502 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0626194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.46 
 
 		 530 aa  213  7.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 503 aa  213  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 		 516 aa  212  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  32.86 
 
 		 516 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 508 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.71 
 
 		 525 aa  210  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 508 aa  210  5e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  32.64 
 
 		 499 aa  209  1e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  31.4 
 
 		 508 aa  206  9e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 		 520 aa  206  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  32.84 
 
 		 520 aa  204  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  31.31 
 
 		 509 aa  204  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.13 
 
 		 526 aa  202  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.92 
 
 		 525 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  31.02 
 
 		 518 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.37 
 
 		 525 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1135  AMP-dependent synthetase and ligase  32.92 
 
 		 517 aa  198  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.755647  hitchhiker  0.000174804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.69 
 
 		 526 aa  197  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  32.65 
 
 		 501 aa  197  5.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  31.8 
 
 		 518 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 515 aa  196  7e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 		 525 aa  195  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  30.06 
 
 		 527 aa  195  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 505 aa  195  2e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  31.9 
 
 		 512 aa  194  3e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 507 aa  194  5e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  34.6 
 
 		 521 aa  193  6e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 512 aa  193  8e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  33.76 
 
 		 504 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  29.29 
 
 		 528 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  31.25 
 
 		 523 aa  192  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5258  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 505 aa  190  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.63 
 
 		 525 aa  191  4e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 526 aa  190  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 		 526 aa  189  8e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  30.57 
 
 		 544 aa  189  8e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.43 
 
 		 525 aa  189  8e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  31.47 
 
 		 1043 aa  189  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0047  AMP-dependent synthetase and ligase  31.51 
 
 		 517 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.22 
 
 		 519 aa  188  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1189  AMP-dependent synthetase and ligase  31.46 
 
 		 548 aa  187  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0367  AMP-dependent synthetase and ligase  31.69 
 
 		 513 aa  187  5e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.379931 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  32.02 
 
 		 532 aa  186  6e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  31.53 
 
 		 525 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  30.85 
 
 		 529 aa  186  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  30.83 
 
 		 519 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.6 
 
 		 529 aa  185  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  29.94 
 
 		 512 aa  184  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 		 620 aa  184  3e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.784497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  29.94 
 
 		 521 aa  184  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  31.82 
 
 		 503 aa  184  3e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1057  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 		 545 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  29.96 
 
 		 518 aa  183  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  31.47 
 
 		 501 aa  182  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.57 
 
 		 527 aa  181  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  30.92 
 
 		 504 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1557  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 544 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6272  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 544 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.417798  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  30.6 
 
 		 515 aa  179  9e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 		 520 aa  179  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.34 
 
 		 519 aa  179  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 518 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1704  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  29.69 
 
 		 532 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.49493  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  29.59 
 
 		 520 aa  177  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6761  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 		 544 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  29.64 
 
 		 518 aa  177  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  30.66 
 
 		 509 aa  176  6e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4073  AMP-dependent synthetase and ligase  30.71 
 
 		 535 aa  176  6e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0666092  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 		 507 aa  177  6e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3598  AMP-dependent synthetase and ligase  32.52 
 
 		 578 aa  176  6e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158457  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  30.68 
 
 		 536 aa  176  8e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.5 
 
 		 570 aa  176  8e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  29.02 
 
 		 525 aa  176  8e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 		 518 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  30.67 
 
 		 518 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  30.54 
 
 		 565 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.88 
 
 		 514 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  30.58 
 
 		 515 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  30.9 
 
 		 504 aa  175  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5806  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 562 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154251  normal  0.312131 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3282  thioester reductase domain-containing protein  30.63 
 
 		 2374 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  31.03 
 
 		 520 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  29.89 
 
 		 507 aa  174  5e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0737  AMP-dependent synthetase and ligase  31.29 
 
 		 522 aa  174  5e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188702  normal  0.517642 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5138  malonyl-CoA synthase  31.26 
 
 		 510 aa  173  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809655  normal  0.695279 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  30.46 
 
 		 515 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2879  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 		 862 aa  173  6.999999999999999e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  28.43 
 
 		 496 aa  173  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.77 
 
 		 524 aa  172  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  29.68 
 
 		 511 aa  172  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.83 
 
 		 556 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.83 
 
 		 556 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 		 517 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.83 
 
 		 556 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>