More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0047 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0047  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 517 aa  1059    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  49.1 
 
 		 516 aa  478  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  47.16 
 
 		 508 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  47.21 
 
 		 508 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  46.81 
 
 		 508 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  44.79 
 
 		 620 aa  401  9.999999999999999e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.784497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  39 
 
 		 499 aa  379  1e-104  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  40.91 
 
 		 503 aa  365  1e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  37.4 
 
 		 496 aa  362  7.0000000000000005e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  37.4 
 
 		 496 aa  360  5e-98  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  37.4 
 
 		 496 aa  360  5e-98  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  37 
 
 		 496 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  40.99 
 
 		 528 aa  356  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 527 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  40.48 
 
 		 505 aa  356  6.999999999999999e-97  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1034  AMP-dependent synthetase and ligase  39.6 
 
 		 512 aa  340  4e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0790536 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1704  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  40.16 
 
 		 532 aa  340  4e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.49493  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.88 
 
 		 529 aa  333  3e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  40.79 
 
 		 501 aa  332  1e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0311  AMP-dependent synthetase and ligase  40.87 
 
 		 501 aa  331  2e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0140314 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  39.13 
 
 		 509 aa  331  2e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.27 
 
 		 517 aa  327  3e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.27 
 
 		 517 aa  327  3e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.27 
 
 		 517 aa  327  3e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5453  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 		 554 aa  327  4.0000000000000003e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.400076 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1135  AMP-dependent synthetase and ligase  38.57 
 
 		 517 aa  324  3e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.755647  hitchhiker  0.000174804 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  39.34 
 
 		 518 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  38.26 
 
 		 520 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 		 515 aa  320  6e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 		 512 aa  318  1e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0367  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 513 aa  315  9.999999999999999e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.379931 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04628  acyl-CoA synthetase  39.08 
 
 		 490 aa  310  4e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  36.01 
 
 		 504 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  37.2 
 
 		 1043 aa  295  1e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 		 662 aa  293  6e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 		 519 aa  290  3e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2524  AMP-dependent synthetase and ligase  37.01 
 
 		 520 aa  290  6e-77  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.82155 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  37.53 
 
 		 503 aa  289  9e-77  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 481 aa  286  4e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.61 
 
 		 524 aa  286  5e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1016  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 		 507 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745502 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  36.89 
 
 		 526 aa  283  5.000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.56 
 
 		 514 aa  283  7.000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1920  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.31 
 
 		 510 aa  282  8.000000000000001e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 		 511 aa  282  9e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 		 520 aa  281  2e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  36.42 
 
 		 513 aa  281  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.93 
 
 		 482 aa  280  4e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.77 
 
 		 526 aa  280  5e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2796  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.25 
 
 		 492 aa  280  6e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00173359  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34 
 
 		 482 aa  278  1e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.5 
 
 		 530 aa  278  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.04 
 
 		 525 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 481 aa  278  2e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  34.31 
 
 		 522 aa  278  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.37 
 
 		 520 aa  278  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 481 aa  277  3e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 482 aa  277  3e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.43 
 
 		 525 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 482 aa  277  3e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.6 
 
 		 482 aa  276  5e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.73 
 
 		 482 aa  276  9e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  37.28 
 
 		 525 aa  276  9e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  35.8 
 
 		 490 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4993  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 481 aa  274  3e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.14 
 
 		 486 aa  274  3e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 520 aa  274  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  37.65 
 
 		 491 aa  272  1e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0961293 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 		 509 aa  271  2e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  34.74 
 
 		 523 aa  271  2.9999999999999997e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 510 aa  270  4e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 		 525 aa  270  5e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 530 aa  270  5.9999999999999995e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 		 509 aa  270  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 		 510 aa  269  8.999999999999999e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 		 510 aa  269  8.999999999999999e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 		 510 aa  269  8.999999999999999e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 		 510 aa  269  1e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.31 
 
 		 525 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.94 
 
 		 510 aa  268  2e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 		 516 aa  268  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.94 
 
 		 510 aa  267  4e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.82 
 
 		 510 aa  267  4e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.61 
 
 		 512 aa  266  5e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  36.9 
 
 		 519 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 		 511 aa  266  5e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.75 
 
 		 510 aa  266  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  32.59 
 
 		 527 aa  266  5.999999999999999e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 		 510 aa  266  7e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  32.71 
 
 		 521 aa  266  8.999999999999999e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  36.79 
 
 		 520 aa  265  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2327  AMP-dependent synthetase and ligase  35.45 
 
 		 496 aa  264  2e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.940747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.77 
 
 		 526 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.8 
 
 		 518 aa  265  2e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  33.92 
 
 		 516 aa  265  2e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 520 aa  264  3e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  35.16 
 
 		 515 aa  264  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 544 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.54 
 
 		 481 aa  263  4.999999999999999e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  33.8 
 
 		 530 aa  263  6e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>