More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1016 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1016  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 507 aa  1044    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745502 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1034  AMP-dependent synthetase and ligase  42.5 
 
 		 512 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0790536 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  40.4 
 
 		 516 aa  349  9e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  40.2 
 
 		 508 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 		 508 aa  326  5e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  38.84 
 
 		 508 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  37.05 
 
 		 499 aa  295  1e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  37.62 
 
 		 505 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  39.2 
 
 		 620 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.784497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 527 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 		 528 aa  274  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04628  acyl-CoA synthetase  34.07 
 
 		 490 aa  270  4e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1135  AMP-dependent synthetase and ligase  34.65 
 
 		 517 aa  269  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.755647  hitchhiker  0.000174804 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  37.68 
 
 		 501 aa  269  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0311  AMP-dependent synthetase and ligase  36.82 
 
 		 501 aa  267  4e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0140314 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0047  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 		 517 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.05 
 
 		 503 aa  261  2e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  35.29 
 
 		 516 aa  260  5.0000000000000005e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.68 
 
 		 529 aa  256  8e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  35.59 
 
 		 515 aa  255  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 520 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  35.17 
 
 		 525 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1704  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  34.18 
 
 		 532 aa  249  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.49493  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 512 aa  247  4e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  34.65 
 
 		 1043 aa  243  5e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.79 
 
 		 579 aa  243  9e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.69 
 
 		 556 aa  239  8e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.69 
 
 		 556 aa  239  8e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.69 
 
 		 556 aa  239  9e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  34.38 
 
 		 491 aa  238  1e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0961293 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 520 aa  239  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.65 
 
 		 570 aa  237  4e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 509 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 514 aa  236  6e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2327  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 496 aa  236  8e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.940747  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 527 aa  235  1.0000000000000001e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  30.71 
 
 		 496 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  30.51 
 
 		 496 aa  232  1e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  31.46 
 
 		 515 aa  232  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 524 aa  232  1e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 		 518 aa  231  2e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  33.98 
 
 		 556 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  34.17 
 
 		 533 aa  231  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  31.05 
 
 		 496 aa  230  4e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 509 aa  230  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0367  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 513 aa  230  4e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.379931 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  31.05 
 
 		 496 aa  230  4e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2524  AMP-dependent synthetase and ligase  32.75 
 
 		 520 aa  229  7e-59  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.82155 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0135  AMP-dependent synthetase and ligase  31.31 
 
 		 533 aa  229  8e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  32.7 
 
 		 518 aa  229  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 523 aa  229  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  34.15 
 
 		 545 aa  228  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6078  acyl-CoA synthetase  32.79 
 
 		 542 aa  227  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 		 511 aa  227  3e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 509 aa  226  7e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  33.99 
 
 		 504 aa  226  9e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 518 aa  225  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 		 515 aa  225  2e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 		 515 aa  225  2e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  31.86 
 
 		 549 aa  224  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10167  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.85 
 
 		 554 aa  223  6e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  34.67 
 
 		 564 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.54 
 
 		 486 aa  222  1.9999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 		 520 aa  219  6e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  34.17 
 
 		 529 aa  219  7e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0737  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 		 522 aa  219  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188702  normal  0.517642 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.08 
 
 		 512 aa  219  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.08 
 
 		 521 aa  218  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  32.4 
 
 		 520 aa  219  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  34.79 
 
 		 520 aa  219  1e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  32.12 
 
 		 520 aa  218  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3408  malonyl-CoA synthase  33.33 
 
 		 504 aa  218  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  33.98 
 
 		 545 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 534 aa  216  7e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  31.47 
 
 		 525 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 518 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  34.87 
 
 		 521 aa  216  9.999999999999999e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  33.27 
 
 		 513 aa  215  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  33.68 
 
 		 507 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.66 
 
 		 517 aa  213  7.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.66 
 
 		 517 aa  213  7.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.66 
 
 		 517 aa  213  7.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 512 aa  212  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.18 
 
 		 514 aa  213  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 518 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  34.89 
 
 		 502 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  32.48 
 
 		 501 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19550  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.86 
 
 		 533 aa  212  2e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.58 
 
 		 526 aa  211  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5453  AMP-dependent synthetase and ligase  38.69 
 
 		 554 aa  211  3e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.400076 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 		 540 aa  211  3e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 		 509 aa  211  3e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6334  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 533 aa  210  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  34.18 
 
 		 532 aa  210  5e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4202  acyl-CoA synthetase  35.06 
 
 		 534 aa  210  5e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.269622  hitchhiker  0.00584314 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 526 aa  210  5e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  31.59 
 
 		 532 aa  210  6e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  32.81 
 
 		 537 aa  209  6e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  32.81 
 
 		 537 aa  209  6e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  32.81 
 
 		 537 aa  209  6e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>