More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1034 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1034  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
512 aa  1036    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0790536 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1016  AMP-dependent synthetase and ligase  42.5 
 
 
507 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0745502 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  41.54 
 
 
516 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  40.6 
 
 
508 aa  354  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  40.16 
 
 
508 aa  353  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  39.24 
 
 
508 aa  343  5e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0047  AMP-dependent synthetase and ligase  39.6 
 
 
517 aa  316  7e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1135  AMP-dependent synthetase and ligase  38.04 
 
 
517 aa  290  5.0000000000000004e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.755647  hitchhiker  0.000174804 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  36.63 
 
 
620 aa  286  8e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.784497  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  35.91 
 
 
527 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  36.51 
 
 
528 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 
505 aa  278  1e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
499 aa  273  5.000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04628  acyl-CoA synthetase  36.51 
 
 
490 aa  273  6e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  36.13 
 
 
503 aa  269  7e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.52 
 
 
529 aa  268  1e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1704  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  35.34 
 
 
532 aa  266  8.999999999999999e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.49493  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  36.86 
 
 
501 aa  264  2e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  36.19 
 
 
515 aa  251  2e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 
509 aa  251  3e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0311  AMP-dependent synthetase and ligase  35.53 
 
 
501 aa  246  8e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0140314 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 
512 aa  246  9e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 
518 aa  239  5.999999999999999e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 
520 aa  239  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0367  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 
513 aa  237  4e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.379931 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 
520 aa  237  4e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1578  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 
528 aa  234  3e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.24195  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  30.4 
 
 
496 aa  233  8.000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  30.4 
 
 
496 aa  233  8.000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  30.4 
 
 
496 aa  232  1e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.97 
 
 
486 aa  232  1e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  30.2 
 
 
496 aa  232  1e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
517 aa  229  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  31.77 
 
 
516 aa  227  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  34.24 
 
 
509 aa  224  3e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 
1043 aa  224  3e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 
534 aa  224  4e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3129  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 
534 aa  223  9e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  33.68 
 
 
532 aa  222  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 
526 aa  221  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  31.12 
 
 
515 aa  222  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1080  malonyl-CoA synthase  31.07 
 
 
519 aa  220  5e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.261639  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5453  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 
554 aa  219  8.999999999999998e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.400076 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  32.09 
 
 
518 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  32.94 
 
 
529 aa  219  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  32.02 
 
 
518 aa  217  4e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  31.88 
 
 
511 aa  217  4e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 
514 aa  216  7e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2771  malonyl-CoA synthase  31.03 
 
 
536 aa  216  7e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.594073  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.62 
 
 
519 aa  216  7e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0996  malonyl-CoA synthase  31.48 
 
 
519 aa  216  9e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  34.31 
 
 
491 aa  216  9.999999999999999e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0961293 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  29.94 
 
 
506 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 
519 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.49 
 
 
517 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.49 
 
 
517 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.49 
 
 
517 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 
534 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  32.34 
 
 
516 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  32.42 
 
 
527 aa  213  4.9999999999999996e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.02 
 
 
579 aa  212  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 
518 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  32.59 
 
 
522 aa  212  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  33.61 
 
 
509 aa  212  1e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  32.27 
 
 
502 aa  212  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  30.55 
 
 
556 aa  211  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  32.52 
 
 
525 aa  212  2e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2492  malonyl-CoA synthase  32.64 
 
 
504 aa  211  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318474  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.62 
 
 
526 aa  212  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.8 
 
 
525 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 
518 aa  211  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  31.76 
 
 
515 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.76 
 
 
570 aa  211  3e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 
501 aa  211  4e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  31.61 
 
 
545 aa  210  5e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2524  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 
520 aa  209  7e-53  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.82155 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.98 
 
 
525 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1719  malonyl-CoA synthase  32.06 
 
 
503 aa  209  7e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.982236 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 
515 aa  209  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  31.57 
 
 
565 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 
531 aa  207  3e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  30.74 
 
 
549 aa  207  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 
517 aa  207  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2709  AMP-dependent synthetase and ligase  33.61 
 
 
531 aa  206  6e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0786644  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  30.78 
 
 
545 aa  206  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  32.34 
 
 
523 aa  206  7e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3408  malonyl-CoA synthase  31.73 
 
 
504 aa  206  7e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1515  malonyl-CoA synthase  30.47 
 
 
539 aa  206  7e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.624521  normal  0.177064 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.6 
 
 
525 aa  206  8e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0119  AMP-dependent synthetase and ligase  31.86 
 
 
506 aa  206  9e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.976048  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.12 
 
 
530 aa  206  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2327  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 
496 aa  205  1e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.940747  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  29.79 
 
 
530 aa  205  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 
525 aa  204  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3834  malonyl-CoA synthase  32.51 
 
 
504 aa  205  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.610168  normal  0.151644 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 
520 aa  205  2e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 
520 aa  204  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0135  AMP-dependent synthetase and ligase  32.17 
 
 
533 aa  204  4e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 
492 aa  203  5e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  30.33 
 
 
509 aa  203  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>