More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3872 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  83.47 
 
 		 503 aa  869    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1244  AMP-dependent synthetase and ligase  88.25 
 
 		 502 aa  916    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.248207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4602  AMP-dependent synthetase and ligase  74.5 
 
 		 503 aa  757    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3872  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 502 aa  1017    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0626194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5258  AMP-dependent synthetase and ligase  53.54 
 
 		 505 aa  505  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 520 aa  288  2e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 525 aa  286  7e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 509 aa  280  5e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 		 520 aa  272  1e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 		 526 aa  272  1e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 523 aa  270  4e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  35.17 
 
 		 518 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 		 516 aa  267  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  33.92 
 
 		 517 aa  263  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4107  AMP-dependent synthetase and ligase  34.25 
 
 		 519 aa  261  2e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.31 
 
 		 520 aa  261  2e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 519 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 525 aa  260  3e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 532 aa  258  2e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 518 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 505 aa  258  2e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 		 502 aa  258  2e-67  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 531 aa  256  5e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  31.76 
 
 		 530 aa  256  8e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 		 509 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 499 aa  254  3e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 532 aa  253  4.0000000000000004e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  31.65 
 
 		 528 aa  253  6e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 518 aa  253  8.000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0367  AMP-dependent synthetase and ligase  34.35 
 
 		 513 aa  251  2e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.379931 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 515 aa  251  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.49 
 
 		 525 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  32.18 
 
 		 496 aa  250  4e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.98 
 
 		 525 aa  249  7e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 		 553 aa  249  9e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 1043 aa  249  1e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  31.13 
 
 		 525 aa  248  2e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 508 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.55 
 
 		 525 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 508 aa  248  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2016  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 		 534 aa  247  3e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.279533 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  32.38 
 
 		 496 aa  247  4e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  32.38 
 
 		 496 aa  247  4e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.86 
 
 		 503 aa  246  4.9999999999999997e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.5 
 
 		 530 aa  246  6.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  31.65 
 
 		 514 aa  246  8e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.11 
 
 		 526 aa  244  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 517 aa  244  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 518 aa  244  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.55 
 
 		 525 aa  244  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.9 
 
 		 514 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.33 
 
 		 529 aa  243  5e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  30.83 
 
 		 496 aa  243  6e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.6 
 
 		 512 aa  243  7.999999999999999e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 518 aa  243  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.27 
 
 		 512 aa  242  1e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  32.47 
 
 		 521 aa  242  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 527 aa  241  2e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.43 
 
 		 526 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 		 515 aa  241  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 		 515 aa  241  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 508 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.58 
 
 		 525 aa  240  4e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 514 aa  240  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1261  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 		 546 aa  239  8e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0532703  hitchhiker  0.000000308481 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 551 aa  239  8e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 512 aa  239  9e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 517 aa  239  9e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.58 
 
 		 520 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3129  AMP-dependent synthetase and ligase  32.08 
 
 		 534 aa  238  2e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 		 524 aa  237  4e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  32.21 
 
 		 662 aa  236  6e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5356  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 523 aa  236  8e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2882  acyl-CoA synthetase  32.95 
 
 		 557 aa  236  8e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 		 520 aa  236  9e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  32.6 
 
 		 537 aa  236  9e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  32.6 
 
 		 537 aa  236  9e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  32.6 
 
 		 537 aa  236  9e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10167  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.66 
 
 		 554 aa  235  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  34.58 
 
 		 551 aa  235  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 516 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 530 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2879  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 862 aa  234  2.0000000000000002e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 530 aa  234  3e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  32.54 
 
 		 534 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 502 aa  233  5e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  32.79 
 
 		 518 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.36 
 
 		 526 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 		 502 aa  232  1e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  30.53 
 
 		 531 aa  232  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 		 584 aa  232  1e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  31.8 
 
 		 518 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  32.62 
 
 		 556 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 514 aa  231  2e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 552 aa  231  3e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 556 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 556 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.81 
 
 		 579 aa  231  3e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 556 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 501 aa  230  4e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>