More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_34040 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  100 
 
 
128 aa  255  2e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  77.34 
 
 
131 aa  208  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  66.42 
 
 
138 aa  185  2e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  67.97 
 
 
129 aa  179  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.7 
 
 
136 aa  178  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.7 
 
 
136 aa  177  5.999999999999999e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  61.59 
 
 
139 aa  175  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  63.24 
 
 
155 aa  174  3e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  63.78 
 
 
128 aa  173  7e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.78 
 
 
128 aa  172  9.999999999999999e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.22 
 
 
136 aa  171  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.22 
 
 
136 aa  171  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.48 
 
 
147 aa  169  1e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.28 
 
 
129 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.85 
 
 
144 aa  157  4e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
135 aa  151  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  58.27 
 
 
127 aa  152  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  53.54 
 
 
127 aa  149  1e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.31 
 
 
131 aa  148  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.48 
 
 
127 aa  147  5e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.82 
 
 
132 aa  146  9e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.3 
 
 
132 aa  146  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.12 
 
 
152 aa  144  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  54.33 
 
 
127 aa  144  4.0000000000000006e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  56.69 
 
 
127 aa  142  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  56.49 
 
 
131 aa  140  8e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  52.76 
 
 
127 aa  139  9e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  51.18 
 
 
127 aa  138  1.9999999999999998e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.18 
 
 
127 aa  136  7.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  50.38 
 
 
131 aa  135  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  50.39 
 
 
127 aa  135  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  50 
 
 
128 aa  134  4e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.67 
 
 
131 aa  134  6.0000000000000005e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  51.97 
 
 
133 aa  133  7.000000000000001e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  52.76 
 
 
127 aa  131  3e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  45.67 
 
 
129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.27 
 
 
131 aa  124  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  43.31 
 
 
129 aa  120  9e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
66 aa  78.6  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
66 aa  79  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
66 aa  75.1  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
66 aa  75.1  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
66 aa  75.1  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
66 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.21 
 
 
66 aa  74.3  0.0000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  53.97 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  53.97 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  53.97 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  53.97 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  53.97 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  53.97 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  53.97 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  53.97 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.47 
 
 
92 aa  73.2  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  53.97 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
67 aa  72  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 
67 aa  72.8  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  56.72 
 
 
67 aa  72.8  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  53.73 
 
 
67 aa  71.6  0.000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
67 aa  71.6  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2223  cold-shock DNA-binding protein family  56.67 
 
 
65 aa  71.2  0.000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000339527  decreased coverage  1.60158e-22 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  48.44 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  48.44 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
83 aa  70.5  0.000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
65 aa  70.5  0.000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  49.23 
 
 
70 aa  70.5  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
66 aa  70.1  0.000000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
67 aa  70.1  0.000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.46 
 
 
65 aa  69.7  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
70 aa  69.7  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 
65 aa  69.7  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
65 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0972  CSD family cold shock protein  50.79 
 
 
77 aa  68.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 
65 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  53.33 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  53.33 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.77 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>