More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0041 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  96.36 
 
 
357 aa  724    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
357 aa  747    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0865438  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0259  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.54 
 
 
357 aa  535  1e-151  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.86 
 
 
355 aa  473  1e-132  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.47 
 
 
354 aa  447  1e-125  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.61197  normal  0.556859 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.49 
 
 
353 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00659255 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.08 
 
 
354 aa  426  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.261657  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2871  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.4 
 
 
352 aa  424  1e-117  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0630235 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.11 
 
 
360 aa  420  1e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.41 
 
 
357 aa  409  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.41 
 
 
357 aa  409  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.154298  normal  0.138657 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.13 
 
 
357 aa  406  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.798779 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3530  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.01 
 
 
358 aa  396  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.57 
 
 
353 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.12 
 
 
358 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.707519  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.58 
 
 
354 aa  343  2e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.59 
 
 
369 aa  219  7.999999999999999e-56  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2951  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.52 
 
 
341 aa  160  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0519478  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.57 
 
 
367 aa  149  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.4 
 
 
341 aa  140  3e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.37 
 
 
351 aa  136  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.18 
 
 
367 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.18 
 
 
368 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.12 
 
 
373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
339 aa  134  3e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
680 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
352 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 
339 aa  125  8.000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
352 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
669 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.18 
 
 
363 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
672 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
352 aa  122  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  28.89 
 
 
338 aa  122  7e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
672 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.27 
 
 
355 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
363 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
339 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.12 
 
 
364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
354 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  29.33 
 
 
338 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 
363 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.15 
 
 
355 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
353 aa  112  8.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
345 aa  110  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
342 aa  110  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
369 aa  109  8.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.35 
 
 
685 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
352 aa  98.2  2e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.31 
 
 
353 aa  98.6  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.78 
 
 
684 aa  97.4  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.84 
 
 
355 aa  95.9  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.17 
 
 
355 aa  95.5  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0680968 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.89 
 
 
313 aa  94  3e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4279  UDP-galactose 4-epimerase  26.63 
 
 
333 aa  88.6  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.277879  normal  0.0248708 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.47 
 
 
323 aa  87.4  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0537  UDP-glucose 4-epimerase  27.48 
 
 
328 aa  87  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3990  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
355 aa  86.7  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1471  nucleotide sugar epimerase  26.11 
 
 
323 aa  86.3  9e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2084  UDP-glucose 4-epimerase  27.48 
 
 
328 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0212461  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.16 
 
 
337 aa  82.8  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000169098 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1681  putative nucleotide sugar epimerase  25.33 
 
 
348 aa  82  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.174267  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
288 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03951  putative nucleotide sugar epimerase  24.92 
 
 
348 aa  82  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.658541  normal  0.0862143 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
333 aa  81.6  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1352  UDP-glucose 4-epimerase  25.66 
 
 
329 aa  80.9  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0307  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.54 
 
 
339 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4436  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.8 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0707  nucleotide sugar epimerase  22.32 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.15214  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3899  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.34 
 
 
329 aa  80.5  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4071  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
336 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0418526  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.94 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.68 
 
 
324 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.35 
 
 
327 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.547312 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  25.72 
 
 
302 aa  79.3  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1863  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
341 aa  79  0.0000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0199822 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4242  UDP-glucose 4-epimerase  25.92 
 
 
332 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
303 aa  78.6  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0304  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.66 
 
 
345 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.92366  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.73 
 
 
309 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.73 
 
 
309 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  29.19 
 
 
332 aa  77.8  0.0000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.73 
 
 
322 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.8 
 
 
323 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.13 
 
 
310 aa  77  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.73 
 
 
322 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  25.78 
 
 
356 aa  77  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.05 
 
 
318 aa  76.6  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00445777 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0182  UDP-glucose 4-epimerase  24.61 
 
 
342 aa  76.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4686  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  23.98 
 
 
335 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.94 
 
 
322 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.66 
 
 
322 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.94 
 
 
322 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  25.34 
 
 
359 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.94 
 
 
322 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
308 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3365  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.83 
 
 
335 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0186  UDP-galactose 4-epimerase  26.04 
 
 
354 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.347724  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>