71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0936 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0936  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 388 aa  805    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0983  TPR repeat-containing protein  79.1 
 
 		 402 aa  632  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.145285 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0836  TPR repeat-containing protein  62.3 
 
 		 403 aa  500  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0293971  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0849  TPR repeat-containing protein  64.12 
 
 		 393 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00820886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3529  TPR repeat-containing protein  56 
 
 		 395 aa  449  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0626  TPR repeat-containing protein  54.95 
 
 		 406 aa  451  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.13673  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0594  TPR repeat-containing protein  56.27 
 
 		 395 aa  448  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.212365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3359  TPR repeat-containing protein  56.27 
 
 		 395 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.811599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0800  TPR repeat-containing protein  53.33 
 
 		 397 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.014788  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3647  Tetratricopeptide domain protein  53.59 
 
 		 397 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000857085  hitchhiker  0.00481631 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3705  TPR repeat-containing protein  53.33 
 
 		 397 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000033956  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0757  TPR domain-containing protein  53.75 
 
 		 395 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3829  TPR repeat-containing protein  53.33 
 
 		 397 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2902  tetratricopeptide TPR_2  52.41 
 
 		 376 aa  421  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.449948  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0653  TPR domain-containing protein  52.96 
 
 		 386 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0530  tetratricopeptide TPR_2  32.37 
 
 		 392 aa  193  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2703  TPR domain-containing protein  33.33 
 
 		 394 aa  186  6e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00726  TPR domain protein  30.05 
 
 		 385 aa  176  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2760  TPR repeat-containing protein  30.17 
 
 		 392 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.258861  normal  0.160346 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1794  TPR repeat-containing protein  27.91 
 
 		 416 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1879  TPR repeat-containing protein  26.22 
 
 		 388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684701 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1815  TPR repeat-containing protein  27.34 
 
 		 380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1445  hypothetical protein  25.32 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000257118  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4983  TPR domain-containing protein  28.15 
 
 		 278 aa  123  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2935  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.17 
 
 		 383 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0474976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2168  hypothetical protein  29.31 
 
 		 399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4120  TPR repeat-containing protein  25.59 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.132007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  26.76 
 
 		 810 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  27.12 
 
 		 878 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0099  TPR repeat-containing protein  26.44 
 
 		 243 aa  53.5  0.000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  32.2 
 
 		 827 aa  50.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1767  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  24.36 
 
 		 882 aa  49.3  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  28.15 
 
 		 685 aa  49.3  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2480  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  24.36 
 
 		 882 aa  48.9  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  25.16 
 
 		 816 aa  48.1  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2321  TPR repeat-containing protein  24.27 
 
 		 750 aa  48.5  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2630  Sel1 domain protein repeat-containing protein  27.27 
 
 		 416 aa  48.5  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0395405 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  27.85 
 
 		 3145 aa  47.8  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4362  tetratricopeptide TPR_2  30.97 
 
 		 725 aa  47.4  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.714509 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.38 
 
 		 632 aa  47.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1660  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.54 
 
 		 370 aa  47.4  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15741  hypothetical protein  29.2 
 
 		 514 aa  47.4  0.0005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  36.49 
 
 		 795 aa  47  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2439  TPR repeat-containing protein  24.06 
 
 		 448 aa  47  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0207467  normal  0.980065 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  26.77 
 
 		 267 aa  46.6  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  25.95 
 
 		 505 aa  46.6  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1518  TPR repeat-containing protein  26.34 
 
 		 375 aa  46.2  0.0009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.946116  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3466  TPR repeat-containing protein  21.12 
 
 		 374 aa  45.8  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1804  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.79 
 
 		 1186 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0617  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.34 
 
 		 579 aa  45.8  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  23.77 
 
 		 725 aa  45.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2476  TPR domain-containing protein  33.33 
 
 		 566 aa  45.1  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.834275  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1366  hypothetical protein  31.53 
 
 		 825 aa  45.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  23.26 
 
 		 739 aa  44.7  0.003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2985  sulfotransferase  31.58 
 
 		 1077 aa  44.3  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0299  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 		 188 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  24.54 
 
 		 246 aa  44.3  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1188  peptidase S41  31 
 
 		 897 aa  43.9  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.130898  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  23.26 
 
 		 909 aa  44.3  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3303  tetratricopeptide domain-containing protein  29.85 
 
 		 1098 aa  44.3  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  24.46 
 
 		 718 aa  44.3  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2707  kinesin light chain  31.21 
 
 		 311 aa  44.3  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1902  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 		 188 aa  44.3  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.909537  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1102  tetratricopeptide TPR_2  27.44 
 
 		 1507 aa  43.9  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4945  TPR repeat-containing protein  32.88 
 
 		 750 aa  43.9  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1759  TPR repeat-containing protein  29.47 
 
 		 207 aa  43.9  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0551  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 		 188 aa  43.5  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7095  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.14 
 
 		 354 aa  43.5  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.524118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0384  TPR repeat-containing protein  21.56 
 
 		 279 aa  43.5  0.007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.890218  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  22.4 
 
 		 750 aa  43.1  0.009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3088  transcriptional regulator, CadC  25.47 
 
 		 574 aa  42.7  0.01  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>