More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2503 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  658    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  58.61 
 
 		 307 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  58.61 
 
 		 307 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  58.61 
 
 		 307 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  58.61 
 
 		 307 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  58.61 
 
 		 307 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  56.29 
 
 		 307 aa  342  4e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  54.29 
 
 		 339 aa  341  8e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  54.97 
 
 		 307 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  54.64 
 
 		 307 aa  335  5e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  54.64 
 
 		 307 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  54.64 
 
 		 307 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  54.64 
 
 		 307 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 307 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 307 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 307 aa  335  7e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 314 aa  270  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 314 aa  271  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  49.49 
 
 		 319 aa  265  5e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 317 aa  243  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.72 
 
 		 325 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4463  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 317 aa  223  4e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  42.67 
 
 		 327 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 337 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 328 aa  215  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 369 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  41.22 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  41.22 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  41.22 
 
 		 334 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  41.22 
 
 		 334 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  41.22 
 
 		 334 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 333 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4062  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 328 aa  206  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4175  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 328 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  normal  0.0617168 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3342  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 328 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 330 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4192  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 328 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3582  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 328 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.591894 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  41.13 
 
 		 454 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 310 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  34.92 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  41.16 
 
 		 310 aa  190  4e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  34.92 
 
 		 302 aa  190  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 321 aa  185  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  39.77 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0626  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 316 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  34 
 
 		 309 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 312 aa  165  9e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01890  transcriptional regulator PcaQ  40.34 
 
 		 275 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.536002  normal  0.885717 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  36.6 
 
 		 284 aa  162  8.000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 306 aa  152  8e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 351 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 333 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 325 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 335 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 397 aa  118  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 321 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 320 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.39 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.39 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.39 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  27.39 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.39 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.39 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 406 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 317 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.06 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.06 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.6 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 481 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 404 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 397 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 397 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>