More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4059 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4059  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  427  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.111025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  37.86 
 
 		 217 aa  144  8.000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0657  two component LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 209 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000493749  normal  0.229808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3365  two component LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 209 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000651556  normal  0.0242167 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0656  two component LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 209 aa  144  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000830399  normal  0.140804 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3982  DNA-binding nitrate/nitrite response regulator  36.54 
 
 		 209 aa  143  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3836  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 209 aa  141  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000136397  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0792  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 209 aa  141  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000151034  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3713  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 209 aa  141  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000161759  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3654  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 209 aa  141  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000464283  hitchhiker  0.00000781977 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 209 aa  141  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 209 aa  138  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  34.98 
 
 		 209 aa  138  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 213 aa  138  4.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.16 
 
 		 231 aa  138  4.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0620  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  36.49 
 
 		 209 aa  138  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000275655  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0646  response regulator receiver protein  37.14 
 
 		 209 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0492071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  34.98 
 
 		 209 aa  137  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  36.71 
 
 		 221 aa  136  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 219 aa  136  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 208 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0683  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 209 aa  135  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000388278  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0970  two component LuxR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 209 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0307407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3231  two component LuxR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 209 aa  134  9e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.229823  normal  0.0283688 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  37.13 
 
 		 215 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  37.13 
 
 		 215 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2711  transcriptional regulator NarP  36.95 
 
 		 210 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.281479  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  37.13 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  37.13 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 209 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  37.13 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 227 aa  132  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  37.13 
 
 		 219 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 219 aa  131  6e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2406  transcriptional regulator NarP  36.45 
 
 		 210 aa  131  6.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0929  two component LuxR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 209 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000567962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 210 aa  131  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  37.13 
 
 		 219 aa  131  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1929  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.61 
 
 		 209 aa  129  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 216 aa  129  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0621  two component LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 212 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0851  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 		 232 aa  128  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1236  two component LuxR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 208 aa  128  8.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.23752  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5018  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.56 
 
 		 209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.85 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  35.92 
 
 		 215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  35.92 
 
 		 215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  35.92 
 
 		 215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  35.92 
 
 		 215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  34.45 
 
 		 209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  35.92 
 
 		 215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  35.92 
 
 		 215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  35.92 
 
 		 215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  35.92 
 
 		 215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3372  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 212 aa  126  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383896 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  37.07 
 
 		 214 aa  126  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 218 aa  125  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.87 
 
 		 211 aa  125  6e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0377209  hitchhiker  0.00104431 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0613  nitrate/nitrite response regulator NarP  37.07 
 
 		 208 aa  124  7e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2370  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  31.07 
 
 		 203 aa  124  8.000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 207 aa  124  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.68 
 
 		 235 aa  124  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1399  transcriptional regulator NarL  35.75 
 
 		 219 aa  124  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0261138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.17 
 
 		 209 aa  123  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 207 aa  123  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.44 
 
 		 215 aa  123  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1109  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.06 
 
 		 218 aa  123  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1984  two component LuxR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 220 aa  122  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.178457  normal  0.123783 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  33.5 
 
 		 214 aa  122  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 212 aa  122  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_002936  DET1063  LuxR family DNA-binding response regulator  33.99 
 
 		 232 aa  121  7e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.815436  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0855  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.56 
 
 		 223 aa  121  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.082304  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1388  transcriptional regulator NarL  42.39 
 
 		 216 aa  121  7e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 222 aa  121  7e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1125  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.45 
 
 		 229 aa  121  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.306134 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01199  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarX (or NarQ)  42.39 
 
 		 216 aa  121  8e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2425  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.39 
 
 		 216 aa  121  8e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00984481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01209  hypothetical protein  42.39 
 
 		 216 aa  121  8e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1330  transcriptional regulator NarL  42.39 
 
 		 216 aa  121  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.724195  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1919  transcriptional regulator NarL  42.39 
 
 		 216 aa  121  8e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.11445 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2402  transcriptional regulator NarL  42.39 
 
 		 216 aa  121  8e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000198441 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1704  transcriptional regulator NarL  42.39 
 
 		 216 aa  121  8e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.276657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1284  two component LuxR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 209 aa  121  8e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1371  transcriptional regulator NarL  42.39 
 
 		 216 aa  121  8e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.213666  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4254  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.93 
 
 		 225 aa  121  9e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.867992  normal  0.287586 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  31.03 
 
 		 219 aa  120  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2246  two component LuxR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 214 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0703025  hitchhiker  0.00413313 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2443  two component LuxR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 215 aa  120  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3185  two component LuxR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 223 aa  120  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.704721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  37.14 
 
 		 215 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_934  DNA-binding response regulator, LuxR family  33.5 
 
 		 232 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.717523  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 232 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2340  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.02 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.273151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1346  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.78 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.361751  hitchhiker  0.00000337078 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.99 
 
 		 226 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2233  LuxR response regulator receiver  34.78 
 
 		 228 aa  119  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  35.98 
 
 		 217 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 217 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1903  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.18 
 
 		 225 aa  118  4.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.202425  normal  0.182857 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>