More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2436 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012858  Rleg_6643  extracellular solute-binding protein family 5  86.19 
 
 
514 aa  931    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2436  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
514 aa  1058    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  48.16 
 
 
517 aa  498  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4726  extracellular solute-binding protein  46.59 
 
 
529 aa  488  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5947  extracellular solute-binding protein family 5  46.83 
 
 
521 aa  481  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.281116  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 
508 aa  190  5.999999999999999e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  30.2 
 
 
508 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.27 
 
 
510 aa  178  2e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 
508 aa  176  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.93 
 
 
518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 
518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  28.95 
 
 
502 aa  159  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  27.81 
 
 
517 aa  157  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 
503 aa  156  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  28.31 
 
 
544 aa  155  2e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.22 
 
 
503 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 
512 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 
512 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 
512 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  27.63 
 
 
546 aa  153  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  27.21 
 
 
505 aa  152  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  28.8 
 
 
520 aa  151  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
493 aa  151  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  26.77 
 
 
504 aa  150  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  27.21 
 
 
509 aa  149  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  27.51 
 
 
522 aa  149  9e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 
522 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  28.19 
 
 
557 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  25.15 
 
 
551 aa  149  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 
515 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  27.2 
 
 
544 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  31.38 
 
 
501 aa  148  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.01 
 
 
508 aa  147  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  28.45 
 
 
520 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  28.48 
 
 
502 aa  147  6e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 
492 aa  147  6e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.21 
 
 
492 aa  146  7.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  27.43 
 
 
508 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  27.56 
 
 
519 aa  145  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
536 aa  145  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  27.45 
 
 
516 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 
510 aa  144  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  29.93 
 
 
499 aa  144  4e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.84 
 
 
479 aa  144  5e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  27.15 
 
 
525 aa  143  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  27.59 
 
 
524 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4211  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 
504 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744589  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  25.7 
 
 
504 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.54 
 
 
516 aa  140  7e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 
525 aa  140  7e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4534  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  25.77 
 
 
504 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
505 aa  139  8.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  26.17 
 
 
514 aa  139  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.46 
 
 
528 aa  138  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 
538 aa  139  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.77 
 
 
509 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.46 
 
 
528 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 
489 aa  139  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.02 
 
 
514 aa  137  4e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 
534 aa  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.81 
 
 
529 aa  137  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.4 
 
 
528 aa  137  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  25.53 
 
 
560 aa  137  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.4 
 
 
528 aa  137  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 
529 aa  136  9e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.06 
 
 
532 aa  136  9e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.85 
 
 
538 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0882  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.75 
 
 
544 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.37 
 
 
540 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  27.21 
 
 
540 aa  136  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  24.85 
 
 
537 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 
528 aa  136  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.23 
 
 
532 aa  135  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3842  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 
568 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0450891  normal  0.108057 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 
495 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.48 
 
 
534 aa  134  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  27.23 
 
 
512 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 
495 aa  135  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.6 
 
 
505 aa  135  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  27.11 
 
 
514 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 
540 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
512 aa  133  7.999999999999999e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0067  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 
542 aa  133  7.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0587  extracellular solute-binding protein family 5  26.52 
 
 
534 aa  133  7.999999999999999e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.88 
 
 
540 aa  133  7.999999999999999e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.02 
 
 
529 aa  133  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3843  extracellular solute-binding protein family 5  25.77 
 
 
530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0512301  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.97 
 
 
512 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  26.37 
 
 
521 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  25.14 
 
 
527 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.72 
 
 
512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.7 
 
 
528 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.72 
 
 
512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.72 
 
 
512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0921  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 
536 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.776476  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 
527 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 
539 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.13 
 
 
531 aa  132  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.64 
 
 
528 aa  131  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.6 
 
 
529 aa  131  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>