More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_29100 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  556  1e-157  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2674  transcriptional regulator, RpiR family  45.05 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0539121 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2832  RpiR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.233384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 338 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 280 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 269 aa  104  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  29.37 
 
 		 320 aa  100  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4646  transcriptional regulator, RpiR family  39.33 
 
 		 280 aa  99.4  7e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.308947  normal  0.465051 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 638 aa  99.4  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 266 aa  98.2  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 273 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 642 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 642 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 281 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 638 aa  97.4  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 642 aa  97.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 288 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.47 
 
 		 284 aa  96.3  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  27.88 
 
 		 282 aa  95.9  7e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.79 
 
 		 284 aa  95.5  8e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 266 aa  95.5  8e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.84 
 
 		 284 aa  95.5  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  30.07 
 
 		 333 aa  95.5  9e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 642 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  29.37 
 
 		 288 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 642 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 642 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 639 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 642 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  30.04 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  28.97 
 
 		 288 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 284 aa  94  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0338  transcriptional regulator, RpiR family  29.13 
 
 		 282 aa  93.6  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 284 aa  93.2  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 288 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 620 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 641 aa  93.2  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 620 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 620 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 641 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 641 aa  92.8  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 641 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 641 aa  92.4  7e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  30.86 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 279 aa  90.5  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.52 
 
 		 288 aa  90.1  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 285 aa  90.5  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 320 aa  90.1  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 284 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  23.83 
 
 		 281 aa  90.1  4e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  22.81 
 
 		 280 aa  90.1  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003760  glucose repressor HexR for Entner-Doudoroff pathway RpiR family  27.67 
 
 		 259 aa  90.1  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.192568  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  27.11 
 
 		 284 aa  89  9e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  25.88 
 
 		 285 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  29.96 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4021  RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766323  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 278 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  25 
 
 		 282 aa  88.2  1e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.5 
 
 		 286 aa  87.8  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  25.44 
 
 		 285 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 284 aa  87.8  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 		 282 aa  87.4  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  25.44 
 
 		 285 aa  87.4  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 285 aa  87  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 285 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4303  transcriptional regulator, RpiR family  32.45 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  29.6 
 
 		 282 aa  87  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  30.25 
 
 		 322 aa  87  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  26.05 
 
 		 284 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.19 
 
 		 284 aa  87.4  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  26.05 
 
 		 284 aa  87  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 285 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 304 aa  86.3  5e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.44 
 
 		 285 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  25.44 
 
 		 285 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 306 aa  85.9  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  28.36 
 
 		 274 aa  86.3  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 282 aa  85.9  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 282 aa  85.9  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  27.62 
 
 		 273 aa  85.9  7e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 285 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  26.94 
 
 		 278 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  26.69 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4771  putative RpiR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978774  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1522  transcriptional regulator, RpiR family  29.7 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0181901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.49 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  27.78 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>