More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_27120 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_27120  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  100 
 
 
206 aa  417  1e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.337181 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4992  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.67 
 
 
208 aa  145  3e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.33 
 
 
182 aa  137  7e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.5 
 
 
189 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.65 
 
 
186 aa  104  9e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
392 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.11 
 
 
199 aa  102  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.33 
 
 
199 aa  102  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.33 
 
 
199 aa  102  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.68 
 
 
199 aa  102  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.87 
 
 
199 aa  101  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.17 
 
 
185 aa  99.8  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.69 
 
 
199 aa  99.4  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.91 
 
 
200 aa  99.8  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.8 
 
 
220 aa  98.2  8e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  35 
 
 
200 aa  97.1  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.75 
 
 
205 aa  96.7  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.75 
 
 
205 aa  96.7  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.57 
 
 
192 aa  95.9  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.15 
 
 
200 aa  94.7  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.27 
 
 
192 aa  94.4  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.89 
 
 
216 aa  93.2  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.88 
 
 
193 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0395  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.2 
 
 
195 aa  93.6  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.36 
 
 
218 aa  92.8  3e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  35 
 
 
192 aa  92.4  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.16 
 
 
192 aa  92  5e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.66 
 
 
177 aa  92  6e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.52 
 
 
205 aa  92  6e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  34.08 
 
 
187 aa  91.7  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.03 
 
 
211 aa  91.7  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
194 aa  91.7  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.65 
 
 
192 aa  91.3  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.68 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
206 aa  90.9  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.79 
 
 
189 aa  90.5  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.97 
 
 
185 aa  90.1  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
198 aa  89.4  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.95 
 
 
192 aa  89.7  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.26 
 
 
191 aa  89.4  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.17 
 
 
205 aa  89.7  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.68 
 
 
201 aa  89.4  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.32 
 
 
190 aa  89.4  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.19 
 
 
193 aa  89.4  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1640  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.41 
 
 
221 aa  89  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.651448  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 
197 aa  89  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.07 
 
 
193 aa  89  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.07 
 
 
193 aa  89  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.07 
 
 
193 aa  89  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.07 
 
 
193 aa  89  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.07 
 
 
193 aa  88.6  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.07 
 
 
201 aa  88.6  7e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.69 
 
 
192 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
202 aa  87.8  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  31.55 
 
 
193 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.07 
 
 
193 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.69 
 
 
192 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.38 
 
 
192 aa  87.4  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.69 
 
 
192 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.69 
 
 
192 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0642  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.85 
 
 
206 aa  87.8  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  0.189477 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.09 
 
 
193 aa  87  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.69 
 
 
192 aa  87  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.71 
 
 
201 aa  87  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.32 
 
 
216 aa  86.7  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5146  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.45 
 
 
219 aa  86.7  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  5.449200000000001e-25 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.11 
 
 
193 aa  87  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.27 
 
 
193 aa  86.7  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.61 
 
 
211 aa  86.7  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 
184 aa  86.3  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3352  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.38 
 
 
206 aa  86.3  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  32.6 
 
 
213 aa  86.3  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.16 
 
 
192 aa  85.9  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1006  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.91 
 
 
194 aa  85.9  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.15 
 
 
190 aa  85.9  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  32.67 
 
 
205 aa  85.9  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.16 
 
 
192 aa  85.5  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.69 
 
 
193 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.16 
 
 
192 aa  85.5  6e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.69 
 
 
193 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.16 
 
 
192 aa  85.5  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.89 
 
 
222 aa  85.5  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.16 
 
 
192 aa  84.7  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>