More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0555 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  63.45 
 
 		 1067 aa  1300    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4182  MscS mechanosensitive ion channel  64.77 
 
 		 1070 aa  1363    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3551  MscS mechanosensitive ion channel  65.97 
 
 		 1062 aa  1299    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  58.73 
 
 		 1080 aa  1186    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  63.7 
 
 		 1067 aa  1306    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0555  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 1060 aa  2148    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0475901  normal  0.179203 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  63.89 
 
 		 1072 aa  1308    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  69.02 
 
 		 1066 aa  1414    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  62.9 
 
 		 1068 aa  1281    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  63.64 
 
 		 1067 aa  1300    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0226105 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  63.64 
 
 		 1067 aa  1300    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3321  MscS mechanosensitive ion channel  56.69 
 
 		 1078 aa  1168    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.660513  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  63.8 
 
 		 1072 aa  1307    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  63.8 
 
 		 1072 aa  1307    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  63.45 
 
 		 1067 aa  1295    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  34.46 
 
 		 1115 aa  527  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3934  hypothetical protein  34.4 
 
 		 1107 aa  510  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  35.13 
 
 		 1107 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  35.13 
 
 		 1107 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  35.13 
 
 		 1107 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  35.03 
 
 		 1107 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  35.13 
 
 		 1107 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  35.13 
 
 		 1107 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  35.13 
 
 		 1107 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  34.09 
 
 		 1103 aa  508  9.999999999999999e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4691  hypothetical protein  35.06 
 
 		 1107 aa  508  9.999999999999999e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00421616  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  35.03 
 
 		 1107 aa  505  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  37.95 
 
 		 1107 aa  506  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0473  hypothetical protein  34.09 
 
 		 1104 aa  502  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0384  hypothetical protein  35.64 
 
 		 1107 aa  497  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  36.52 
 
 		 1108 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  36.52 
 
 		 1108 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  36.52 
 
 		 1108 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  36.52 
 
 		 1108 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  36.52 
 
 		 1108 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3664  hypothetical protein  35.28 
 
 		 1113 aa  481  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.907056  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0711  hypothetical protein  35.28 
 
 		 1113 aa  481  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.871081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3811  hypothetical protein  35.28 
 
 		 1113 aa  481  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.408276  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  31.44 
 
 		 1134 aa  386  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  31.5 
 
 		 1134 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0445  potassium efflux protein KefA  31.45 
 
 		 1117 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2151  MscS mechanosensitive ion channel  29.79 
 
 		 1158 aa  379  1e-103  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  31.81 
 
 		 861 aa  369  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  32.31 
 
 		 1111 aa  369  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  32.01 
 
 		 1120 aa  367  1e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  32.01 
 
 		 1120 aa  367  1e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  32.01 
 
 		 1120 aa  367  1e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  28.66 
 
 		 1120 aa  365  2e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  28.66 
 
 		 1120 aa  365  2e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  28.66 
 
 		 1120 aa  365  2e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  28.66 
 
 		 1120 aa  365  2e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  28.66 
 
 		 1120 aa  365  2e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  28.66 
 
 		 1120 aa  365  2e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5117  potassium efflux protein KefA  29.32 
 
 		 1102 aa  365  3e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  28.57 
 
 		 1118 aa  364  4e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  28.57 
 
 		 1120 aa  363  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  28.66 
 
 		 1120 aa  363  7.0000000000000005e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5067  potassium efflux protein KefA  29.16 
 
 		 1102 aa  360  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  30.82 
 
 		 1133 aa  360  9.999999999999999e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0399  potassium efflux protein KefA  29.24 
 
 		 1102 aa  357  5e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4940  potassium efflux protein KefA  29.61 
 
 		 1102 aa  357  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.310149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  29.3 
 
 		 1115 aa  355  2.9999999999999997e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5759  potassium efflux protein KefA  31.82 
 
 		 1118 aa  354  4e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738971  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  32.5 
 
 		 1120 aa  352  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  32.5 
 
 		 1118 aa  352  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  32.5 
 
 		 1118 aa  352  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  32.5 
 
 		 1120 aa  352  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  32.5 
 
 		 1118 aa  352  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  31.56 
 
 		 1110 aa  351  5e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  30.76 
 
 		 1110 aa  349  1e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  29.85 
 
 		 1117 aa  348  3e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66400  potassium efflux protein KefA  31.6 
 
 		 1118 aa  347  7e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  30.83 
 
 		 1128 aa  345  2e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 		 1127 aa  330  6e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1130  potassium efflux protein KefA  43.66 
 
 		 1130 aa  315  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000811569 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  27.42 
 
 		 1235 aa  314  4.999999999999999e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1206  potassium efflux protein KefA  29.39 
 
 		 1098 aa  305  2.0000000000000002e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  31.21 
 
 		 1144 aa  294  7e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1447  MscS mechanosensitive ion channel  45.48 
 
 		 1166 aa  293  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1453  MscS mechanosensitive ion channel  27.68 
 
 		 1105 aa  276  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  34.51 
 
 		 806 aa  177  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  33.85 
 
 		 842 aa  167  8e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  34.49 
 
 		 299 aa  166  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  32.35 
 
 		 840 aa  163  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  30.49 
 
 		 825 aa  161  7e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  35.65 
 
 		 636 aa  155  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  35.65 
 
 		 636 aa  154  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  31.65 
 
 		 685 aa  154  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  32.06 
 
 		 843 aa  152  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  34.67 
 
 		 637 aa  152  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  33.07 
 
 		 291 aa  151  7e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  33.21 
 
 		 847 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  30.83 
 
 		 796 aa  150  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 		 847 aa  150  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  33.99 
 
 		 849 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  26.24 
 
 		 753 aa  147  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  36.32 
 
 		 864 aa  146  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  36.1 
 
 		 909 aa  145  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  37.14 
 
 		 981 aa  145  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  36.1 
 
 		 947 aa  145  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>