53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0391 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0391  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 386 aa  766    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0546  TPR repeat-containing protein  42.38 
 
 		 413 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0507  TPR repeat-containing protein  40.13 
 
 		 451 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0486  TPR repeat-containing protein  39.5 
 
 		 445 aa  264  3e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0562  TPR repeat-containing protein  39.41 
 
 		 396 aa  261  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4415  TPR repeat-containing protein  37.84 
 
 		 397 aa  261  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3833  TPR repeat-containing protein  41.35 
 
 		 446 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0468  TPR repeat-containing protein  38.51 
 
 		 441 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0510  TPR repeat-containing protein  39.6 
 
 		 450 aa  252  6e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3484  TPR repeat-containing protein  37.67 
 
 		 441 aa  249  6e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.317992  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4110  MSHA biogenesis protein MshN, putative  38.6 
 
 		 429 aa  242  9e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3661  TPR repeat-containing protein  45.12 
 
 		 447 aa  232  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3766  TPR repeat-containing protein  36.45 
 
 		 428 aa  228  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3749  TPR repeat-containing protein  32.94 
 
 		 425 aa  182  7e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.541109  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0456  MSHA biogenesis protein MshN, putative  34.83 
 
 		 399 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3345  tetratricopeptide TPR_2  32.54 
 
 		 419 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.138271  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2822  MSHA biogenesis protein MshN  37.31 
 
 		 389 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0172  hypothetical protein  29.38 
 
 		 373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.356715  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03696  hypothetical protein  30.23 
 
 		 365 aa  116  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002370  MSHA biogenesis protein MshN  26.9 
 
 		 364 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0471  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHN)  30.04 
 
 		 357 aa  103  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0436928  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4574  putative MSHA biogenesis protein MshN  24.63 
 
 		 403 aa  97.4  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0766  TPR repeat-containing protein  29.95 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146573  normal  0.0797434 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0387  putative MshA biogenesis protein, MshN-like  28.24 
 
 		 481 aa  71.6  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00107124  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00253  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshN (pilus type IV)  23.99 
 
 		 418 aa  70.1  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3272  hypothetical protein  29.44 
 
 		 461 aa  69.3  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0895  TPR repeat-containing protein  26.63 
 
 		 354 aa  68.6  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.643748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  29.89 
 
 		 700 aa  53.9  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  23.76 
 
 		 448 aa  52.8  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  28.16 
 
 		 810 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1461  tetratricopeptide TPR_2  24.66 
 
 		 194 aa  51.2  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  28.16 
 
 		 878 aa  50.8  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0327  TPR repeat-containing protein  26.98 
 
 		 413 aa  50.8  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.366106  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  25.28 
 
 		 587 aa  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3267  glycosyl transferase family 2  28.57 
 
 		 1252 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2854  glycosyl transferase family 2  28.57 
 
 		 1252 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.956112  normal  0.0955707 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  26.79 
 
 		 632 aa  48.9  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2861  sulfotransferase  23.56 
 
 		 681 aa  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.392476 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3825  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.89 
 
 		 589 aa  47  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0624707 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24171  hypothetical protein  28.57 
 
 		 733 aa  47.4  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3352  TPR repeat-containing protein  23.35 
 
 		 404 aa  46.6  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000220615  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3742  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.89 
 
 		 589 aa  46.6  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24191  hypothetical protein  29.35 
 
 		 545 aa  46.2  0.0009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2070  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.11 
 
 		 264 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0224916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.31 
 
 		 632 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8213  TPR repeat-containing protein  20.34 
 
 		 392 aa  45.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0720948  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0276  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.36 
 
 		 624 aa  45.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1796  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  20.11 
 
 		 465 aa  44.3  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.769841  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1078  TPR repeat-containing protein  32.47 
 
 		 423 aa  43.9  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.327406  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  25.26 
 
 		 875 aa  43.9  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3925  TPR repeat-containing protein  25.1 
 
 		 1180 aa  43.5  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 808 aa  43.5  0.007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3239  tetratricopeptide TPR_2  23.15 
 
 		 955 aa  43.5  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.502177  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>