50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3484 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3484  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 441 aa  880    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.317992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0468  TPR repeat-containing protein  93.88 
 
 		 441 aa  794    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3661  TPR repeat-containing protein  89.71 
 
 		 447 aa  776    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4110  MSHA biogenesis protein MshN, putative  61.28 
 
 		 429 aa  450  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0562  TPR repeat-containing protein  53.56 
 
 		 396 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0486  TPR repeat-containing protein  45.22 
 
 		 445 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0507  TPR repeat-containing protein  46.45 
 
 		 451 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3833  TPR repeat-containing protein  47.25 
 
 		 446 aa  345  7e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0510  TPR repeat-containing protein  45.28 
 
 		 450 aa  345  1e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3766  TPR repeat-containing protein  40.18 
 
 		 428 aa  291  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0546  TPR repeat-containing protein  39.06 
 
 		 413 aa  244  3e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4415  TPR repeat-containing protein  37 
 
 		 397 aa  242  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0391  TPR repeat-containing protein  44.52 
 
 		 386 aa  229  6e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3749  TPR repeat-containing protein  39.82 
 
 		 425 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.541109  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0456  MSHA biogenesis protein MshN, putative  33.63 
 
 		 399 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3345  tetratricopeptide TPR_2  31.15 
 
 		 419 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.138271  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4574  putative MSHA biogenesis protein MshN  28.54 
 
 		 403 aa  114  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03696  hypothetical protein  33.33 
 
 		 365 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2822  MSHA biogenesis protein MshN  36.18 
 
 		 389 aa  107  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002370  MSHA biogenesis protein MshN  27.88 
 
 		 364 aa  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0471  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHN)  32.65 
 
 		 357 aa  94  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0436928  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0172  hypothetical protein  25.11 
 
 		 373 aa  92.4  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.356715  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3272  hypothetical protein  32.02 
 
 		 461 aa  68.2  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00253  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshN (pilus type IV)  25.11 
 
 		 418 aa  64.7  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0387  putative MshA biogenesis protein, MshN-like  28.15 
 
 		 481 aa  61.2  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00107124  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0766  TPR repeat-containing protein  26.91 
 
 		 369 aa  56.2  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146573  normal  0.0797434 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0895  TPR repeat-containing protein  27.66 
 
 		 354 aa  53.9  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.643748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  24.14 
 
 		 3145 aa  48.9  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0441  TPR repeat-containing protein  25.7 
 
 		 1085 aa  48.5  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.239248 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  29.12 
 
 		 1737 aa  47.8  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1401  TPR repeat-containing protein  32.11 
 
 		 420 aa  47.8  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1613  TPR domain protein  32.11 
 
 		 420 aa  47.4  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.060004 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 		 700 aa  47  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 		 828 aa  47  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1541  TPR domain-containing protein  30 
 
 		 420 aa  47  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1444  TPR repeat-containing protein  31.19 
 
 		 420 aa  47  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1429  TPR domain-containing protein  30 
 
 		 420 aa  47  0.0007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0995  tetratricopeptide TPR_2  23.23 
 
 		 614 aa  46.2  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129848  normal  0.103443 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2220  TPR repeat-containing protein  24.18 
 
 		 430 aa  45.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.13078 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1243  TPR repeat-containing protein  28.46 
 
 		 420 aa  45.4  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.852694  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  22.52 
 
 		 448 aa  45.1  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3770  TPR domain protein  31.19 
 
 		 420 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.26 
 
 		 632 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1575  TPR domain protein  31.19 
 
 		 420 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1646  TPR domain-containing protein  31.19 
 
 		 420 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.804305  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1682  TPR domain protein  31.19 
 
 		 420 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.327391  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0327  TPR repeat-containing protein  26.14 
 
 		 413 aa  45.8  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.366106  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1401  TPR repeat-containing protein  31.19 
 
 		 420 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0553383  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  30.07 
 
 		 2262 aa  45.1  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  28.87 
 
 		 968 aa  44.7  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>