45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0172 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0172  hypothetical protein  100 
 
 		 373 aa  752    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.356715  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0391  TPR repeat-containing protein  29.38 
 
 		 386 aa  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4415  TPR repeat-containing protein  25.56 
 
 		 397 aa  103  7e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03696  hypothetical protein  37.14 
 
 		 365 aa  97.1  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0562  TPR repeat-containing protein  26.05 
 
 		 396 aa  96.7  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0456  MSHA biogenesis protein MshN, putative  31.4 
 
 		 399 aa  94  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0546  TPR repeat-containing protein  25.71 
 
 		 413 aa  91.3  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0486  TPR repeat-containing protein  33.52 
 
 		 445 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0507  TPR repeat-containing protein  33.52 
 
 		 451 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0471  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHN)  37.58 
 
 		 357 aa  90.5  5e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0436928  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3833  TPR repeat-containing protein  33.52 
 
 		 446 aa  90.1  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002370  MSHA biogenesis protein MshN  27.13 
 
 		 364 aa  89.4  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2822  MSHA biogenesis protein MshN  32.97 
 
 		 389 aa  89  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0510  TPR repeat-containing protein  32.95 
 
 		 450 aa  89.4  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3484  TPR repeat-containing protein  25.11 
 
 		 441 aa  84  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.317992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3661  TPR repeat-containing protein  25.95 
 
 		 447 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00253  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshN (pilus type IV)  30.81 
 
 		 418 aa  79  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3749  TPR repeat-containing protein  29.87 
 
 		 425 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.541109  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4110  MSHA biogenesis protein MshN, putative  25.23 
 
 		 429 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0468  TPR repeat-containing protein  29.31 
 
 		 441 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3345  tetratricopeptide TPR_2  31.45 
 
 		 419 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.138271  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0387  putative MshA biogenesis protein, MshN-like  32 
 
 		 481 aa  70.5  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00107124  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3272  hypothetical protein  32.73 
 
 		 461 aa  69.7  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0895  TPR repeat-containing protein  28.49 
 
 		 354 aa  67.4  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.643748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0327  TPR repeat-containing protein  27.4 
 
 		 413 aa  67  0.0000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.366106  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3766  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 428 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0766  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 		 369 aa  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146573  normal  0.0797434 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4574  putative MSHA biogenesis protein MshN  32.93 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2716  TPR domain/sulfotransferase domain protein  26.75 
 
 		 762 aa  47.8  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2338  sulfotransferase  26.75 
 
 		 762 aa  47.8  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.355943  normal  0.127881 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.09 
 
 		 2240 aa  47.4  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  29.68 
 
 		 968 aa  47.4  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1286  TPR domain-containing protein  30.67 
 
 		 226 aa  47  0.0006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3942  sulfotransferase  26.88 
 
 		 673 aa  46.6  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.749375 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3025  TPR repeat-containing protein  36.36 
 
 		 239 aa  45.8  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3330  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 390 aa  46.2  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0377363  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0698  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.03 
 
 		 784 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1773  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.6 
 
 		 466 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1796  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.62 
 
 		 465 aa  45.8  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.769841  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  31.15 
 
 		 3560 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  27.22 
 
 		 725 aa  45.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  25.48 
 
 		 1154 aa  43.9  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2678  TPR repeat-containing protein  26.83 
 
 		 480 aa  43.9  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  28.78 
 
 		 3035 aa  43.1  0.008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0709  TPR repeat-containing protein  21.52 
 
 		 465 aa  42.7  0.01  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>