30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0546 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0546  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 413 aa  830    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4415  TPR repeat-containing protein  45.91 
 
 		 397 aa  340  2e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0391  TPR repeat-containing protein  42.38 
 
 		 386 aa  269  5e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3766  TPR repeat-containing protein  39.36 
 
 		 428 aa  263  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3833  TPR repeat-containing protein  38.98 
 
 		 446 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0510  TPR repeat-containing protein  39.07 
 
 		 450 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0562  TPR repeat-containing protein  38.23 
 
 		 396 aa  247  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3661  TPR repeat-containing protein  39.74 
 
 		 447 aa  247  2e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3484  TPR repeat-containing protein  38.31 
 
 		 441 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.317992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0468  TPR repeat-containing protein  38.68 
 
 		 441 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4110  MSHA biogenesis protein MshN, putative  38.62 
 
 		 429 aa  239  5e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0507  TPR repeat-containing protein  55.34 
 
 		 451 aa  229  8e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0486  TPR repeat-containing protein  55.34 
 
 		 445 aa  229  9e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3749  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 425 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.541109  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0456  MSHA biogenesis protein MshN, putative  35.99 
 
 		 399 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3345  tetratricopeptide TPR_2  33.33 
 
 		 419 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.138271  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0172  hypothetical protein  25.71 
 
 		 373 aa  100  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.356715  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2822  MSHA biogenesis protein MshN  34.76 
 
 		 389 aa  98.6  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03696  hypothetical protein  31.5 
 
 		 365 aa  98.6  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002370  MSHA biogenesis protein MshN  30.52 
 
 		 364 aa  88.6  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0471  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHN)  30.86 
 
 		 357 aa  84.3  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0436928  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4574  putative MSHA biogenesis protein MshN  29.61 
 
 		 403 aa  82.8  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0387  putative MshA biogenesis protein, MshN-like  28.17 
 
 		 481 aa  70.5  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00107124  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00253  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshN (pilus type IV)  22.92 
 
 		 418 aa  67.8  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0895  TPR repeat-containing protein  28.48 
 
 		 354 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.643748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3272  hypothetical protein  27.32 
 
 		 461 aa  50.8  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  27.67 
 
 		 700 aa  49.7  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0640  TPR repeat-containing protein  24.92 
 
 		 516 aa  48.9  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1137  ATPase  27.34 
 
 		 484 aa  44.3  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0689  hypothetical protein  33.63 
 
 		 865 aa  43.1  0.01  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.481995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>