More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2634 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2634  sigma-70, region 4 type 2  100 
 
 
237 aa  489  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3961  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44 
 
 
181 aa  147  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4597  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.96 
 
 
183 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3521  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.96 
 
 
183 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.351274  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4103  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.5 
 
 
183 aa  88.6  8e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.143127  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0765  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
191 aa  87.8  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.07 
 
 
195 aa  78.2  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  27.17 
 
 
285 aa  73.6  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.17 
 
 
288 aa  73.2  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.17 
 
 
292 aa  73.2  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.59 
 
 
283 aa  68.9  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.99 
 
 
203 aa  68.9  0.00000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.69 
 
 
198 aa  66.2  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5026  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.46 
 
 
181 aa  66.2  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00941877  decreased coverage  0.00915843 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  29.89 
 
 
237 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.93 
 
 
209 aa  62.8  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2788  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
189 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00167883  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2863  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
187 aa  62.4  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.416689 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1590  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
187 aa  62.4  0.000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000165797  unclonable  0.00000000000274518 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2768  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
187 aa  62.4  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0121826  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.28 
 
 
182 aa  62  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.7 
 
 
220 aa  61.6  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  30.94 
 
 
228 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.41 
 
 
200 aa  60.5  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0100  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.59 
 
 
203 aa  60.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  28.8 
 
 
236 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.41 
 
 
233 aa  60.1  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1621  RNA polymerase sigma factor  32.68 
 
 
187 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0123754  hitchhiker  0.00000300088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  25.49 
 
 
239 aa  60.1  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
177 aa  60.1  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.86 
 
 
209 aa  60.1  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  25.37 
 
 
239 aa  59.3  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
185 aa  59.3  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1465  RNA polymerase sigma factor  32.24 
 
 
187 aa  58.9  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291082  hitchhiker  0.00185195 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0952  RNA polymerase factor sigma-70  26.11 
 
 
331 aa  58.9  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0742081 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2684  RNA polymerase sigma factor  32.24 
 
 
187 aa  58.9  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0327308  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1118  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.25 
 
 
180 aa  58.5  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00470761  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3185  RNA polymerase factor sigma-70  27.83 
 
 
368 aa  58.5  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0418907 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  29.93 
 
 
182 aa  58.5  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1400  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
187 aa  58.5  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.255306  hitchhiker  0.00000139495 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.71 
 
 
235 aa  57.8  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002854  RNA polymerase sigma-70 factor ECF subfamily  30 
 
 
168 aa  58.2  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.7 
 
 
191 aa  58.2  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.17 
 
 
209 aa  58.5  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1453  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
187 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000486459 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
191 aa  57.8  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0946  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
188 aa  58.2  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.49056 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
191 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2681  sigma factor, RpoE  32 
 
 
168 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2467  RNA polymerase sigma factor  32.24 
 
 
187 aa  57.4  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39138  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.59 
 
 
191 aa  57.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
191 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
191 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
191 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  30.05 
 
 
244 aa  57.4  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
191 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2175  RNA polymerase sigma factor  30.72 
 
 
187 aa  57.4  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.235427  normal  0.0685717 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2942  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
192 aa  57.8  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00874185  normal  0.936687 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  30.22 
 
 
228 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32 
 
 
168 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1534  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.88 
 
 
549 aa  57.4  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0455  sigma subunit sigma24 -like protein  29.31 
 
 
236 aa  56.6  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  30.56 
 
 
180 aa  56.6  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  30.56 
 
 
181 aa  56.6  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
183 aa  56.6  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1220  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.41 
 
 
167 aa  57  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0980579 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.16 
 
 
185 aa  57  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  27.01 
 
 
191 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.01 
 
 
191 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3096  RNA polymerase sigma factor  30.92 
 
 
187 aa  56.2  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
191 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  27.01 
 
 
191 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
191 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
209 aa  56.6  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
191 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
209 aa  56.2  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
191 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
191 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2433  RNA polymerase sigma factor  30.92 
 
 
187 aa  56.2  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0111357 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1522  RNA polymerase sigma factor  30.26 
 
 
187 aa  56.2  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
191 aa  55.5  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  28 
 
 
191 aa  55.5  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  27.53 
 
 
230 aa  55.5  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3034  RNA polymerase sigma factor  29.65 
 
 
191 aa  55.5  0.0000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00396437  normal  0.0353116 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.21 
 
 
211 aa  55.5  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03122  RNA polymerase sigma factor  29.33 
 
 
197 aa  55.5  0.0000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
200 aa  55.5  0.0000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  30.28 
 
 
229 aa  55.1  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  30.56 
 
 
181 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1821  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.99 
 
 
198 aa  55.1  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0306783  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  31.25 
 
 
181 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.39 
 
 
187 aa  54.7  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.33 
 
 
191 aa  54.7  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.33 
 
 
191 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.62 
 
 
222 aa  54.7  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  30.56 
 
 
181 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.03 
 
 
194 aa  55.1  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141228  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1656  RNA polymerase sigma factor  34 
 
 
185 aa  54.7  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.104022  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.33 
 
 
191 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.14 
 
 
189 aa  54.7  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>