More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3500 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 247 aa  513  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 248 aa  226  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  32.27 
 
 		 248 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  35.35 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  36.61 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  39.69 
 
 		 253 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  30.65 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  36.11 
 
 		 243 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.6 
 
 		 425 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  30.13 
 
 		 244 aa  107  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  35.85 
 
 		 242 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  30.13 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  29.41 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.75 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.75 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.75 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.75 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.75 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.75 
 
 		 394 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  29.71 
 
 		 243 aa  105  7e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 228 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 228 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  31.96 
 
 		 239 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  31.15 
 
 		 237 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  31.96 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 239 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  30.74 
 
 		 237 aa  101  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.27 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.27 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.27 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.27 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  30.57 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.57 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  30.57 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.57 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 260 aa  99.8  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.57 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.57 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.57 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.57 
 
 		 239 aa  99.8  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 230 aa  99  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 242 aa  99  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 233 aa  98.2  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 234 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  26.61 
 
 		 233 aa  98.2  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 321 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  31.16 
 
 		 240 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 246 aa  96.7  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  30.51 
 
 		 236 aa  96.3  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 262 aa  96.3  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  31.16 
 
 		 240 aa  95.9  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 239 aa  95.5  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 228 aa  95.1  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  25.43 
 
 		 233 aa  94  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  32.28 
 
 		 243 aa  94  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 245 aa  94  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 231 aa  93.6  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 242 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 234 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  28.93 
 
 		 234 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.73 
 
 		 234 aa  92.4  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 242 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2588  LuxR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 250 aa  91.3  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 237 aa  90.9  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 248 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 248 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 268 aa  89.4  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  32.47 
 
 		 251 aa  89  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 243 aa  88.6  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.11 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.11 
 
 		 241 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.4 
 
 		 236 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.11 
 
 		 241 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.11 
 
 		 241 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.11 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  31.8 
 
 		 250 aa  87.4  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.11 
 
 		 241 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.11 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 265 aa  87.4  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 241 aa  87  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.48 
 
 		 241 aa  87  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.03 
 
 		 234 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  29.03 
 
 		 234 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 237 aa  85.9  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 237 aa  85.9  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 237 aa  85.9  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  32.64 
 
 		 245 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  31.92 
 
 		 237 aa  85.5  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  31.92 
 
 		 237 aa  85.5  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>